256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0814 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  100 
 
 
597 aa  1221    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  46.67 
 
 
726 aa  347  3e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  46.37 
 
 
725 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  36.22 
 
 
757 aa  304  3.0000000000000004e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  45.99 
 
 
724 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.8 
 
 
709 aa  276  7e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  35.1 
 
 
758 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.16 
 
 
758 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.7 
 
 
686 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.93 
 
 
798 aa  268  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  43.77 
 
 
715 aa  265  1e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  43.77 
 
 
692 aa  266  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.48 
 
 
738 aa  263  6e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  37.09 
 
 
745 aa  262  1e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.21 
 
 
409 aa  262  1e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  45.76 
 
 
734 aa  260  4e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.47 
 
 
704 aa  259  7e-68  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  42.34 
 
 
794 aa  258  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  41.78 
 
 
689 aa  256  6e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  38.5 
 
 
698 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  38.24 
 
 
696 aa  254  3e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  39.79 
 
 
748 aa  253  5.000000000000001e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.01 
 
 
675 aa  252  1e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  35.78 
 
 
406 aa  248  2e-64  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  39.95 
 
 
708 aa  248  3e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  39 
 
 
725 aa  244  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  35.29 
 
 
692 aa  242  2e-62  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.73 
 
 
755 aa  241  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.48 
 
 
738 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  38.97 
 
 
724 aa  238  3e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.23 
 
 
738 aa  236  1.0000000000000001e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.12 
 
 
410 aa  231  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  42.35 
 
 
686 aa  228  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.12 
 
 
717 aa  226  1e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  38.93 
 
 
738 aa  224  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  36 
 
 
703 aa  222  1.9999999999999999e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  36.26 
 
 
715 aa  221  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.87 
 
 
686 aa  221  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  31.66 
 
 
701 aa  218  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  35.54 
 
 
709 aa  216  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  35.54 
 
 
709 aa  216  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.82 
 
 
715 aa  208  2e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  32.62 
 
 
713 aa  207  3e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  33.33 
 
 
702 aa  203  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  33.33 
 
 
710 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.66 
 
 
683 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  32.02 
 
 
703 aa  196  9e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  30.51 
 
 
703 aa  193  6e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  30.55 
 
 
628 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  30.55 
 
 
628 aa  191  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  32.33 
 
 
702 aa  191  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  30.55 
 
 
628 aa  191  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  30.55 
 
 
628 aa  190  5.999999999999999e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  30.55 
 
 
776 aa  189  1e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  30.55 
 
 
628 aa  189  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.33 
 
 
685 aa  189  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.75 
 
 
700 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.3 
 
 
703 aa  181  4e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.25 
 
 
734 aa  178  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.65 
 
 
703 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.26 
 
 
703 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.65 
 
 
703 aa  177  5e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  47.85 
 
 
686 aa  172  2e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.74 
 
 
678 aa  167  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.26 
 
 
690 aa  151  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3615  Protein-disulfide reductase  27.51 
 
 
626 aa  151  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0573017  hitchhiker  0.0000000193428 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.8 
 
 
600 aa  150  6e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0296  protein-disulfide reductase  26.82 
 
 
611 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.58017  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30 
 
 
731 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.66 
 
 
604 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  27.23 
 
 
629 aa  140  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2990  thiol:disulfide interchange transmembrane protein  25.51 
 
 
608 aa  140  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.45 
 
 
619 aa  140  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.06 
 
 
609 aa  139  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.33 
 
 
619 aa  139  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2730  protein-disulfide reductase  26.49 
 
 
615 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.78 
 
 
613 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0377  protein-disulfide reductase  26.49 
 
 
615 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.85 
 
 
619 aa  139  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.7 
 
 
611 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2810  protein-disulfide reductase  26 
 
 
618 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.126387  normal  0.451155 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0278  protein-disulfide reductase  28.09 
 
 
614 aa  137  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.108061 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.09 
 
 
565 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  26.72 
 
 
649 aa  136  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0343  protein-disulfide reductase  26.31 
 
 
631 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0138358 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.87 
 
 
608 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.19 
 
 
613 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0356  protein-disulfide reductase  26.41 
 
 
615 aa  135  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456746 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.49 
 
 
592 aa  135  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.71 
 
 
613 aa  135  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.91 
 
 
565 aa  134  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  24.91 
 
 
565 aa  134  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03921  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.45 
 
 
631 aa  134  6e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.91 
 
 
565 aa  134  6.999999999999999e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.2 
 
 
628 aa  133  7.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0305  protein-disulfide reductase  26.63 
 
 
611 aa  133  9e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.069977 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4605  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.74 
 
 
565 aa  133  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0011627  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.04 
 
 
624 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3268  Protein-disulfide reductase  25.85 
 
 
605 aa  133  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0181869 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.79 
 
 
607 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>