More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3525 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3525  Thioredoxin domain protein  100 
 
 		 128 aa  264  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.513907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4601  Thioredoxin domain  100 
 
 		 128 aa  264  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3389  putative thioredoxin (H-type,TRX-H)  47.97 
 
 		 130 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.233221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2976  thioredoxin domain-containing protein  45.9 
 
 		 133 aa  124  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187129  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2722  thioredoxin domain-containing protein  49.5 
 
 		 133 aa  116  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0580222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0946  Thioredoxin domain protein  43.36 
 
 		 135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000235523 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5437  putative thioredoxin (H-type,TRX-H)  39.84 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.631506  hitchhiker  0.00313052 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2513  thioredoxin domain-containing protein  41.94 
 
 		 126 aa  104  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.105118  normal  0.435938 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4595  thioredoxin-related  45.87 
 
 		 137 aa  103  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2560  thioredoxin domain-containing protein  42.19 
 
 		 131 aa  103  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571192  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2109  Thioredoxin domain  42.57 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.63713  normal  0.510323 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1773  thioredoxin domain-containing protein  42.57 
 
 		 131 aa  102  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3183  thioredoxin domain protein  39.09 
 
 		 138 aa  100  8e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.556959 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1598  hypothetical protein  41.67 
 
 		 126 aa  94.7  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226786  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1738  Thioredoxin domain  40.45 
 
 		 131 aa  94.4  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.749275  normal  0.660647 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5136  Thioredoxin domain  36.22 
 
 		 129 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.328233  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3155  hypothetical protein  37.4 
 
 		 123 aa  73.9  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7155  thioredoxin  38.95 
 
 		 98 aa  67.4  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0835  thioredoxin  35.58 
 
 		 102 aa  65.1  0.0000000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2784  thioredoxin  29.17 
 
 		 127 aa  61.6  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0698118 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0333  thioredoxin-related  34.29 
 
 		 131 aa  59.3  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.547453 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0428  thioredoxin  34.31 
 
 		 110 aa  58.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3285  putative thioredoxin  32.54 
 
 		 138 aa  58.2  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.342326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6430  thioredoxin  33.65 
 
 		 106 aa  58.2  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14280  thioredoxin  35.87 
 
 		 102 aa  57.8  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.978477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2310  thioredoxin  40.51 
 
 		 88 aa  57  0.00000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0316182  normal  0.618819 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13949  thioredoxin trxC  40.79 
 
 		 116 aa  57  0.00000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0517  thioredoxin-related protein  36.73 
 
 		 125 aa  57  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2957  thioredoxin family protein  38 
 
 		 125 aa  56.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1878  Thioredoxin domain protein  34.62 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl178  thioredoxin  31.43 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0826  thioredoxin  38.1 
 
 		 102 aa  55.5  0.0000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000363889  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1679  thioredoxin  36.59 
 
 		 98 aa  56.2  0.0000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1353  thioredoxin C-2  38.1 
 
 		 98 aa  55.8  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.114748  normal  0.184208 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6068  thioredoxin  37.5 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150927 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2114  thioredoxin family protein  33.33 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.14615  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2292  thioredoxin  37.23 
 
 		 120 aa  55.1  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345169  normal  0.308955 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3067  thioredoxin  36.63 
 
 		 109 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.788534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0838  thioredoxin  37.5 
 
 		 109 aa  55.5  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.315208 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00075  protein disulfide-isomerase (Eurofung)  33.98 
 
 		 368 aa  54.7  0.0000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1989  thioredoxin  37.23 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.154515  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4233  thioredoxin  39.29 
 
 		 111 aa  54.7  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.604285  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_9748  predicted protein  41.03 
 
 		 108 aa  53.5  0.0000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.82657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7087  thioredoxin  32.98 
 
 		 108 aa  53.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3231  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  39.22 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0496837 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2375  thioredoxin-related  30.36 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.316536  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3003  hypothetical protein  36.47 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2864  hypothetical protein  36.47 
 
 		 108 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1739  thioredoxin  33 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.146348  normal  0.112507 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0230  thioredoxin  32.98 
 
