More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4055 on replicon NC_009957
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  100 
 
 		 709 aa  1414    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  100 
 
 		 709 aa  1414    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  54.11 
 
 		 703 aa  672    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  39.73 
 
 		 715 aa  444  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  38.88 
 
 		 702 aa  426  1e-118  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  36.98 
 
 		 703 aa  423  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  38.72 
 
 		 703 aa  422  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.92 
 
 		 683 aa  415  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.01 
 
 		 685 aa  415  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.07 
 
 		 703 aa  411  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.02 
 
 		 703 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  39.94 
 
 		 702 aa  409  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  36.94 
 
 		 703 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.97 
 
 		 703 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  37.13 
 
 		 710 aa  405  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  36.01 
 
 		 734 aa  397  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.95 
 
 		 700 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  34.23 
 
 		 628 aa  343  8e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  34.09 
 
 		 628 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  34.38 
 
 		 628 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  34.09 
 
 		 628 aa  341  2.9999999999999998e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  34.09 
 
 		 628 aa  340  4e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  30.6 
 
 		 713 aa  294  5e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  30.16 
 
 		 701 aa  281  3e-74  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  30.58 
 
 		 745 aa  266  1e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.28 
 
 		 798 aa  260  6e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  29.87 
 
 		 696 aa  259  1e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.98 
 
 		 704 aa  256  9e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.81 
 
 		 678 aa  255  2.0000000000000002e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  30.43 
 
 		 748 aa  249  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.73 
 
 		 675 aa  248  3e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  28.13 
 
 		 692 aa  241  4e-62  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  31.38 
 
 		 698 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.5 
 
 		 686 aa  237  7e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.22 
 
 		 755 aa  235  2.0000000000000002e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  30.36 
 
 		 724 aa  231  5e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  33.82 
 
 		 726 aa  221  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  29.52 
 
 		 689 aa  214  3.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.31 
 
 		 709 aa  210  8e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  36.16 
 
 		 715 aa  209  2e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  35.41 
 
 		 692 aa  207  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  35.54 
 
 		 597 aa  205  2e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  35.1 
 
 		 738 aa  201  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.63 
 
 		 725 aa  197  8.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.77 
 
 		 409 aa  194  5e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  35.46 
 
 		 708 aa  192  2e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  35.34 
 
 		 757 aa  190  8e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  31.15 
 
 		 686 aa  188  3e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  38.32 
 
 		 724 aa  187  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.91 
 
 		 738 aa  187  5e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  30.1 
 
 		 406 aa  187  7e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  36.2 
 
 		 725 aa  187  7e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.22 
 
 		 738 aa  187  8e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.31 
 
 		 717 aa  186  9e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.55 
 
 		 686 aa  185  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.15 
 
 		 686 aa  182  2e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.59 
 
 		 738 aa  182  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.43 
 
 		 410 aa  181  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.68 
 
 		 715 aa  175  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  35.29 
 
 		 794 aa  170  8e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.9 
 
 		 758 aa  168  2.9999999999999998e-40  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  29.57 
 
 		 758 aa  167  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.25 
 
 		 734 aa  161  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1301  Thiol:disulfide interchange protein-like  30.22 
 
 		 639 aa  154  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.79 
 
 		 600 aa  152  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1021  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  24.2 
 
 		 671 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  24.75 
 
 		 776 aa  139  2e-31  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.47 
 
 		 731 aa  139  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.18 
 
 		 396 aa  135  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.16 
 
 		 690 aa  130  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0225  hypothetical protein  41.67 
 
 		 265 aa  127  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1000  hypothetical protein  41.84 
 
 		 265 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2660  hypothetical protein  41.13 
 
 		 265 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.857145  normal  0.753629 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3068  hypothetical protein  41.88 
 
 		 261 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.893095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  26.88 
 
 		 630 aa  113  1.0000000000000001e-23  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0682  hypothetical protein  50.47 
 
 		 290 aa  113  2.0000000000000002e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.65 
 
 		 789 aa  109  2e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3134  thiol:disulfide interchange protein, putative  45.61 
 
 		 181 aa  108  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3226  thiol:disulfide interchange protein, putative  45.61 
 
 		 181 aa  108  3e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6934  hypothetical protein  46.6 
 
 		 291 aa  108  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0888  thiol:disulfide interchange protein, putative  45.61 
 
 		 181 aa  107  6e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0973  thiol:disulfide interchange protein, putative  42.24 
 
 		 199 aa  105  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.156553  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  28.82 
 
 		 649 aa  103  9e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.36 
 
 		 607 aa  103  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  26.51 
 
 		 629 aa  103  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6967  hypothetical protein  37.67 
 
 		 279 aa  102  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1029  thiol:disulfide interchange protein, putative  41.59 
 
 		 183 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.357817  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3330  thiol:disulfide interchange protein, putative  41.59 
 
 		 183 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1062  thiol:disulfide interchange protein, putative  41.59 
 
 		 183 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0960  thiol:disulfide interchange protein, putative  41.59 
 
 		 183 aa  102  3e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6267  hypothetical protein  43.69 
 
 		 301 aa  102  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38552  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3319  thiol:disulfide interchange protein, putative  43.36 
 
 		 180 aa  101  4e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0787  hypothetical protein  49.49 
 
 		 277 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2595  hypothetical protein  43.81 
 
 		 287 aa  101  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.06 
 
 		 624 aa  101  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.61 
 
 		 466 aa  101  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3659  thiol:disulfide interchange protein, putative  43.36 
 
 		 181 aa  100  7e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.77 
 
 		 624 aa  99.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.88 
 
 		 609 aa  99.8  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.54 
 
 		 592 aa  99  3e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>