More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2713 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  56.43 
 
 
686 aa  776    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  100 
 
 
689 aa  1381    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  49.01 
 
 
698 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  48.32 
 
 
686 aa  484  1e-135  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  44.78 
 
 
686 aa  473  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  44.8 
 
 
686 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  35.1 
 
 
726 aa  359  9.999999999999999e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  37.8 
 
 
675 aa  337  5.999999999999999e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.34 
 
 
704 aa  332  1e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.16 
 
 
709 aa  328  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  36.48 
 
 
715 aa  324  4e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.44 
 
 
692 aa  318  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  36.55 
 
 
724 aa  314  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.93 
 
 
738 aa  304  4.0000000000000003e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  33.87 
 
 
725 aa  302  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  35.42 
 
 
798 aa  293  5e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.29 
 
 
755 aa  287  4e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  32.73 
 
 
696 aa  285  2.0000000000000002e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  32.2 
 
 
745 aa  284  4.0000000000000003e-75  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  33.77 
 
 
708 aa  281  2e-74  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  30.74 
 
 
701 aa  279  1e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  33.69 
 
 
738 aa  275  2.0000000000000002e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  33.77 
 
 
724 aa  274  4.0000000000000004e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  30.51 
 
 
692 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.14 
 
 
715 aa  271  2.9999999999999997e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  42.13 
 
 
597 aa  270  5.9999999999999995e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  43.65 
 
 
757 aa  263  6e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  29.91 
 
 
713 aa  256  1.0000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  34.41 
 
 
409 aa  254  5.000000000000001e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  42.27 
 
 
794 aa  243  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  39.9 
 
 
758 aa  243  1e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  30.32 
 
 
709 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  30.32 
 
 
709 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  39.64 
 
 
758 aa  239  1e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  33.92 
 
 
406 aa  236  2.0000000000000002e-60  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38.02 
 
 
410 aa  232  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  40.61 
 
 
748 aa  231  4e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  29.07 
 
 
703 aa  230  5e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  30.8 
 
 
715 aa  230  7e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.95 
 
 
734 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.1 
 
 
738 aa  220  5e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.59 
 
 
738 aa  216  9.999999999999999e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  28.1 
 
 
703 aa  213  7.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  26.78 
 
 
703 aa  212  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.81 
 
 
683 aa  209  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.3 
 
 
700 aa  207  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.71 
 
 
628 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.71 
 
 
628 aa  194  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  28.53 
 
 
702 aa  194  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.71 
 
 
628 aa  194  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  28.71 
 
 
628 aa  193  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  28.43 
 
 
628 aa  191  5e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.85 
 
 
703 aa  187  4e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  27.88 
 
 
702 aa  187  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.82 
 
 
703 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.7 
 
 
703 aa  186  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.87 
 
 
703 aa  184  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  25.18 
 
 
776 aa  183  8.000000000000001e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  32.75 
 
 
710 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.77 
 
 
685 aa  169  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.74 
 
 
734 aa  144  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.02 
 
 
600 aa  141  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.63 
 
 
678 aa  137  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.32 
 
 
731 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1021  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.87 
 
 
671 aa  129  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.72 
 
 
690 aa  125  3e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1301  Thiol:disulfide interchange protein-like  27.46 
 
 
639 aa  113  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2382  Protein-disulfide reductase  23.24 
 
 
581 aa  99.4  2e-19  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  7.870920000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.72 
 
 
610 aa  97.4  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  27.16 
 
 
575 aa  95.5  3e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2274  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.97 
 
 
600 aa  94.4  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  36.36 
 
 
725 aa  93.2  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.85 
 
 
717 aa  92.8  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0281  thiol:disulfide interchange protein  27.03 
 
 
630 aa  91.7  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.16 
 
 
810 aa  91.3  6e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.99 
 
 
609 aa  90.9  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.78 
 
 
619 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.8 
 
 
619 aa  89  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.78 
 
 
619 aa  89.4  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  27.59 
 
 
649 aa  89  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.7 
 
 
611 aa  88.6  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.54 
 
 
619 aa  88.2  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.4 
 
 
607 aa  88.2  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  27.89 
 
 
396 aa  88.2  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1646  hypothetical protein  24.93 
 
 
449 aa  87  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  25.38 
 
 
603 aa  86.3  0.000000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4719  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.64 
 
 
567 aa  86.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0129572  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  25 
 
 
604 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4593  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.64 
 
 
567 aa  86.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.610696 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4684  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.64 
 
 
567 aa  86.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4741  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.64 
 
 
567 aa  86.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.75 
 
 
789 aa  86.3  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.16 
 
 
602 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.93 
 
 
628 aa  86.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4601  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.64 
 
 
567 aa  85.5  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.506654  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.68 
 
 
466 aa  85.1  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  23.41 
 
 
608 aa  85.1  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.51 
 
 
624 aa  85.1  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0520  protein-disulfide reductase  24.94 
 
 
610 aa  84.7  0.000000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00644414  normal  0.263509 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.04 
 
 
613 aa  84  0.000000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>