295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0376 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  63.11 
 
 
738 aa  775    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  61.83 
 
 
748 aa  746    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  62.57 
 
 
738 aa  764    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  62.76 
 
 
724 aa  773    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  63.94 
 
 
717 aa  753    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  75.14 
 
 
738 aa  961    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  57.32 
 
 
798 aa  665    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  59.58 
 
 
755 aa  724    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
715 aa  1391    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  45.4 
 
 
725 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  41.06 
 
 
745 aa  417  9.999999999999999e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.86 
 
 
725 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.96 
 
 
726 aa  388  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  35.86 
 
 
696 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.99 
 
 
704 aa  369  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.11 
 
 
738 aa  365  1e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.43 
 
 
686 aa  356  1e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.63 
 
 
734 aa  351  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  40.62 
 
 
724 aa  345  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  32.96 
 
 
692 aa  335  1e-90  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.12 
 
 
675 aa  335  2e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  33.14 
 
 
701 aa  333  6e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  34.63 
 
 
689 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  37.48 
 
 
708 aa  301  2e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  32.72 
 
 
713 aa  298  2e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  34.76 
 
 
715 aa  295  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.36 
 
 
686 aa  290  7e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  33.73 
 
 
698 aa  280  7e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  45.1 
 
 
709 aa  273  7e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  31.89 
 
 
709 aa  273  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  31.89 
 
 
709 aa  273  1e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  39.44 
 
 
597 aa  264  4e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  32.19 
 
 
703 aa  263  6e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  41.96 
 
 
757 aa  262  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  44.13 
 
 
692 aa  262  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  43.64 
 
 
715 aa  260  8e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  41.25 
 
 
794 aa  252  2e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.32 
 
 
700 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  32.02 
 
 
702 aa  246  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.91 
 
 
409 aa  244  3e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  35.83 
 
 
686 aa  243  1e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.07 
 
 
410 aa  239  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  27.65 
 
 
703 aa  234  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  26.88 
 
 
703 aa  232  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  28.71 
 
 
776 aa  231  5e-59  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.86 
 
 
683 aa  228  4e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.82 
 
 
685 aa  227  6e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  32.51 
 
 
406 aa  226  1e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  28.07 
 
 
702 aa  224  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  29.76 
 
 
710 aa  223  8e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.53 
 
 
758 aa  219  8.999999999999998e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  37.28 
 
 
758 aa  216  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.42 
 
 
703 aa  213  9e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.01 
 
 
703 aa  210  7e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.16 
 
 
703 aa  210  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.26 
 
 
703 aa  208  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.23 
 
 
678 aa  199  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.64 
 
 
734 aa  197  6e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.43 
 
 
628 aa  189  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.43 
 
 
628 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.43 
 
 
628 aa  188  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  27.43 
 
 
628 aa  188  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.59 
 
 
628 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.23 
 
 
600 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.25 
 
 
690 aa  168  2e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.75 
 
 
731 aa  163  9e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1021  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.31 
 
 
671 aa  152  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.62 
 
 
686 aa  147  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1301  Thiol:disulfide interchange protein-like  31.68 
 
 
639 aa  146  1e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.77 
 
 
619 aa  119  3e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.84 
 
 
619 aa  117  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.77 
 
 
619 aa  117  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.77 
 
 
619 aa  117  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.37 
 
 
604 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.68 
 
 
610 aa  114  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.72 
 
 
610 aa  114  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.83 
 
 
613 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.79 
 
 
613 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.39 
 
 
613 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.76 
 
 
607 aa  106  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.46 
 
 
628 aa  105  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.61 
 
 
396 aa  105  3e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.43 
 
 
624 aa  104  7e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  28.26 
 
 
575 aa  103  1e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.16 
 
 
602 aa  101  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.14 
 
 
611 aa  100  8e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  27.71 
 
 
630 aa  100  1e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.13 
 
 
609 aa  98.2  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0472  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.77 
 
 
605 aa  98.6  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.566049  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1087  thiol:disulfide interchange protein DsbD  26.68 
 
 
582 aa  98.2  5e-19  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000524195  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.7 
 
 
608 aa  97.4  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0145  cytochrome C biogenesis protein transmembrane region  26.55 
 
 
570 aa  95.1  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0980  thiol:disulfide interchange protein DsbD (protein-disulfide reductase) (disulfide reductase)  23.63 
 
 
574 aa  94.7  5e-18  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.64 
 
 
563 aa  94.4  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.18 
 
 
789 aa  93.2  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  29.05 
 
 
629 aa  93.2  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.1 
 
 
567 aa  93.2  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.1 
 
 
567 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  31.71 
 
 
642 aa  92.8  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.1 
 
 
567 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>