More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0603 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0603  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  100 
 
 		 672 aa  1334    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.827983  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4973  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.5 
 
 		 699 aa  393  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000476148 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7115  Protein-disulfide reductase  34.41 
 
 		 658 aa  383  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1546  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.6 
 
 		 673 aa  381  1e-104  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.632916  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2013  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.17 
 
 		 666 aa  379  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4173  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.84 
 
 		 721 aa  372  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000359793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2139  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.22 
 
 		 695 aa  372  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1704  thiol:disulfide interchange protein dsbD, putative  33.67 
 
 		 682 aa  359  9e-98  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.286832 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0535  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.97 
 
 		 948 aa  342  2e-92  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7029  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.61 
 
 		 658 aa  323  8e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2255  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.61 
 
 		 565 aa  323  9.000000000000001e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1610  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.4 
 
 		 567 aa  322  1.9999999999999998e-86  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.073861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3474  thiol:disulfide interchange protein  40.13 
 
 		 558 aa  318  2e-85  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.149531  normal  0.120308 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09878  putative exported cytochrome C biogenesis-related protein  32.94 
 
 		 663 aa  315  1.9999999999999998e-84  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0715161  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.35 
 
 		 789 aa  154  5e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  28.3 
 
 		 586 aa  150  6e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  28.28 
 
 		 586 aa  149  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.92 
 
 		 607 aa  146  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.76 
 
 		 610 aa  145  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.09 
 
 		 613 aa  144  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.49 
 
 		 613 aa  144  6e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.17 
 
 		 613 aa  144  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  28.03 
 
 		 603 aa  140  6e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.52 
 
 		 810 aa  140  8.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.35 
 
 		 610 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.2 
 
 		 628 aa  139  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.92 
 
 		 602 aa  139  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.96 
 
 		 611 aa  139  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  29.27 
 
 		 630 aa  139  2e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  27.18 
 
 		 731 aa  136  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.56 
 
 		 609 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0701  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.08 
 
 		 616 aa  134  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0529075  hitchhiker  0.000000140832 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0545  thiol:disulfide interchange protein DsbD  28.08 
 
 		 616 aa  134  5e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.221768  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1055  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.06 
 
 		 626 aa  132  2.0000000000000002e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000114598  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  27.76 
 
 		 628 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  26 
 
 		 619 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.84 
 
 		 619 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.71 
 
 		 600 aa  130  9.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.09 
 
 		 604 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.84 
 
 		 619 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  27.46 
 
 		 649 aa  128  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.03 
 
 		 592 aa  127  9e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0145  cytochrome C biogenesis protein transmembrane region  29.33 
 
 		 570 aa  127  9e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2811  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.58 
 
 		 624 aa  126  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0520  protein-disulfide reductase  27.53 
 
 		 610 aa  125  2e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00644414  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00156  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.23 
 
 		 592 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  26.76 
 
 		 575 aa  124  5e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  27.96 
 
 		 603 aa  124  7e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.83 
 
 		 586 aa  124  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1653  hypothetical protein  25.9 
 
 		 449 aa  123  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.2 
 
 		 619 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0906  thiol:disulfide interchange protein DsbD  24.66 
 
 		 563 aa  121  4.9999999999999996e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.664459  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  27.7 
 
 		 629 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.59 
 
 		 624 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.96 
 
 		 563 aa  119  9.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1646  hypothetical protein  25.23 
 
 		 449 aa  119  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  28.47 
 
 		 750 aa  119  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  29.34 
 
 		 752 aa  118  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2382  Protein-disulfide reductase  21.7 
 
 		 581 aa  118  3.9999999999999997e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  7.870920000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3415  disulfide reductase  28.32 
 
 		 623 aa  118  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.189847 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1087  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.22 
 
 		 582 aa  118  3.9999999999999997e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524195  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.62 
 
 		 608 aa  117  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0503  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.21 
 
 		 583 aa  117  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  26.89 
 
 		 605 aa  117  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1683  thiol:disulfide interchange protein DsbD  24.28 
 
 		 624 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.424941  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4244  protein-disulfide reductase  27.56 
 
 		 600 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0980  thiol:disulfide interchange protein DsbD (protein-disulfide reductase) (disulfide reductase)  28.76 
 
 		 574 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.6 
 
 		 624 aa  115  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2980  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.71 
 
 		 611 aa  114  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702235  normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  28.11 
 
 		 642 aa  114  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03921  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.07 
 
 		 631 aa  114  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3615  Protein-disulfide reductase  27.4 
 
 		 626 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0573017  hitchhiker  0.0000000193428 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4907  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.82 
 
 		 602 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.955907 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3247  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.05 
 
 		 616 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0836496  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  28.84 
 
 		 745 aa  111  3e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.43 
 
 		 583 aa  112  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.97 
 
 		 567 aa  111  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1355  Thioredoxin domain protein  25.41 
 
 		 577 aa  111  5e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0561  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.6 
 
 		 590 aa  111  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2790  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.91 
 
 		 589 aa  110  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1041  DsbD family thiol:disulfide interchange protein  28.68 
 
 		 745 aa  109  1e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.78 
 
 		 567 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3915  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.63 
 
 		 613 aa  110  1e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2810  protein-disulfide reductase  27.29 
 
 		 618 aa  110  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.126387  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.6 
 
 		 567 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.6 
 
 		 567 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.78 
 
 		 567 aa  110  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2921  Protein-disulfide reductase  26.69 
 
 		 604 aa  109  2e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000351714 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0898  protein-disulfide reductase  24.16 
 
 		 589 aa  108  3e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.6 
 
 		 466 aa  107  6e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0343  protein-disulfide reductase  25.73 
 
 		 631 aa  107  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0138358 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0716  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.47 
 
 		 595 aa  107  9e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0606  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.41 
 
 		 590 aa  106  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653759 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0600  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.23 
 
 		 590 aa  104  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.06 
 
 		 565 aa  104  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  25.99 
 
 		 565 aa  104  7e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.88 
 
 		 565 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  26.88 
 
 		 565 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.41 
 
 		 565 aa  103  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.41 
 
 		 565 aa  103  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>