280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1610 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2255  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  96.77 
 
 
565 aa  1015    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1610  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  100 
 
 
567 aa  1139    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.073861  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7115  Protein-disulfide reductase  52.8 
 
 
658 aa  532  1e-150  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1704  thiol:disulfide interchange protein dsbD, putative  52.36 
 
 
682 aa  496  1e-139  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.286832 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2013  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  45.97 
 
 
666 aa  463  1e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4173  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  50.31 
 
 
721 aa  464  1e-129  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000359793  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2139  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  46.36 
 
 
695 aa  458  1e-127  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1546  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  49.58 
 
 
673 aa  450  1e-125  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.632916  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4973  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.04 
 
 
699 aa  434  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000476148 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7029  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.75 
 
 
658 aa  392  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3474  thiol:disulfide interchange protein  44.44 
 
 
558 aa  381  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.149531  normal  0.120308 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09878  putative exported cytochrome C biogenesis-related protein  41.9 
 
 
663 aa  357  3.9999999999999996e-97  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0715161  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0603  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.4 
 
 
672 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.827983  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0535  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.99 
 
 
948 aa  233  5e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  27.71 
 
 
603 aa  114  7.000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  28.37 
 
 
649 aa  111  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2811  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.86 
 
 
624 aa  107  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.33 
 
 
610 aa  104  4e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0145  cytochrome C biogenesis protein transmembrane region  27.41 
 
 
570 aa  104  4e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  26.52 
 
 
629 aa  103  6e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  29.55 
 
 
575 aa  103  9e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.69 
 
 
619 aa  102  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2990  thiol:disulfide interchange transmembrane protein  24.55 
 
 
608 aa  102  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.8 
 
 
613 aa  101  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.28 
 
 
624 aa  101  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.33 
 
 
613 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.33 
 
 
613 aa  100  5e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.07 
 
 
619 aa  100  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.07 
 
 
619 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.42 
 
 
602 aa  99.8  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.18 
 
 
810 aa  98.6  3e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.41 
 
 
567 aa  97.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.41 
 
 
567 aa  97.4  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.41 
 
 
567 aa  97.4  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.41 
 
 
567 aa  97.1  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.41 
 
 
567 aa  97.4  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2382  Protein-disulfide reductase  22.13 
 
 
581 aa  97.1  7e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  7.870920000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.26 
 
 
607 aa  95.5  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.79 
 
 
619 aa  95.9  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0520  protein-disulfide reductase  30.58 
 
 
610 aa  95.1  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00644414  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.41 
 
 
563 aa  95.1  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.92 
 
 
610 aa  95.1  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.73 
 
 
628 aa  94.4  4e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2885  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.8 
 
 
449 aa  94  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.326316 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1653  hypothetical protein  23.89 
 
 
449 aa  93.2  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.57 
 
 
609 aa  93.2  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0722  hypothetical protein  25.81 
 
 
586 aa  92.4  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4167  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.29 
 
 
586 aa  92.4  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3415  disulfide reductase  27.76 
 
 
623 aa  92.4  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.189847 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1568  protein-disulfide reductase  25.68 
 
 
622 aa  91.7  3e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.314287  normal  0.0195641 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1087  thiol:disulfide interchange protein DsbD  24.27 
 
 
582 aa  91.7  3e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524195  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  25.81 
 
 
586 aa  91.3  4e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.88 
 
 
611 aa  90.9  6e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0898  protein-disulfide reductase  26.23 
 
 
589 aa  90.1  9e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  23.41 
 
 
745 aa  89  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2683  protein-disulfide reductase  26.38 
 
 
654 aa  89.4  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00156  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.43 
 
 
592 aa  89  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  22.2 
 
 
789 aa  89.4  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.37 
 
 
624 aa  89.4  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.8 
 
 
604 aa  89.4  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.99 
 
 
592 aa  87.8  5e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1646  hypothetical protein  24.08 
 
 
449 aa  87.4  6e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0980  thiol:disulfide interchange protein DsbD (protein-disulfide reductase) (disulfide reductase)  26.8 
 
 
574 aa  86.7  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03921  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.41 
 
 
631 aa  86.3  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0561  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.32 
 
 
590 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  27.38 
 
 
628 aa  85.1  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3828  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.81 
 
 
595 aa  85.1  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.368823  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  23.42 
 
 
605 aa  85.1  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3681  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.81 
 
 
595 aa  85.1  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.576987  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0728  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.81 
 
 
595 aa  85.1  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0906  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.08 
 
 
563 aa  85.5  0.000000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.664459  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0600  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.23 
 
 
590 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.11 
 
 
466 aa  84.7  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.38 
 
 
628 aa  84.7  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0545  thiol:disulfide interchange protein DsbD  24.59 
 
 
616 aa  84.3  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.221768  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0701  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.59 
 
 
616 aa  84.3  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0529075  hitchhiker  0.000000140832 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0606  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.96 
 
 
590 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0653759 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4398  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.36 
 
 
606 aa  84  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.898445  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.38 
 
 
628 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0591  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region/thioredoxin-related  31.51 
 
 
471 aa  84  0.000000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.945166  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.38 
 
 
628 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.38 
 
 
628 aa  84  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3535  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.15 
 
 
572 aa  83.6  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  23.08 
 
 
603 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.68 
 
 
561 aa  83.2  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.37 
 
 
608 aa  82.4  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  23.85 
 
 
731 aa  82.8  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1355  Thioredoxin domain protein  27.18 
 
 
577 aa  82  0.00000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2980  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.26 
 
 
611 aa  82  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702235  normal  0.0981242 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3151  protein-disulfide reductase  27.11 
 
 
639 aa  81.3  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2773  Protein-disulfide reductase  26.11 
 
 
632 aa  80.9  0.00000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0372  Protein-disulfide reductase  24.07 
 
 
750 aa  80.9  0.00000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.754802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  30.57 
 
 
565 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3615  Protein-disulfide reductase  25.11 
 
 
626 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0573017  hitchhiker  0.0000000193428 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  25.89 
 
 
628 aa  80.9  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  28.24 
 
 
703 aa  80.9  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.57 
 
 
565 aa  80.9  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2559  thiol:disulfide interchange protein DsbD  32.57 
 
 
752 aa  80.5  0.00000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.745294  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.9 
 
 
600 aa  80.5  0.00000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1312  Protein-disulfide reductase  25.65 
 
 
625 aa  80.5  0.00000000000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0091784  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>