 		 133 aa  52.8  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5129  thioredoxin  33 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025918  normal  0.808925 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1445  thioredoxin  33 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0251303  normal  0.275114 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6251  thioredoxin  33 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.040042  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1766  thioredoxin  33 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.37558  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1808  Thiol-disulfide isomerase or thioredoxin  35.29 
 
 		 104 aa  52.8  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00521998  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1852  thioredoxin  33 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0771172  normal  0.135016 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1828  thioredoxin  33 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0156587  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1746  thioredoxin  30.11 
 
 		 110 aa  52  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0311  hypothetical protein  34.09 
 
 		 102 aa  51.6  0.000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0402  thioredoxin  35.29 
 
 		 107 aa  51.6  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0895025 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3665  thioredoxin  38.89 
 
 		 150 aa  51.6  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2067  thioredoxin  30.59 
 
 		 107 aa  51.6  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0927  thioredoxin  30.93 
 
 		 108 aa  51.2  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00418006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3508  thioredoxin  38.89 
 
 		 150 aa  51.6  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6383  thioredoxin  32.29 
 
 		 101 aa  51.2  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.920622 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0435  thioredoxin domain-containing protein  38.96 
 
 		 125 aa  51.6  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0505  thioredoxin  36.08 
 
 		 109 aa  51.2  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000129794  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0858  thioredoxin  34.15 
 
 		 106 aa  51.2  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.782394  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28263  thioredoxin  27.78 
 
 		 338 aa  51.2  0.000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.135642  normal  0.918036 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1675  thioredoxin  29.09 
 
 		 110 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1798  thioredoxin domain-containing protein  36.36 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.317909  normal  0.703085 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5761  thioredoxin  30 
 
 		 111 aa  50.8  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.626635  normal  0.389703 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0462  thioredoxin  32.97 
 
 		 109 aa  50.8  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000041281  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1133  thioredoxin  29.41 
 
 		 98 aa  50.8  0.000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.114517  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9142  thioredoxin  33.33 
 
 		 106 aa  50.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1853  thioredoxin  32 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0570457  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1125  thioredoxin  32 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1364  thioredoxin  32 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.283304  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0044  thioredoxin  32 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0410527  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0530  thioredoxin  36.59 
 
 		 114 aa  50.4  0.000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.303131  normal  0.878071 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2246  thioredoxin  32 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2208  thioredoxin  32 
 
 		 108 aa  50.4  0.000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0155117  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3596  thioredoxin  37.5 
 
 		 150 aa  50.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.854397  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3984  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.75 
 
 		 195 aa  50.4  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000964008 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3325  Thioredoxin domain protein  28.26 
 
 		 176 aa  50.4  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000131659 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3262  redoxin domain-containing protein  38.46 
 
 		 269 aa  50.4  0.000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0170639  normal  0.755125 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0560  Thioredoxin domain protein  43.4 
 
 		 272 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0577  thioredoxin domain protein  43.4 
 
 		 272 aa  50.4  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0649  hypothetical protein  27.66 
 
 		 109 aa  50.4  0.000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.698912 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2211  thioredoxin  28.18 
 
 		 112 aa  50.4  0.000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000765425  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3655  thioredoxin  28.74 
 
 		 108 aa  50.1  0.000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000417679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1320  thioredoxin  37.5 
 
 		 105 aa  50.4  0.000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.113501  normal  0.148362 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2185  thioredoxin  28.18 
 
 		 112 aa  50.4  0.000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.0000121318  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5120  redoxin domain-containing protein  38.46 
 
 		 269 aa  50.4  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0921  thioredoxin  31.03 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000445063  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1908  thioredoxin  30.59 
 
 		 106 aa  49.7  0.00001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00177252  normal  0.288463 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1199  thioredoxin  33.73 
 
 		 107 aa  49.7  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000534537  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2374  thioredoxin 1  32.63 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0856  redoxin domain-containing protein  31.52 
 
 		 195 aa  49.7  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0694544 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0301  thioredoxin  33.75 
 
 		 106 aa  50.1  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>