More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4595 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4595  thioredoxin-related  100 
 
 		 137 aa  277  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2722  thioredoxin domain-containing protein  60 
 
 		 133 aa  137  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0580222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5437  putative thioredoxin (H-type,TRX-H)  51.64 
 
 		 134 aa  130  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.631506  hitchhiker  0.00313052 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2109  Thioredoxin domain  49.24 
 
 		 131 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.63713  normal  0.510323 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1773  thioredoxin domain-containing protein  53.66 
 
 		 131 aa  126  9.000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0946  Thioredoxin domain protein  55.36 
 
 		 135 aa  120  5e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000235523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2976  thioredoxin domain-containing protein  48.65 
 
 		 133 aa  120  9e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3389  putative thioredoxin (H-type,TRX-H)  46.92 
 
 		 130 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3183  thioredoxin domain protein  44.85 
 
 		 138 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556959 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3525  Thioredoxin domain protein  45.87 
 
 		 128 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4601  Thioredoxin domain  45.87 
 
 		 128 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1738  Thioredoxin domain  54.03 
 
 		 131 aa  110  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.749275  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2560  thioredoxin domain-containing protein  45.45 
 
 		 131 aa  100  5e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5136  Thioredoxin domain  40.2 
 
 		 129 aa  99.8  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.328233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2513  thioredoxin domain-containing protein  35.78 
 
 		 126 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.105118  normal  0.435938 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3155  hypothetical protein  35 
 
 		 123 aa  81.3  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1598  hypothetical protein  36.92 
 
 		 126 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226786  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0333  thioredoxin-related  38.1 
 
 		 131 aa  71.6  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3285  putative thioredoxin  31.62 
 
 		 138 aa  57.8  0.00000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.342326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2309  thioredoxin  32.11 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000756824  normal  0.11067 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3658  thioredoxin  32.38 
 
 		 110 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00522541  normal  0.779583 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1989  thioredoxin  35.56 
 
 		 108 aa  54.3  0.0000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.154515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11511  thioredoxin  28.71 
 
 		 107 aa  54.3  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2292  thioredoxin  35.56 
 
 		 120 aa  54.3  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345169  normal  0.308955 
 
 
-
 
NC_002620  TC0826  thioredoxin  32.61 
 
 		 102 aa  53.9  0.0000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000363889  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09121  thioredoxin  30 
 
 		 107 aa  53.5  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11671  thioredoxin  28.71 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11661  thioredoxin  28.71 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.113798  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1072  thioredoxin  28.71 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.888152  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3675  thioredoxin  33.33 
 
 		 109 aa  52.8  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.852228 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3466  thioredoxin  32.18 
 
 		 110 aa  53.1  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.086218  normal  0.618776 
 
 
-
 
NC_002978  WD0879  thioredoxin  31.96 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1456  thioredoxin  35.71 
 
 		 109 aa  52  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2662  thioredoxin  30.77 
 
 		 105 aa  52.4  0.000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  unclonable  6.93824e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0505  thioredoxin  34.48 
 
 		 109 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000129794  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2496  thioredoxin  35.71 
 
 		 109 aa  52  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.182202  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3655  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000417679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1359  thioredoxin  35.71 
 
 		 109 aa  52  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0187  thioredoxin  30.12 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00849594 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1353  thioredoxin C-2  29.79 
 
 		 98 aa  51.6  0.000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.114748  normal  0.184208 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0368  thioredoxin  30 
 
 		 108 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.27502 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1283  thioredoxin 1  32.22 
 
 		 109 aa  51.6  0.000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.149215  normal  0.0874847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5983  thioredoxin  30.23 
 
 		 108 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0036  thioredoxin  34.67 
 
 		 108 aa  51.2  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0705575 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1501  thioredoxin  31.11 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1372  thioredoxin  33.33 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00473089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2357  thioredoxin  31.11 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.565357  normal  0.741235 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4231  thioredoxin  28.71 
 
 		 107 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000465688 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15251  thioredoxin  26.73 
 
 		 107 aa  50.8  0.000007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0691  thioredoxin  26.73 
 
 		 107 aa  50.8  0.000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1708  thioredoxin  31.03 
 
 		 110 aa  50.8  0.000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00102285  normal  0.772138 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14280  thioredoxin  30.23 
 
 		 102 aa  50.4  0.000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.978477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  31.82 
 
 		 108 aa  50.4  0.000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal  1 
 
 
-
 
NC_006682  CNM02410  conserved hypothetical protein  34.69 
 
 		 492 aa  50.4  0.000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.142137  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  28.43 
 
 		 108 aa  50.1  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1945  thioredoxin  27.78 
 
 		 124 aa  50.1  0.000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0500  thioredoxin  29.89 
 
 		 144 aa  50.4  0.000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.874633 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08920  thioredoxin  30.56 
 
 		 102 aa  50.1  0.000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000942681  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2305  thioredoxin  30.61 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  decreased coverage  0.0025384  normal  0.350799 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0057  thioredoxin  30.23 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3500  thioredoxin  28.74 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2117  thioredoxin  33.33 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2654  thioredoxin  28.71 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0720  thioredoxin  28.74 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45140  thioredoxin 2, TxrC  34 
 
 		 144 aa  49.7  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2805  thioredoxin  32.18 
 
 		 109 aa  50.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.686799 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11291  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxin  23.36 
 
 		 148 aa  50.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.554772 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5905  thioredoxin  29.89 
 
 		 144 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0649  hypothetical protein  30.59 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.698912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0118  thioredoxin  29.55 
 
 		 115 aa  49.3  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3230  thioredoxin  33.33 
 
 		 109 aa  48.9  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000930614  normal  0.223494 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0652  thioredoxin  26.04 
 
 		 150 aa  49.3  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0927  thioredoxin  31.94 
 
 		 108 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00418006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0428  thioredoxin  32.94 
 
 		 110 aa  49.3  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2218  thioredoxin  32.18 
 
 		 146 aa  48.9  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.312249  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6430  thioredoxin  27.84 
 
 		 106 aa  48.9  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03717  thioredoxin  26.67 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1016  thioredoxin domain-containing protein  29.89 
 
 		 105 aa  49.3  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3849  thioredoxin  31.87 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1124  thioredoxin  31.03 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  0.17575 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2211  thioredoxin  24.44 
 
 		 112 aa  48.9  0.00003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000765425  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0143  thioredoxin  35.48 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2997  thioredoxin  29.89 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.140108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  32.18 
 
 		 146 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  32.18 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69200  thioredoxin  29.07 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1032  thioredoxin  31.03 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0280338  normal  0.216175 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1133  thioredoxin  26.09 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.114517  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31565  predicted protein  28.93 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>