269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0542 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
686 aa  1320    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  54.32 
 
 
698 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  52.98 
 
 
686 aa  545  1e-153  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.75 
 
 
686 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  50.8 
 
 
686 aa  540  9.999999999999999e-153  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  48.02 
 
 
689 aa  535  1e-151  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.56 
 
 
726 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  41.89 
 
 
692 aa  370  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  42.39 
 
 
709 aa  369  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  40.72 
 
 
675 aa  348  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.29 
 
 
738 aa  344  2.9999999999999997e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  37.4 
 
 
748 aa  333  5e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  39.26 
 
 
708 aa  324  3e-87  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.41 
 
 
724 aa  316  9e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.63 
 
 
725 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  32.74 
 
 
696 aa  301  4e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  35.31 
 
 
724 aa  296  7e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  34.28 
 
 
745 aa  295  3e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.92 
 
 
704 aa  287  5.999999999999999e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  35.23 
 
 
738 aa  284  4.0000000000000003e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  43.88 
 
 
597 aa  283  6.000000000000001e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  31.54 
 
 
701 aa  283  6.000000000000001e-75  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  48.15 
 
 
715 aa  278  3e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  46.61 
 
 
757 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  30.14 
 
 
713 aa  262  2e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  45.48 
 
 
794 aa  261  3e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  45.83 
 
 
798 aa  258  2e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  44.69 
 
 
738 aa  255  2.0000000000000002e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.61 
 
 
409 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  44.72 
 
 
755 aa  254  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  42.29 
 
 
410 aa  253  1e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  29.65 
 
 
692 aa  248  3e-64  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  43.96 
 
 
738 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.54 
 
 
758 aa  246  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  40.81 
 
 
758 aa  246  9.999999999999999e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  35.27 
 
 
715 aa  243  9e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  32.6 
 
 
703 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  29.93 
 
 
709 aa  240  8e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  29.93 
 
 
709 aa  240  8e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  46.81 
 
 
717 aa  233  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  43.34 
 
 
725 aa  231  4e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  32.82 
 
 
406 aa  226  9e-58  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  32.55 
 
 
702 aa  225  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.78 
 
 
700 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  30.66 
 
 
628 aa  220  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  30.51 
 
 
628 aa  218  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.33 
 
 
678 aa  217  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  30.51 
 
 
628 aa  216  8e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  30.51 
 
 
628 aa  216  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  30.51 
 
 
628 aa  216  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  27.74 
 
 
702 aa  215  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.53 
 
 
683 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  43.03 
 
 
734 aa  210  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  41.87 
 
 
715 aa  207  7e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  29.07 
 
 
703 aa  205  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  28.17 
 
 
776 aa  201  3e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  27.25 
 
 
703 aa  193  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.45 
 
 
685 aa  188  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.38 
 
 
703 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.27 
 
 
703 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  31.38 
 
 
710 aa  179  2e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.78 
 
 
703 aa  170  7e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.75 
 
 
703 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.78 
 
 
734 aa  164  7e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.54 
 
 
600 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1021  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.84 
 
 
671 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.87 
 
 
731 aa  147  6e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.43 
 
 
690 aa  140  6e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.61 
 
 
396 aa  137  9e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1301  Thiol:disulfide interchange protein-like  33.89 
 
 
639 aa  134  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.98 
 
 
610 aa  114  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.17 
 
 
567 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  31.17 
 
 
567 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.92 
 
 
567 aa  111  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.92 
 
 
567 aa  110  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.92 
 
 
567 aa  110  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.12 
 
 
624 aa  104  5e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.46 
 
 
611 aa  104  6e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4665  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.35 
 
 
565 aa  103  9e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.836853  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.35 
 
 
565 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3856  Protein-disulfide reductase  29.1 
 
 
565 aa  103  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.35 
 
 
565 aa  103  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.35 
 
 
565 aa  103  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03968  hypothetical protein  29.35 
 
 
565 aa  103  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.32 
 
 
609 aa  103  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.1 
 
 
565 aa  103  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4605  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.1 
 
 
565 aa  102  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0011627  normal  0.838171 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0446  protein-disulfide reductase  27.66 
 
 
731 aa  102  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.1 
 
 
565 aa  102  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.18 
 
 
563 aa  101  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.27 
 
 
810 aa  100  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.68 
 
 
619 aa  100  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.57 
 
 
602 aa  99.4  2e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1181  thiol:disulfide interchange protein DsbD  24.01 
 
 
628 aa  99  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.753424  normal  0.0698623 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.43 
 
 
619 aa  99  3e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0403  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.78 
 
 
561 aa  98.2  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.471471  hitchhiker  0.00764608 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2885  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.07 
 
 
449 aa  97.4  7e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.326316 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  27.94 
 
 
629 aa  97.4  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0722  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.82 
 
 
583 aa  96.7  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.68 
 
 
619 aa  96.3  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>