217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1449 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1449  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 		 152 aa  306  8e-83  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0023  transcriptional regulator, TrmB  37.04 
 
 		 151 aa  91.3  4e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0669  MarR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 187 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.263204  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1448  transcriptional regulator, MarR family  29.63 
 
 		 144 aa  77.8  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.165175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1245  transcriptional regulator, MarR family  35 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.868936  normal  0.145982 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0786  MarR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 155 aa  69.3  0.00000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0555365  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1655  transcriptional regulator, MarR family  37.36 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0013  MarR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 154 aa  67  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000751297  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3274  MarR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.154941  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3030  MarR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.286737  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3730  transcriptional regulator, MarR family  28.19 
 
 		 151 aa  63.9  0.0000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2951  MarR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316787  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3281  transcriptional regulator, MarR family  27.4 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3263  MarR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3251  transcriptional regulator, MarR family  27.4 
 
 		 150 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1999  transcriptional regulator, MarR family  26.71 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2289  transcriptional regulator, MarR family  24.81 
 
 		 141 aa  61.2  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2587  MarR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.443857  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0854  transcriptional regulator, TrmB  30.17 
 
 		 149 aa  60.1  0.000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000058861  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2138  MarR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 157 aa  58.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.14968  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0360  MarR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 141 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0331  hypothetical protein  30.84 
 
 		 165 aa  57.8  0.00000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06856  hypothetical protein  29.63 
 
 		 142 aa  57  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2920  MarR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3228  transcriptional regulator, MarR family  26.4 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2992  MarR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3220  MarR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 139 aa  56.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1192  MarR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.428453  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3216  transcriptional regulator, MarR family  26.4 
 
 		 139 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1954  MarR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3249  transcriptional regulator, MarR family  26.4 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0135  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 149 aa  55.1  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2980  MarR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 139 aa  55.1  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134372  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1636  transcriptional regulator  30.11 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1757  MarR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 150 aa  54.3  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.888678  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4923  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3846  transcriptional regulator, MarR family  31.82 
 
 		 138 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.530483 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1637  transcriptional regulator, MarR family  24.31 
 
 		 158 aa  53.5  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.615997 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0409  MarR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 153 aa  53.1  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1552  MarR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 138 aa  53.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  29.41 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_002950  PG0020  MarR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 234 aa  52  0.000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.965636 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3567  transcriptional regulator, MarR family  27.42 
 
 		 143 aa  52  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5540  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 		 148 aa  51.6  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.971707 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0640  transcriptional regulator, MarR family  25.22 
 
 		 145 aa  50.8  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0410706  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3416  transcriptional regulator, MarR family  25.37 
 
 		 162 aa  50.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.765754  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3070  transcriptional regulator, MarR family  25.37 
 
 		 162 aa  50.8  0.000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1866  transcriptional regulator, MarR family  27.5 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0339276  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2598  MarR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0212362 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0150  MarR family transcriptional regulator  28 
 
 		 154 aa  49.7  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0208553  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2485  MarR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2240  MarR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 157 aa  50.1  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3893  transcriptional regulator, MarR family  27.14 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.12829  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2478  MarR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.795114  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1640  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.56 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1858  MarR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 168 aa  49.7  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0962  MarR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 165 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2128  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.56 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.318768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1612  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.56 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1732  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.56 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1675  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.56 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2144  DNA-binding transcriptional repressor MarR  27.56 
 
 		 144 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.517462  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01489  DNA-binding transcriptional repressor of multiple antibiotic resistance  30.97 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0776568  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2116  transcriptional regulator, MarR family  30.97 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000643944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01500  hypothetical protein  30.97 
 
 		 144 aa  48.9  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.101748  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1595  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 143 aa  48.9  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.156116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1670  MarR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 143 aa  48.9  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00529848 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0742  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 292 aa  48.5  0.00003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0105  transcriptional regulator, MarR family  28.57 
 
 		 149 aa  48.9  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.983875 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0604  transcriptional regulator, MarR family  25.37 
 
 		 146 aa  48.1  0.00004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.21182  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2069  MarR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.180128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2416  MarR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 223 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.241585 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2795  transcriptional regulator, MarR family  27.1 
 
 		 141 aa  48.5  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2640  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 154 aa  47.8  0.00006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2688  hypothetical protein  25.81 
 
 		 161 aa  47.8  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000000000464227  normal  0.10076 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1739  MarR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 143 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1807  transcriptional regulator, MarR family  24.26 
 
 		 163 aa  47.4  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0270  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 142 aa  47.4  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1895  MarR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 150 aa  47.4  0.00008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.409274  decreased coverage  0.00000000000000377127 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4409  transcriptional regulator, MarR family  24.64 
 
 		 161 aa  47  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3512  MarR family transcriptional regulator  32 
 
 		 156 aa  47.4  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.332426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2712  MarR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 147 aa  47  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0271862 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4167  MarR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 154 aa  47  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1874  MarR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000119555 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2141  MarR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 174 aa  46.6  0.0001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.223544  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2781  transcriptional regulator, MarR family  27.01 
 
 		 146 aa  47  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0129977 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0353  isopropylmalate/homocitrate/citramalate synthases-like protein  24.5 
 
 		 168 aa  47  0.0001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3680  transcriptional regulator, MarR family  25.81 
 
 		 170 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.359333 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2838  transcriptional regulator, MarR family  27.1 
 
 		 140 aa  47  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 174 aa  46.6  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2765  MarR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 167 aa  46.6  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0576767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4426  transcriptional regulator, MarR family  27.56 
 
 		 156 aa  45.8  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.610198 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2167  transcriptional regulator, MarR family  26.26 
 
 		 161 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3382  transcriptional regulator, MarR family  25 
 
 		 170 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.180661 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3139  putative transcription regulator protein  23.13 
 
 		 159 aa  45.4  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1815  DNA-binding transcriptional repressor MarR  29.2 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2133  MarR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 137 aa  45.4  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0215  transcriptional regulator, TrmB  30.59 
 
 		 187 aa  45.4  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1633  DNA-binding transcriptional repressor MarR  29.2 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.400135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1650  DNA-binding transcriptional repressor MarR  29.2 
 
 		 144 aa  45.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0219827  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>