More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6628 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  100 
 
 
734 aa  1409    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  61.68 
 
 
709 aa  660    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  61.98 
 
 
692 aa  655    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  63.01 
 
 
724 aa  694    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  60.85 
 
 
715 aa  650    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  78.93 
 
 
725 aa  1049    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  46.82 
 
 
726 aa  536  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  41.39 
 
 
745 aa  459  9.999999999999999e-129  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.88 
 
 
704 aa  433  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  43.62 
 
 
708 aa  424  1e-117  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.65 
 
 
738 aa  416  9.999999999999999e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  43.08 
 
 
725 aa  390  1e-107  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  36.11 
 
 
696 aa  383  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.31 
 
 
675 aa  371  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  38.23 
 
 
724 aa  361  3e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  38.66 
 
 
738 aa  360  4e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.02 
 
 
715 aa  353  7e-96  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.33 
 
 
686 aa  352  1e-95  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.83 
 
 
798 aa  344  2.9999999999999997e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  37.74 
 
 
698 aa  341  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  33.2 
 
 
701 aa  331  2e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  35.98 
 
 
689 aa  331  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  32.61 
 
 
692 aa  318  2e-85  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  44.42 
 
 
597 aa  313  9e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.65 
 
 
409 aa  306  1.0000000000000001e-81  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.01 
 
 
686 aa  305  2.0000000000000002e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  33.91 
 
 
713 aa  305  3.0000000000000004e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  48.44 
 
 
757 aa  301  3e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  35.92 
 
 
715 aa  301  4e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  48.33 
 
 
738 aa  287  5e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  46.88 
 
 
794 aa  285  3.0000000000000004e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  37.72 
 
 
406 aa  281  2e-74  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  48.45 
 
 
738 aa  280  9e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  44.58 
 
 
410 aa  279  1e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  47.76 
 
 
748 aa  279  2e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.75 
 
 
755 aa  277  6e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  36.1 
 
 
686 aa  274  4.0000000000000004e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  42.71 
 
 
758 aa  268  2.9999999999999995e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  43.11 
 
 
758 aa  266  8.999999999999999e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  29.81 
 
 
703 aa  256  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  46.91 
 
 
717 aa  253  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  28.69 
 
 
703 aa  252  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  31.65 
 
 
703 aa  249  1e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.69 
 
 
683 aa  241  2.9999999999999997e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  28.32 
 
 
710 aa  239  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  30.72 
 
 
702 aa  237  5.0000000000000005e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.77 
 
 
686 aa  235  2.0000000000000002e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.77 
 
 
628 aa  234  6e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  28.63 
 
 
628 aa  232  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.63 
 
 
628 aa  232  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.49 
 
 
628 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.63 
 
 
628 aa  230  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.63 
 
 
703 aa  229  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.85 
 
 
703 aa  227  7e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  27.68 
 
 
702 aa  222  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.53 
 
 
700 aa  221  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  35.07 
 
 
709 aa  214  5.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  35.07 
 
 
709 aa  214  5.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.92 
 
 
703 aa  197  6e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  29.92 
 
 
776 aa  195  3e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.17 
 
 
703 aa  194  5e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.17 
 
 
685 aa  189  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.36 
 
 
734 aa  181  4e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.88 
 
 
731 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1021  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.85 
 
 
671 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.53 
 
 
690 aa  151  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.62 
 
 
600 aa  150  7e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1301  Thiol:disulfide interchange protein-like  30.12 
 
 
639 aa  136  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.05 
 
 
678 aa  134  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.42 
 
 
396 aa  127  9e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4360  thiol:disulfide interchange protein  30.84 
 
 
603 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0322676  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4907  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.21 
 
 
602 aa  110  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.955907 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2885  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.39 
 
 
449 aa  107  7e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.326316 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.35 
 
 
607 aa  105  3e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  29.24 
 
 
629 aa  103  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.52 
 
 
604 aa  102  2e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4244  protein-disulfide reductase  30.74 
 
 
600 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.438007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.48 
 
 
611 aa  102  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.65 
 
 
619 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.23 
 
 
619 aa  101  6e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0603  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.86 
 
 
672 aa  100  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.827983  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.35 
 
 
608 aa  99.8  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.8 
 
 
619 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  27.38 
 
 
575 aa  99  3e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3523  hypothetical protein  42.19 
 
 
342 aa  98.2  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.705099  normal  0.300645 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0472  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.7 
 
 
605 aa  97.8  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.566049  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.95 
 
 
466 aa  97.4  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.47 
 
 
610 aa  97.4  9e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.23 
 
 
600 aa  96.7  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.47 
 
 
561 aa  95.9  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.98 
 
 
609 aa  95.9  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.82 
 
 
602 aa  95.9  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.89 
 
 
563 aa  95.5  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.98 
 
 
613 aa  95.9  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.96 
 
 
619 aa  95.1  4e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03921  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.36 
 
 
631 aa  95.1  4e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.68 
 
 
613 aa  94.7  6e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  27.53 
 
 
628 aa  93.6  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.89 
 
 
567 aa  93.2  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.22 
 
 
610 aa  93.2  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>