More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2014 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2014  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  457  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2015  GntR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 239 aa  202  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 221 aa  157  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1715  GntR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 230 aa  154  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.677468  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 231 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3471  transcriptional regulator, GntR family  42.73 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.204704  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0537  GntR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00104238 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1557  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 		 220 aa  108  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.76669  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 230 aa  103  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4343  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 218 aa  93.2  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.65 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 255 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 255 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 258 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3619  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 239 aa  90.1  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00335274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 225 aa  90.9  2e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 255 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 255 aa  90.1  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0280  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0095071 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3095  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 222 aa  89.7  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000525729  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 262 aa  89.4  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 231 aa  89.4  5e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 238 aa  89  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 230 aa  88.6  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 262 aa  88.2  9e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 262 aa  88.2  9e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 221 aa  88.2  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 218 aa  85.9  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4862  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 236 aa  85.1  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556045  normal  0.353938 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4345  GntR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 242 aa  85.1  9e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  28.64 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3670  transcriptional regulator, GntR family  34.55 
 
 		 236 aa  84.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3766  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  31.73 
 
 		 221 aa  83.2  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4175  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 223 aa  82.8  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.31 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  28.18 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4461  GntR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 230 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2314  transcriptional regulator, GntR family  33.64 
 
 		 252 aa  81.3  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 257 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 237 aa  80.9  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3782  GntR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 233 aa  80.5  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0416767  normal  0.193335 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  29.38 
 
 		 244 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2286  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.28962  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3247  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 230 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1060  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 240 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3536  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 247 aa  78.6  0.00000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23200  transcriptional regulator, GntR  29.7 
 
 		 240 aa  78.2  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3622  GntR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 239 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2752  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 240 aa  78.2  0.00000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.868488 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2084  transcriptional regulator GntR  31.19 
 
 		 239 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.853758  hitchhiker  0.00432704 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  29.77 
 
 		 227 aa  77.8  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  30 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 218 aa  76.6  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3127  GntR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1839  GntR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 230 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.128914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  29.6 
 
 		 233 aa  76.6  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6599  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 231 aa  76.6  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  28.35 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5262  GntR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2242  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 229 aa  76.3  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.638324  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  32.57 
 
 		 257 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1763  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 241 aa  76.3  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.481898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  30.98 
 
 		 224 aa  76.3  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  29.9 
 
 		 243 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 251 aa  76.3  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4561  GntR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 227 aa  75.9  0.0000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3236  GntR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.686096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  28.92 
 
 		 226 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4842  transcriptional regulator, GntR family  29.67 
 
 		 230 aa  75.5  0.0000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283505  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 229 aa  75.5  0.0000000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4064  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 227 aa  75.5  0.0000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.916339  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1218  GntR domain-containing protein  30.11 
 
 		 250 aa  75.1  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.415589 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  27.36 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4674  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0278  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 265 aa  75.1  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.31602  normal  0.331745 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6033  transcriptional regulator, GntR family  26.21 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  32.74 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3123  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00780857  normal  0.194587 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1774  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 234 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.253131  hitchhiker  0.0000230253 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1746  transcriptional regulator, GntR family  31.28 
 
 		 257 aa  74.3  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1379  transcriptional regulator, GntR family  30.11 
 
 		 227 aa  74.7  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.163127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2268  GntR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 239 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 236 aa  74.3  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>