19 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2448 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2448  hypothetical protein  100 
 
 		 391 aa  807    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.373683  normal  0.317121 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0273  hypothetical protein  65.89 
 
 		 378 aa  522  1e-147  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.738007 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2370  oligogalacturonide lyase  26.3 
 
 		 383 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.612375 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3901  hypothetical protein  27.2 
 
 		 394 aa  87.4  4e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0134044  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2176  Oligogalacturonide lyase  25.55 
 
 		 388 aa  84  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00249856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1884  Oligogalacturonide lyase  25.31 
 
 		 388 aa  83.6  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00177498  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3297  oligogalacturonide lyase  23.74 
 
 		 391 aa  82.4  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.367487  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2056  Oligogalacturonide lyase  24.38 
 
 		 388 aa  82.8  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00529554  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0773  oligogalacturonide lyase  24.76 
 
 		 382 aa  81.6  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1682  oligogalacturonide lyase  25.12 
 
 		 388 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1792  oligogalacturonide lyase  25.12 
 
 		 388 aa  79.3  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.512963  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2654  oligogalacturonate lyase  24.88 
 
 		 388 aa  76.6  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.619254  normal  0.0112854 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1948  Oligogalacturonide lyase  25.49 
 
 		 388 aa  76.6  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000264473  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000912  oligogalacturonate lyase  22.2 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3293  oligogalacturonide lyase  21.86 
 
 		 375 aa  65.1  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.489852 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  27.42 
 
 		 1059 aa  49.7  0.00009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  35.62 
 
 		 1040 aa  43.1  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  34.72 
 
 		 1069 aa  42.7  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1818  peptidase S9, prolyl oligopeptidase active site region  34.44 
 
 		 692 aa  42.7  0.01  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0201758  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>