71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_2056 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_1792  oligogalacturonide lyase  80.15 
 
 		 388 aa  688    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.512963  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2654  oligogalacturonate lyase  79.9 
 
 		 388 aa  686    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.619254  normal  0.0112854 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2056  Oligogalacturonide lyase  100 
 
 		 388 aa  819    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00529554  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1682  oligogalacturonide lyase  80.15 
 
 		 388 aa  688    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1948  Oligogalacturonide lyase  92.01 
 
 		 388 aa  763    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000264473  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1884  Oligogalacturonide lyase  88.37 
 
 		 388 aa  738    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00177498  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2176  Oligogalacturonide lyase  88.63 
 
 		 388 aa  738    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00249856  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000912  oligogalacturonate lyase  69.09 
 
 		 385 aa  582  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3297  oligogalacturonide lyase  68.23 
 
 		 391 aa  572  1.0000000000000001e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.367487  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3293  oligogalacturonide lyase  65.79 
 
 		 375 aa  536  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.489852 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0773  oligogalacturonide lyase  57.59 
 
 		 382 aa  483  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2370  oligogalacturonide lyase  30.58 
 
 		 383 aa  167  4e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.612375 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3901  hypothetical protein  27.27 
 
 		 394 aa  107  5e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0134044  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0273  hypothetical protein  22.94 
 
 		 378 aa  88.2  2e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.738007 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2448  hypothetical protein  24.32 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.373683  normal  0.317121 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  29.45 
 
 		 434 aa  55.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  26.63 
 
 		 461 aa  53.1  0.000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3949  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  33.96 
 
 		 716 aa  51.2  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.782575  normal  0.167111 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  25.64 
 
 		 450 aa  50.8  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  28.97 
 
 		 442 aa  49.3  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  27.71 
 
 		 425 aa  48.9  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  26.95 
 
 		 442 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  26.95 
 
 		 442 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  27.66 
 
 		 442 aa  48.1  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  24.65 
 
 		 424 aa  48.5  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  26.95 
 
 		 442 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01610  translocation protein TolB  25.64 
 
 		 442 aa  47.8  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  22.49 
 
 		 441 aa  47.8  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  24.5 
 
 		 1111 aa  47.8  0.0004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003913  TolB protein precursor  23.73 
 
 		 442 aa  47  0.0006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.26371  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1331  WD40 domain-containing protein  25.75 
 
 		 455 aa  47  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.880519 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1527  translocation protein TolB  26.24 
 
 		 441 aa  45.4  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000832022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  27.66 
 
 		 442 aa  46.2  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  23.5 
 
 		 436 aa  45.8  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  23.7 
 
 		 451 aa  45.4  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2538  translocation protein TolB  22.6 
 
 		 442 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000186682  hitchhiker  0.0000162747 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02684  translocation protein TolB  24.56 
 
 		 451 aa  45.4  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0273488  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1156  translocation protein TolB  25.64 
 
 		 428 aa  45.4  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1785  translocation protein TolB  22.6 
 
 		 442 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000978843  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  26.95 
 
 		 442 aa  45.1  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2086  translocation protein TolB  25.93 
 
 		 441 aa  45.4  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000540509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1746  translocation protein TolB  23.16 
 
 		 442 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000149314  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  24.2 
 
 		 441 aa  45.1  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1742  translocation protein TolB  22.6 
 
 		 442 aa  45.1  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000714613  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0466  amidohydrolase  23.68 
 
 		 1113 aa  45.1  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.83396  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1111  translocation protein TolB  23.91 
 
 		 446 aa  44.7  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00131159  normal  0.386204 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2564  translocation protein TolB  26.24 
 
 		 440 aa  44.7  0.003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000866572  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1397  translocation protein TolB  25.9 
 
 		 430 aa  44.7  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000187657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2956  translocation protein TolB  25.9 
 
 		 430 aa  44.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000231645  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2868  translocation protein TolB  25.9 
 
 		 430 aa  44.7  0.003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000034107  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0769  translocation protein TolB  25.9 
 
 		 430 aa  44.3  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000591343  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00689  hypothetical protein  25.9 
 
 		 430 aa  44.3  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000219845  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0843  translocation protein TolB  25.9 
 
 		 430 aa  44.3  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000968933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1279  translocation protein TolB  24.36 
 
 		 430 aa  44.3  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000335238  decreased coverage  0.00000521877 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2895  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25.9 
 
 		 430 aa  44.3  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000023315  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00700  translocation protein TolB precursor  25.9 
 
 		 430 aa  44.3  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000197077  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2915  translocation protein TolB  25.9 
 
 		 430 aa  44.3  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000243248  normal  0.51862 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0763  translocation protein TolB  25.9 
 
 		 431 aa  44.3  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000112892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0662  translocation protein TolB  25.9 
 
 		 430 aa  44.3  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000673794  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1238  translocation protein TolB  25 
 
 		 430 aa  43.9  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00586154  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0242  translocation protein TolB  21.69 
 
 		 428 aa  43.9  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  23.24 
 
 		 445 aa  43.9  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  24.73 
 
 		 443 aa  43.5  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0811  translocation protein TolB  25.18 
 
 		 431 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188067  normal  0.784941 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0875  translocation protein TolB  25.18 
 
 		 431 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0139765  normal  0.325318 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0907  translocation protein TolB  25.18 
 
 		 431 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.077859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0844  translocation protein TolB  25.18 
 
 		 431 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0211285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0784  translocation protein TolB  25.18 
 
 		 431 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000303788  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  23.63 
 
 		 443 aa  43.1  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  24.73 
 
 		 443 aa  42.7  0.009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  25 
 
 		 442 aa  42.7  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>