More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3861 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  100 
 
 
290 aa  591  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  80 
 
 
289 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  79.66 
 
 
289 aa  475  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  80.69 
 
 
289 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  79.17 
 
 
290 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  78.47 
 
 
290 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  78.47 
 
 
290 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  77.78 
 
 
290 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  77.7 
 
 
290 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  76.04 
 
 
290 aa  448  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  74.65 
 
 
290 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3331  thioredoxin  43.3 
 
 
287 aa  240  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.108459  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  42.96 
 
 
286 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0318  thioredoxin  40.89 
 
 
287 aa  219  3.9999999999999997e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  42.47 
 
 
287 aa  215  5e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0603  thioredoxin domain-containing protein  38.83 
 
 
287 aa  208  8e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0802586  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3035  thioredoxin-related  41.01 
 
 
274 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  38.54 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0943  thioredoxin domain-containing protein  37.8 
 
 
286 aa  194  1e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00581  Thioredoxin domain-containing protein  38.54 
 
 
289 aa  192  4e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2848  thioredoxin, putative  36.61 
 
 
289 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.126765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1052  Thioredoxin domain protein  37.32 
 
 
286 aa  177  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.846317  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2469  thioredoxin  36.61 
 
 
289 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.744001  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  38.65 
 
 
282 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  37.91 
 
 
310 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  38.65 
 
 
282 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1374  thioredoxin  38.7 
 
 
286 aa  172  6.999999999999999e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.187591  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  38.3 
 
 
282 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  37.19 
 
 
291 aa  171  9e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  39.36 
 
 
282 aa  171  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  39.16 
 
 
280 aa  170  2e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1307  thioredoxin  39.04 
 
 
286 aa  170  2e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.334323  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  38.65 
 
 
282 aa  170  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  38.65 
 
 
282 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0596  protein YbbN  36.46 
 
 
284 aa  169  5e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0571  protein YbbN  36.46 
 
 
284 aa  169  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0541  protein YbbN  36.46 
 
 
284 aa  169  5e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0531  protein YbbN  36.46 
 
 
284 aa  169  5e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.735174  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0427  protein YbbN  36.46 
 
 
284 aa  169  5e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1595  thioredoxin  33.8 
 
 
287 aa  168  9e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.385204  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  38.3 
 
 
282 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3007  Thioredoxin domain protein  36.49 
 
 
286 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  37.87 
 
 
280 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00443  predicted thioredoxin domain-containing protein  36.1 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3118  Thioredoxin domain protein  36.1 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3124  thioredoxin domain-containing protein  36.1 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000112242 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  38.79 
 
 
282 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00448  hypothetical protein  36.1 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  37.23 
 
 
301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  37.23 
 
 
282 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  37.23 
 
 
282 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01872  thioredoxin  36.33 
 
 
285 aa  163  3e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  38.91 
 
 
282 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2614  thioredoxin family protein  36.55 
 
 
271 aa  161  1e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  37.1 
 
 
918 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0612  thioredoxin domain-containing protein  35.84 
 
 
293 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.557632  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0551  thioredoxin domain protein  35.84 
 
 
293 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0553  thioredoxin domain-containing protein  35.84 
 
 
293 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0568  thioredoxin domain protein  36.3 
 
 
293 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1865  thioredoxin  37.41 
 
 
306 aa  160  2e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.938725 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0558  thioredoxin domain protein  35.84 
 
 
293 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  35.37 
 
 
302 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2914  thioredoxin  36.3 
 
 
285 aa  159  5e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0054  thioredoxin domain-containing protein  36.52 
 
 
311 aa  158  8e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.621806 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  35.86 
 
 
326 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  33.81 
 
 
302 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1155  thioredoxin domain-containing protein  37.41 
 
 
294 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155818  hitchhiker  0.00000315771 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0966  thioredoxin domain-containing protein  34.66 
 
 
284 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  37.04 
 
 
304 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  37.09 
 
 
280 aa  156  3e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1982  thioredoxin  35.74 
 
 
317 aa  156  3e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00653306  normal  0.106397 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3195  Thioredoxin domain protein  34.27 
 
 
286 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.64186  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1120  Thioredoxin domain protein  34.27 
 
 
286 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.597878  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3023  putative thioredoxin  36.73 
 
 
289 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1269  putative thioredoxin  36.73 
 
 
289 aa  155  7e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.204367 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3161  thioredoxin domain-containing protein  36.73 
 
 
289 aa  155  7e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.324735  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2376  thioredoxin-related  35.69 
 
 
286 aa  155  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.036483  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  32.65 
 
 
306 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  34.81 
 
 
302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  32.86 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  38.43 
 
 
282 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  35.4 
 
 
281 aa  152  5e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  35.16 
 
 
281 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  35.25 
 
 
324 aa  152  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  33.21 
 
 
302 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0198  thioredoxin  32.09 
 
 
326 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0035  thioredoxin domain protein  35.69 
 
 
303 aa  150  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000613737 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  34.13 
 
 
302 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  34.93 
 
 
324 aa  150  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0296  thioredoxin  32.3 
 
 
306 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0166723 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0719  thioredoxin  36.14 
 
 
282 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0060777  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  33.22 
 
 
330 aa  149  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1859  thioredoxin domain-containing protein  33.57 
 
 
283 aa  149  4e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.145875  normal  0.127398 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  32.89 
 
 
302 aa  149  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1038  thioredoxin  34.17 
 
 
277 aa  149  7e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  31.42 
 
 
305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  33.45 
 
 
324 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  33.45 
 
 
329 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0272  thioredoxin domain-containing protein  32.62 
 
 
281 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0149418  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0886  putative thioredoxin protein  32.99 
 
 
287 aa  145  9e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>