43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1884 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2176  Oligogalacturonide lyase  98.71 
 
 		 388 aa  808    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00249856  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1884  Oligogalacturonide lyase  100 
 
 		 388 aa  813    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00177498  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1948  Oligogalacturonide lyase  88.63 
 
 		 388 aa  733    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000264473  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2056  Oligogalacturonide lyase  88.37 
 
 		 388 aa  738    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00529554  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1792  oligogalacturonide lyase  81.19 
 
 		 388 aa  690    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.512963  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2654  oligogalacturonate lyase  80.93 
 
 		 388 aa  688    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.619254  normal  0.0112854 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1682  oligogalacturonide lyase  81.19 
 
 		 388 aa  690    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000912  oligogalacturonate lyase  67.53 
 
 		 385 aa  567  1e-161  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3297  oligogalacturonide lyase  67.45 
 
 		 391 aa  566  1e-160  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.367487  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3293  oligogalacturonide lyase  65.79 
 
 		 375 aa  541  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.489852 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0773  oligogalacturonide lyase  58.64 
 
 		 382 aa  482  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2370  oligogalacturonide lyase  30.9 
 
 		 383 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.612375 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3901  hypothetical protein  26.85 
 
 		 394 aa  105  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0134044  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0273  hypothetical protein  24.07 
 
 		 378 aa  89.7  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.738007 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2448  hypothetical protein  25.06 
 
 		 391 aa  76.6  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.373683  normal  0.317121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1462  translocation protein TolB  27.59 
 
 		 442 aa  50.4  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000134108  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1229  translocation protein TolB  27.46 
 
 		 424 aa  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0145  translocation protein TolB  25.18 
 
 		 434 aa  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2092  translocation protein TolB  24.7 
 
 		 425 aa  47.8  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.626129  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1898  translocation protein TolB  25.47 
 
 		 450 aa  47.4  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2939  translocation protein TolB  25.43 
 
 		 451 aa  47.8  0.0004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00432408  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3394  translocation protein TolB  23.67 
 
 		 441 aa  47  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0686  translocation protein TolB  26.09 
 
 		 461 aa  46.6  0.0008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.223253  normal  0.228867 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2440  translocation protein TolB  25.53 
 
 		 442 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000137237  normal  0.263362 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2368  translocation protein TolB  25.53 
 
 		 442 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000751795  normal  0.188875 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1607  translocation protein TolB  26.24 
 
 		 442 aa  45.4  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000108344  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1394  translocation protein TolB  26.9 
 
 		 442 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000203609  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  21.86 
 
 		 436 aa  46.2  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2531  translocation protein TolB  25.53 
 
 		 442 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000171266  normal  0.044306 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1218  translocation protein TolB  24.73 
 
 		 443 aa  45.1  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.27228  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1697  translocation protein TolB  25.27 
 
 		 443 aa  45.1  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2748  translocation protein TolB  25.53 
 
 		 442 aa  45.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2714  translocation protein TolB  23.64 
 
 		 441 aa  45.4  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0459045  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  23.76 
 
 		 445 aa  45.1  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3119  translocation protein TolB  23.16 
 
 		 439 aa  45.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1639  translocation protein TolB  25.27 
 
 		 443 aa  44.7  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1731  translocation protein TolB  27.27 
 
 		 449 aa  43.9  0.004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.693647  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2050  translocation protein TolB  24.24 
 
 		 429 aa  43.5  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2229  translocation protein TolB  23.6 
 
 		 435 aa  43.5  0.007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4436  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  22.53 
 
 		 442 aa  43.5  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.314306  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3949  peptidase S9 prolyl oligopeptidase active site domain protein  31.52 
 
 		 716 aa  43.1  0.008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.782575  normal  0.167111 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1331  WD40 domain-containing protein  25.23 
 
 		 455 aa  43.1  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.880519 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3387  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  23.63 
 
 		 442 aa  43.1  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.413738  normal  0.777637 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>