79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0888 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0888  thiol:disulfide interchange protein, putative  100 
 
 		 181 aa  370  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3226  thiol:disulfide interchange protein, putative  97.79 
 
 		 181 aa  364  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.291039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3134  thiol:disulfide interchange protein, putative  97.79 
 
 		 181 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3659  thiol:disulfide interchange protein, putative  90.36 
 
 		 181 aa  317  7.999999999999999e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1062  thiol:disulfide interchange protein, putative  82.78 
 
 		 183 aa  300  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1029  thiol:disulfide interchange protein, putative  82.78 
 
 		 183 aa  300  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.357817  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3330  thiol:disulfide interchange protein, putative  82.78 
 
 		 183 aa  300  5.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0960  thiol:disulfide interchange protein, putative  84.08 
 
 		 183 aa  290  9e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0973  thiol:disulfide interchange protein, putative  79.33 
 
 		 199 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.156553  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3319  thiol:disulfide interchange protein, putative  55.31 
 
 		 180 aa  217  7e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3095  thiol:disulfide interchange protein, putative  56.25 
 
 		 177 aa  187  5e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2836  thiol:disulfide interchange protein, putative  48.7 
 
 		 179 aa  159  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.399534 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3080  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.66 
 
 		 179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  45.61 
 
 		 709 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  45.61 
 
 		 709 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  43.48 
 
 		 734 aa  104  8e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  42.34 
 
 		 685 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  36.42 
 
 		 702 aa  101  5e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  40.87 
 
 		 710 aa  101  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40 
 
 		 683 aa  99.8  2e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  39.83 
 
 		 715 aa  99  3e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  38.02 
 
 		 628 aa  98.2  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.61 
 
 		 678 aa  98.2  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  38.02 
 
 		 628 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  41.07 
 
 		 703 aa  97.1  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  38.02 
 
 		 628 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  38.02 
 
 		 628 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  38.02 
 
 		 628 aa  95.5  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  37.93 
 
 		 703 aa  95.5  4e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  33.33 
 
 		 703 aa  95.5  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  37.93 
 
 		 703 aa  95.1  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.33 
 
 		 703 aa  94.7  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.33 
 
 		 703 aa  94.4  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.33 
 
 		 703 aa  93.2  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  37.17 
 
 		 702 aa  88.2  6e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.65 
 
 		 700 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  33.33 
 
 		 745 aa  79  0.00000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.78 
 
 		 738 aa  74.3  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  27.22 
 
 		 692 aa  72.8  0.000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.71 
 
 		 758 aa  71.2  0.000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  32.71 
 
 		 758 aa  71.2  0.000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.86 
 
 		 675 aa  70.9  0.000000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  28.93 
 
 		 597 aa  70.5  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  32.17 
 
 		 724 aa  68.9  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  34.02 
 
 		 757 aa  68.2  0.00000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.73 
 
 		 798 aa  67  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  32.35 
 
 		 708 aa  65.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  34.95 
 
 		 692 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  25.26 
 
 		 696 aa  64.3  0.0000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  33.65 
 
 		 794 aa  64.3  0.0000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  33.65 
 
 		 715 aa  64.3  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.14 
 
 		 715 aa  63.9  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.95 
 
 		 709 aa  63.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  30.91 
 
 		 748 aa  63.5  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  30.16 
 
 		 686 aa  62.4  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  28.57 
 
 		 738 aa  61.2  0.000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.32 
 
 		 717 aa  59.7  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  33.66 
 
 		 725 aa  59.7  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  28.21 
 
 		 701 aa  57.8  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.22 
 
 		 410 aa  57  0.0000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.82 
 
 		 686 aa  55.8  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  24.55 
 
 		 713 aa  55.5  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.73 
 
 		 704 aa  55.5  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.52 
 
 		 738 aa  55.5  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.52 
 
 		 738 aa  55.1  0.0000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.93 
 
 		 686 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.89 
 
 		 755 aa  55.1  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.77 
 
 		 686 aa  54.7  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  31.87 
 
 		 776 aa  54.7  0.0000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.67 
 
 		 725 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  28.71 
 
 		 698 aa  52.8  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.61 
 
 		 734 aa  50.8  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  34.09 
 
 		 724 aa  49.3  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  26.67 
 
 		 726 aa  47.4  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  22.83 
 
 		 604 aa  46.6  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  28.05 
 
 		 689 aa  44.7  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.56 
 
 		 592 aa  44.7  0.0008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.54 
 
 		 628 aa  42.7  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3247  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.72 
 
 		 616 aa  42  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0836496  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>