More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1598 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1598  hypothetical protein  100 
 
 		 126 aa  256  6e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226786  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2513  thioredoxin domain-containing protein  85.71 
 
 		 126 aa  230  5e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.105118  normal  0.435938 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3155  hypothetical protein  52.94 
 
 		 123 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3525  Thioredoxin domain protein  41.13 
 
 		 128 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4601  Thioredoxin domain  41.13 
 
 		 128 aa  99.8  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0946  Thioredoxin domain protein  40.35 
 
 		 135 aa  93.6  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000235523 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5437  putative thioredoxin (H-type,TRX-H)  38.66 
 
 		 134 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.631506  hitchhiker  0.00313052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2976  thioredoxin domain-containing protein  42.2 
 
 		 133 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3389  putative thioredoxin (H-type,TRX-H)  38.84 
 
 		 130 aa  90.9  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2722  thioredoxin domain-containing protein  42.57 
 
 		 133 aa  87.4  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0580222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2109  Thioredoxin domain  36.29 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.63713  normal  0.510323 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1773  thioredoxin domain-containing protein  38.89 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5136  Thioredoxin domain  37.25 
 
 		 129 aa  84  7e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.328233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2560  thioredoxin domain-containing protein  39.45 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1738  Thioredoxin domain  37.08 
 
 		 131 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.749275  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4595  thioredoxin-related  36.92 
 
 		 137 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3183  thioredoxin domain protein  35.29 
 
 		 138 aa  72.4  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556959 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3285  putative thioredoxin  35.43 
 
 		 138 aa  68.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.342326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0333  thioredoxin-related  32.11 
 
 		 131 aa  61.2  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0372  Thioredoxin domain protein  34.15 
 
 		 89 aa  59.7  0.00000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.652561  normal  1 
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0205  thioredoxin, putative  36.62 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.513083  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0261  thioredoxin, putative  36.62 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000689046 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1679  thioredoxin  26.88 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.53 
 
 		 686 aa  54.7  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.75 
 
 		 810 aa  54.3  0.0000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1133  thioredoxin  27.08 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000008  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.114517  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2885  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.36 
 
 		 449 aa  53.9  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.326316 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9142  thioredoxin  30.67 
 
 		 106 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0312  Thioredoxin domain protein  32.1 
 
 		 88 aa  52.8  0.000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13949  thioredoxin trxC  30.68 
 
 		 116 aa  52.4  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0326  Thioredoxin domain protein  30.12 
 
 		 88 aa  52  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3540  Thioredoxin domain protein  30.86 
 
 		 89 aa  51.6  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0694  thioredoxin  26.74 
 
 		 106 aa  51.2  0.000004  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.690768  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1320  thioredoxin  30 
 
 		 105 aa  51.6  0.000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.113501  normal  0.148362 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1563  Thioredoxin domain protein  29.63 
 
 		 100 aa  50.4  0.000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.851055  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0462  thioredoxin  28.09 
 
 		 109 aa  50.8  0.000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000041281  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4580  thioredoxin  27.27 
 
 		 107 aa  50.4  0.000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.90902  hitchhiker  0.00134414 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1976  thioredoxin  36.62 
 
 		 109 aa  49.7  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.43 
 
 		 624 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0904  thioredoxin  29.79 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000201022  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5565  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.38 
 
 		 591 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3340  Thioredoxin domain protein  27.34 
 
 		 182 aa  48.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5085  thioredoxin  28.09 
 
 		 108 aa  48.5  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  29.76 
 
 		 290 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7155  thioredoxin  30.49 
 
 		 98 aa  48.5  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2784  thioredoxin  25.61 
 
 		 127 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0698118 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6430  thioredoxin  26.8 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64080  thiol:disulfide interchange protein precursor  32.38 
 
 		 591 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3665  thioredoxin  39.44 
 
 		 150 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2310  thioredoxin  29.33 
 
 		 88 aa  48.1  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0316182  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1307  thioredoxin  27.78 
 
 		 108 aa  48.1  0.00004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3508  thioredoxin  39.44 
 
 		 150 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4244  protein-disulfide reductase  29.6 
 
 		 600 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  33.33 
 
 		 752 aa  47.8  0.00005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1708  thioredoxin  27.96 
 
 		 110 aa  47.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00102285  normal  0.772138 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6113  thioredoxin  33.78 
 
 		 406 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1854  thioredoxin  28.57 
 
 		 102 aa  47.4  0.00007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3596  thioredoxin  38.03 
 
 		 150 aa  47  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.854397  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0123  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.83 
 
 		 591 aa  47  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0310589 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0777  thioredoxin domain-containing protein  34.91 
 
 		 111 aa  47  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.387986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5098  thioredoxin  26.67 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.590945  hitchhiker  0.000000265159 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  28.57 
 
 		 290 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1719  thioredoxin  29.07 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00129431  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4407  thioredoxin  32.39 
 
 		 113 aa  46.2  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0589  thioredoxin domain-containing protein  25.96 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2099  thioredoxin  34.25 
 
 		 140 aa  45.8  0.0002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0927  thioredoxin  27.66 
 
 		 108 aa  46.2  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00418006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  29.21 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2211  thioredoxin  28 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7329  thioredoxin  27.85 
 
 		 108 aa  45.4  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.231985  normal  0.658106 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1878  Thioredoxin domain protein  29.17 
 
 		 125 aa  45.8  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2134  thioredoxin  27.62 
 
 		 108 aa  46.2  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0459983  normal  0.478782 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6068  thioredoxin  32.43 
 
 		 110 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150927 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1675  thioredoxin  36.25 
 
 		 110 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  47.62 
 
 		 698 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5839  thioredoxin  29.79 
 
 		 109 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4504  thioredoxin  30.38 
 
 		 108 aa  46.2  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999375 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04029  disulphide-isomerase  32.58 
 
 		 529 aa  45.8  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0238  thioredoxin, selenocysteine-containing  30.95 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0639  thioredoxin  27.78 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  26.44 
 
 		 107 aa  45.4  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0501  putative thioredoxin  26.79 
 
 		 164 aa  45.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0031  thioredoxin  26.74 
 
 		 110 aa  45.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2810  protein-disulfide reductase  32.63 
 
 		 618 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.126387  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3231  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38 
 
 		 160 aa  45.4  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0496837 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  29.76 
 
 		 289 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1358  thioredoxin  27.91 
 
 		 107 aa  44.7  0.0004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5761  thioredoxin  28.75 
 
 		 111 aa  44.7  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.626635  normal  0.389703 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3116  thioredoxin domain-containing protein  32.58 
 
 		 522 aa  45.1  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5366  Protein-disulfide reductase  31.18 
 
 		 648 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3294  thioredoxin  28.89 
 
 		 109 aa  45.1  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00620964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  29.76 
 
 		 289 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32590  thiol:disulfide interchange protein  33.33 
 
 		 589 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.426474  normal  0.0965179 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2056  putative lipoprotein  32.58 
 
 		 522 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.740123  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1452  disulphide-isomerase  32.58 
 
 		 522 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1129  thioredoxin  29.85 
 
 		 137 aa  44.3  0.0005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3849  thioredoxin  28.17 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1364  putative lipoprotein  32.58 
 
 		 522 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419734  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0838  thioredoxin  31.08 
 
 		 109 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.315208 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  33.33 
 
 		 613 aa  44.7  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>