296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3550 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003038  membrane protein suppressor for copper-sensitivity ScsB  52.77 
 
 
703 aa  708    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4153  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  70.22 
 
 
703 aa  984    Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00759916  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3005  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  72.06 
 
 
683 aa  1000    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.123614  normal  0.852427 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3550  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  100 
 
 
710 aa  1437    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4357  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  69.93 
 
 
703 aa  981    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4225  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  70.36 
 
 
703 aa  984    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02847  hypothetical protein  51.87 
 
 
703 aa  702    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0114  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  69.35 
 
 
703 aa  975    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.453155  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0758  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  50 
 
 
702 aa  636    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3200  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  68.12 
 
 
685 aa  952    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3607  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  49.43 
 
 
734 aa  617  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1073  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  41.1 
 
 
628 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1209  membrane protein suppressor for copper-sensitivity B  41.1 
 
 
628 aa  480  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776669  normal  0.266538 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1178  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  40.96 
 
 
628 aa  477  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1224  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  40.96 
 
 
628 aa  478  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.351874  normal  0.545924 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1189  membrane protein, suppressor for copper-sensitivity B  40.81 
 
 
628 aa  473  1e-132  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.289009  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3350  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  41.52 
 
 
678 aa  467  9.999999999999999e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4055  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  37.13 
 
 
709 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3779  thiol:disulfide interchange protein DsbD 1 precursor  37.13 
 
 
709 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3407  thiol:disulfide interchange protein DsbD  38.18 
 
 
703 aa  420  1e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.325788  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3058  putative suppressor for copper-sensitivity B precursor  34.17 
 
 
715 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3686  putative suppressor for copper-sensitivity B  35.34 
 
 
702 aa  357  2.9999999999999997e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141878  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5139  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.95 
 
 
700 aa  354  4e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228449  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1843  thiol-disulfide interchange protein DsbD precursor-like protein  29.99 
 
 
713 aa  278  3e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2043  thiol-disulfide interchange protein-like protein  30.37 
 
 
701 aa  276  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.476424  normal  0.478834 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0897  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  27.59 
 
 
745 aa  243  9e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.588085 
 
 
-
 
NC_002620  TC0884  thiol:disulfide interchange protein DsbD, putative  28.63 
 
 
692 aa  239  1e-61  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.25686  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7374  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.5 
 
 
725 aa  238  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0565  thiol:disulfide interchange protein, putative  27.27 
 
 
726 aa  237  5.0000000000000005e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0567  glucan 1,4-alpha-glucosidase  28.16 
 
 
696 aa  230  9e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0442457  normal  0.317311 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4691  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.55 
 
 
738 aa  227  6e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.937324 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2160  hypothetical protein  30.51 
 
 
708 aa  221  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0597  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.8 
 
 
704 aa  216  9.999999999999999e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00681901 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0814  C-type cytochrome biogenesis protein  34.57 
 
 
597 aa  207  5e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03010  C-type cytochrome biogenesis protein  35.25 
 
 
757 aa  207  7e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0748  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane protein  28.34 
 
 
724 aa  204  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00532426  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4257  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like  26.32 
 
 
738 aa  204  5e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2338  thiol:disulfide interchange protein, putative  30.17 
 
 
724 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.624008  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2864  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.46 
 
 
675 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.259358  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4798  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.41 
 
 
709 aa  196  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.379301  normal  0.840311 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4075  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.84 
 
 
686 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4281  thiol:disulfide interchange protein, putative  32.07 
 
 
692 aa  189  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294342  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4648  thiol:disulfide interchange protein, putative  31.57 
 
 
715 aa  189  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.938928 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0860  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.12 
 
 
409 aa  188  3e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1689  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  30.87 
 
 
758 aa  186  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.2628  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0156  thiol-disulfide interchange protein DsbD-like protein  31.41 
 
 
748 aa  185  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1620  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.61 
 
 
758 aa  185  3e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0623466  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1068  C-type cytochrome family protein  32.13 
 
 
406 aa  184  5.0000000000000004e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.876308  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0587  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  31.51 
 
 
798 aa  178  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2791  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  26.26 
 
 
686 aa  174  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3630  C-type cytochrome biogenesis protein (copper tolerance)  32.39 
 
 
794 aa  174  5.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.302281  normal  0.687472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6628  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.47 
 
 
734 aa  172  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.259984 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4456  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.17 
 
 
755 aa  171  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0343  Thiol:disulfide interchange protein-like protein  27.96 
 
 
776 aa  170  1e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0708911  normal  0.0124228 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3390  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  31.49 
 
 
410 aa  169  2e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0043  thiol:disulfide interchange protein  26.51 
 
 
686 aa  169  2e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.391259 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2713  thiol:disulfide interchange protein  32.32 
 
 
689 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1489  putative ThiO:disulfide interchange protein  32.66 
 
 
725 aa  168  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.65412 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1063  thiol:disulfide interchange protein  29.3 
 
 
698 aa  162  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382078  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0730  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30.81 
 
 
717 aa  159  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3127  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.67 
 
 
738 aa  159  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3854  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  29.49 
 
 
738 aa  152  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0376  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  32.74 
 
 
715 aa  152  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1301  Thiol:disulfide interchange protein-like  28.89 
 
 
639 aa  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1990  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  30 
 
 
690 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0971159  normal  0.236274 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0084  thiol:disulfide interchange protein precursor  30.2 
 
 
592 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1730  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  27.76 
 
 
600 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3036  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  28.07 
 
 
731 aa  135  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0875816 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4158  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.32 
 
 
609 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.18513 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1021  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  23.56 
 
 
671 aa  125  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002212  cytochrome c-type biogenesis protein DsbD protein-disulfide reductase  30.47 
 
 
603 aa  124  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0542  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.96 
 
 
686 aa  124  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1398  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  25.7 
 
 
396 aa  122  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.422628  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0285  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  25.94 
 
 
789 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.352123  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0546  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.16 
 
 
613 aa  120  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0488882  normal  0.137935 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3406  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.16 
 
 
613 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0237355 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3576  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.92 
 
 
613 aa  120  9e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.784092 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0636  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  30.79 
 
 
466 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.619274 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3247  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.75 
 
 
604 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3726  thiol:disulfide interchange protein precursor  26.63 
 
 
619 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0659  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.67 
 
 
619 aa  118  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3666  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.39 
 
 
628 aa  119  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.162085  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0583  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.88 
 
 
610 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0696  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.74 
 
 
610 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0636  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.67 
 
 
619 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0663  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.67 
 
 
619 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3506  protein-disulfide reductase  26.67 
 
 
642 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.647422 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3080  thiol:disulfide interchange protein, putative  42.14 
 
 
179 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4015  thiol:disulfide interchange protein precursor  25.65 
 
 
611 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000287322 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3288  cytochrome c biogenesis protein, transmembrane region  24.38 
 
 
624 aa  114  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0323  thiol:disulfide interchange protein precursor  27.64 
 
 
563 aa  114  8.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000046864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2010  protein-disulfide reductase  28.33 
 
 
649 aa  113  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0231364 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3266  thiol:disulfide interchange protein precursor  24.94 
 
 
602 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00603996 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04006  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.24 
 
 
565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0669  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  26.7 
 
 
810 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0741  hypothetical protein  26.77 
 
 
586 aa  112  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4377  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.97 
 
 
565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0111987  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4691  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.97 
 
 
565 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0712  thiol:disulfide interchange protein precursor  29.62 
 
 
570 aa  112  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.642209  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4665  thiol:disulfide interchange protein precursor  28.97 
 
 
565 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.836853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>