278 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0730 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  60.84 
 
 
798 aa  750    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  59.89 
 
 
724 aa  741    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  61.72 
 
 
738 aa  737    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  60.08 
 
 
748 aa  729    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  62.97 
 
 
738 aa  735    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  100 
 
 
717 aa  1400    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  60.78 
 
 
755 aa  759    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  65.21 
 
 
715 aa  729    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  62.92 
 
 
738 aa  731    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  42.06 
 
 
725 aa  415  1e-114  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  38.29 
 
 
745 aa  399  1e-109  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.68 
 
 
726 aa  381  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.61 
 
 
704 aa  376  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  38.23 
 
 
738 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  40.59 
 
 
709 aa  371  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  35.25 
 
 
696 aa  361  3e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  35.55 
 
 
686 aa  355  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  39.78 
 
 
724 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  36.4 
 
 
708 aa  322  1.9999999999999998e-86  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  38 
 
 
686 aa  318  3e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  33.38 
 
 
701 aa  315  1.9999999999999998e-84  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  35.02 
 
 
698 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  51.91 
 
 
725 aa  312  2e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  31.39 
 
 
692 aa  306  8.000000000000001e-82  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  31.47 
 
 
713 aa  294  4e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  34.11 
 
 
715 aa  293  5e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  30.8 
 
 
709 aa  277  5e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  30.8 
 
 
709 aa  277  5e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  35.96 
 
 
686 aa  273  1e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  32.36 
 
 
703 aa  265  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  46.23 
 
 
675 aa  265  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  46.02 
 
 
692 aa  262  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  46.02 
 
 
715 aa  263  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  40.25 
 
 
597 aa  262  2e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  47.04 
 
 
734 aa  257  6e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  27.31 
 
 
703 aa  251  4e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  39.71 
 
 
410 aa  249  1e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  41.3 
 
 
757 aa  249  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.83 
 
 
409 aa  244  3.9999999999999997e-63  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  27.59 
 
 
703 aa  244  3.9999999999999997e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  41.32 
 
 
794 aa  243  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  28.91 
 
 
776 aa  236  2.0000000000000002e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  37.76 
 
 
758 aa  226  1e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  37.5 
 
 
758 aa  224  3e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.37 
 
 
700 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  27.22 
 
 
702 aa  220  7e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.72 
 
 
683 aa  217  5e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  31.17 
 
 
406 aa  216  9e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  27.3 
 
 
710 aa  212  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.63 
 
 
685 aa  201  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.26 
 
 
628 aa  197  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.21 
 
 
703 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.21 
 
 
703 aa  196  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  27.26 
 
 
628 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.26 
 
 
628 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.21 
 
 
703 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.11 
 
 
628 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  27.11 
 
 
628 aa  194  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.12 
 
 
678 aa  191  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.2 
 
 
734 aa  183  8.000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.09 
 
 
703 aa  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  53.11 
 
 
686 aa  173  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.64 
 
 
600 aa  158  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.51 
 
 
690 aa  157  8e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.92 
 
 
731 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.17 
 
 
396 aa  142  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1021  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.51 
 
 
671 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  28 
 
 
613 aa  127  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.93 
 
 
613 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.31 
 
 
610 aa  124  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1301  Thiol:disulfide interchange protein-like  29.14 
 
 
639 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.74 
 
 
613 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.8 
 
 
604 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.33 
 
 
619 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.31 
 
 
619 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.55 
 
 
619 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.91 
 
 
619 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2885  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.01 
 
 
449 aa  107  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.326316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.42 
 
 
609 aa  104  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.71 
 
 
610 aa  103  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0416  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.89 
 
 
624 aa  101  5e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.136243  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.47 
 
 
602 aa  98.6  4e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2056  divalent cation transporter  28.18 
 
 
575 aa  97.8  6e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  hitchhiker  0.000288452  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0028  protein-disulfide reductase  29.84 
 
 
623 aa  97.8  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.26 
 
 
611 aa  97.8  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0538  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.28 
 
 
607 aa  97.4  9e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.126162  decreased coverage  0.00471183 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0145  cytochrome C biogenesis protein transmembrane region  25.99 
 
 
570 aa  97.1  1e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.5 
 
 
628 aa  96.3  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3523  hypothetical protein  41.01 
 
 
342 aa  94.7  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.705099  normal  0.300645 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0953  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.07 
 
 
608 aa  94.4  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447642  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3915  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.22 
 
 
613 aa  94  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1778  protein-disulfide reductase  28.3 
 
 
629 aa  93.6  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0980  thiol:disulfide interchange protein DsbD (protein-disulfide reductase) (disulfide reductase)  24.52 
 
 
574 aa  92.8  2e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  31.02 
 
 
689 aa  92.8  2e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  27.07 
 
 
603 aa  92  3e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3876  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.72 
 
 
565 aa  92  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  28.7 
 
 
624 aa  91.7  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  30.79 
 
 
642 aa  91.7  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5652  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.37 
 
 
565 aa  90.9  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000390549  normal  0.76636 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.42 
 
 
565 aa  90.5  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>