295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0748 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  56.6 
 
 
798 aa  672    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  57.91 
 
 
738 aa  746    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  100 
 
 
724 aa  1433    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  60.96 
 
 
738 aa  763    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  58.09 
 
 
748 aa  737    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  57.91 
 
 
738 aa  745    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  57.38 
 
 
755 aa  722    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  62.17 
 
 
715 aa  733    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  63.95 
 
 
717 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  38.97 
 
 
745 aa  389  1e-106  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.41 
 
 
738 aa  379  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  35.38 
 
 
696 aa  376  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.81 
 
 
725 aa  372  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.56 
 
 
709 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.28 
 
 
704 aa  368  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.88 
 
 
692 aa  360  4e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  38.44 
 
 
715 aa  360  6e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.6 
 
 
686 aa  345  1e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  39.02 
 
 
724 aa  343  4e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  33.61 
 
 
701 aa  333  9e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.87 
 
 
675 aa  332  2e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  50.64 
 
 
725 aa  323  9.000000000000001e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  37.48 
 
 
698 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  35.21 
 
 
708 aa  322  1.9999999999999998e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  32.92 
 
 
713 aa  317  3e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  33.8 
 
 
715 aa  311  4e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.96 
 
 
686 aa  301  4e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  31.38 
 
 
692 aa  297  4e-79  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  34.05 
 
 
689 aa  291  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  41.13 
 
 
726 aa  280  7e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  34.96 
 
 
686 aa  268  4e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  31.68 
 
 
703 aa  264  4e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  30.23 
 
 
709 aa  264  4.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  30.23 
 
 
709 aa  264  4.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  39.28 
 
 
597 aa  260  6e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.17 
 
 
409 aa  252  2e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.92 
 
 
410 aa  251  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  41.55 
 
 
757 aa  250  7e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.66 
 
 
700 aa  249  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.28 
 
 
734 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  37.34 
 
 
794 aa  235  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  28.24 
 
 
776 aa  234  3e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  32.91 
 
 
406 aa  230  7e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  27.98 
 
 
703 aa  230  7e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.06 
 
 
683 aa  226  8e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.52 
 
 
686 aa  225  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  28.74 
 
 
710 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.17 
 
 
685 aa  219  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  35.58 
 
 
758 aa  219  1e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.32 
 
 
758 aa  219  2e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  26.06 
 
 
703 aa  213  7e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  26.65 
 
 
702 aa  211  3e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.84 
 
 
734 aa  207  7e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.78 
 
 
703 aa  206  1e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  36.87 
 
 
702 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.64 
 
 
703 aa  205  2e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.76 
 
 
703 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.11 
 
 
703 aa  201  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.26 
 
 
678 aa  194  4e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  26.2 
 
 
628 aa  186  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  26.2 
 
 
628 aa  184  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  31.28 
 
 
628 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  31.28 
 
 
628 aa  174  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  30.37 
 
 
628 aa  174  5.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.9 
 
 
600 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.13 
 
 
731 aa  157  9e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.04 
 
 
690 aa  156  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1021  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.45 
 
 
671 aa  148  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1301  Thiol:disulfide interchange protein-like  30.22 
 
 
639 aa  140  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.38 
 
 
396 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.14 
 
 
619 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.86 
 
 
604 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.89 
 
 
619 aa  111  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.07 
 
 
610 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.14 
 
 
619 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.32 
 
 
619 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  26.46 
 
 
575 aa  109  2e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.04 
 
 
613 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.79 
 
 
613 aa  108  5e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.89 
 
 
613 aa  106  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.92 
 
 
586 aa  105  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.13 
 
 
609 aa  103  8e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.07 
 
 
602 aa  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.25 
 
 
610 aa  102  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.55 
 
 
611 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2885  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.06 
 
 
449 aa  102  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.326316 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  29.33 
 
 
629 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1087  thiol:disulfide interchange protein DsbD  25.25 
 
 
582 aa  102  3e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524195  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0472  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.21 
 
 
605 aa  99  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.566049  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.34 
 
 
624 aa  95.9  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.68 
 
 
628 aa  96.3  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.12 
 
 
583 aa  93.6  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.46 
 
 
624 aa  93.6  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.77 
 
 
810 aa  93.6  1e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0603  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.43 
 
 
672 aa  92.8  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.827983  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  26.52 
 
 
649 aa  92.8  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.19 
 
 
583 aa  92  3e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4907  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.41 
 
 
602 aa  92.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.955907 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.85 
 
 
789 aa  90.9  8e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0980  thiol:disulfide interchange protein DsbD (protein-disulfide reductase) (disulfide reductase)  23.45 
 
 
574 aa  90.9  8e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>