101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3285 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3285  putative thioredoxin  100 
 
 		 138 aa  278  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.342326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0333  thioredoxin-related  48.57 
 
 		 131 aa  113  8.999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1773  thioredoxin domain-containing protein  36.57 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2109  Thioredoxin domain  36.57 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.63713  normal  0.510323 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5437  putative thioredoxin (H-type,TRX-H)  35.56 
 
 		 134 aa  72  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.631506  hitchhiker  0.00313052 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2722  thioredoxin domain-containing protein  38.1 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0580222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0946  Thioredoxin domain protein  36.97 
 
 		 135 aa  70.1  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000235523 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1598  hypothetical protein  35.43 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226786  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2513  thioredoxin domain-containing protein  33.83 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.105118  normal  0.435938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3389  putative thioredoxin (H-type,TRX-H)  34.62 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2976  thioredoxin domain-containing protein  33.09 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3155  hypothetical protein  35.24 
 
 		 123 aa  62  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3183  thioredoxin domain protein  32.14 
 
 		 138 aa  60.1  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556959 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4601  Thioredoxin domain  32.54 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3525  Thioredoxin domain protein  32.54 
 
 		 128 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2560  thioredoxin domain-containing protein  30.6 
 
 		 131 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6113  thioredoxin  29.06 
 
 		 406 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1738  Thioredoxin domain  32.84 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.749275  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5136  Thioredoxin domain  29.36 
 
 		 129 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.328233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0927  thioredoxin  35.56 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00418006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0210  thioredoxin  29.06 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4595  thioredoxin-related  31.62 
 
 		 137 aa  50.8  0.000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.33 
 
 		 709 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  32.26 
 
 		 692 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  32.26 
 
 		 715 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2309  thioredoxin  33.33 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000756824  normal  0.11067 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.11 
 
 		 738 aa  48.1  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6430  thioredoxin  31.11 
 
 		 106 aa  48.1  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1776  thioredoxin  36.78 
 
 		 104 aa  47.4  0.00006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000000224157  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0539  thioredoxin  30.59 
 
 		 104 aa  47  0.00009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000729683  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1702  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  34.52 
 
 		 104 aa  46.2  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.145851  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.1 
 
 		 738 aa  46.6  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  32.5 
 
 		 725 aa  47  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.3 
 
 		 734 aa  46.2  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  32.39 
 
 		 724 aa  46.2  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0427  Thiol-disulfide isomerase or thioredoxin  33.33 
 
 		 103 aa  46.2  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.66857e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  32.14 
 
 		 726 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1513  thioredoxin  30.1 
 
 		 109 aa  46.2  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000429326  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  31.43 
 
 		 724 aa  45.4  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3675  thioredoxin  34.34 
 
 		 109 aa  45.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.852228 
 
 
-
 
NC_011686  PHATRDRAFT_48539  thioredoxin h  24.17 
 
 		 165 aa  45.1  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0652  thioredoxin  29.13 
 
 		 150 aa  45.4  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  32.1 
 
 		 738 aa  44.7  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.91 
 
 		 725 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1679  thioredoxin  30.11 
 
 		 98 aa  44.7  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3801  Thioredoxin domain protein  27.17 
 
 		 768 aa  44.7  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1200  Thioredoxin domain protein  28.57 
 
 		 98 aa  44.7  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1717  thioredoxin  34.48 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.589398  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0462  thioredoxin  33.33 
 
 		 109 aa  44.3  0.0006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000041281  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1808  Thiol-disulfide isomerase or thioredoxin  32.56 
 
 		 104 aa  44.3  0.0006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00521998  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2784  thioredoxin  30.11 
 
 		 127 aa  44.3  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0698118 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1320  thioredoxin  28.44 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.113501  normal  0.148362 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3466  thioredoxin  27.45 
 
 		 110 aa  43.5  0.0009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.086218  normal  0.618776 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.63 
 
 		 755 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.79 
 
 		 715 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1199  thioredoxin  30.68 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000534537  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0946  thioredoxin  32.32 
 
 		 112 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1989  thioredoxin  28.89 
 
 		 108 aa  42.7  0.002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.154515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2292  thioredoxin  28.89 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345169  normal  0.308955 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2665  thioredoxin-related  24.56 
 
 		 303 aa  42.4  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6068  thioredoxin  29.55 
 
 		 110 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150927 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_39568  thioredoxin  30.86 
 
 		 103 aa  42.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.187057 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0904  thioredoxin  27.78 
 
 		 105 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000201022  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0838  thioredoxin  29.55 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.315208 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.5 
 
 		 703 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5098  thioredoxin  28.12 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.590945  hitchhiker  0.000000265159 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.5 
 
 		 703 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  30.23 
 
 		 107 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14280  thioredoxin  31.52 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.978477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2548  thioredoxin  30.09 
 
 		 109 aa  42.4  0.002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.543523  normal  0.158534 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  28.24 
 
 		 107 aa  41.6  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1825  thioredoxin  32.26 
 
 		 104 aa  42  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000186182  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5099  thioredoxin domain-containing protein  29.2 
 
 		 143 aa  41.6  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1658  thioredoxin domain-containing protein  32.05 
 
 		 95 aa  42  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0579498  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0031  thioredoxin  32.22 
 
 		 110 aa  42  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0034  thioredoxin  26.04 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  31.25 
 
 		 108 aa  41.2  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5968  Redoxin domain protein  38.3 
 
 		 197 aa  41.2  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.566817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3391  thioredoxin  26.8 
 
 		 119 aa  41.2  0.005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.522646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3068  thioredoxin  33.33 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.61955e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0360  thioredoxin  25.77 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1204  thioredoxin  28.09 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1226  thioredoxin  28.09 
 
 		 104 aa  40.8  0.006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38 
 
 		 703 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0649  hypothetical protein  25 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.698912 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1504  thioredoxin domain-containing protein  31.75 
 
 		 193 aa  40.4  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.519816 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0350  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  24.72 
 
 		 106 aa  40.8  0.007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000162152  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2211  thioredoxin  28.12 
 
 		 108 aa  40.8  0.007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9142  thioredoxin  29.03 
 
 		 106 aa  40.4  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3022  thioredoxin  28.3 
 
 		 112 aa  40.8  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl178  thioredoxin  28.09 
 
 		 102 aa  40.4  0.008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  30.99 
 
 		 748 aa  40.4  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.72 
 
 		 675 aa  40.4  0.008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13949  thioredoxin trxC  28.24 
 
 		 116 aa  40.4  0.008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0052  thioredoxin  21.54 
 
 		 135 aa  40  0.009  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.263175  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0728  thioredoxin  28.09 
 
 		 104 aa  40.4  0.009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0505  thioredoxin  27.78 
 
 		 109 aa  40.4  0.009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000129794  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4431  Redoxin domain protein  31.11 
 
 		 193 aa  40.4  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3655  thioredoxin  31.11 
 
 		 108 aa  40  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000417679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3849  thioredoxin  30.85 
 
 		 108 aa  40  0.01  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>