More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3471 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3471  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 234 aa  457  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.204704  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1715  GntR family transcriptional regulator  67.31 
 
 		 230 aa  252  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.677468  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1544  GntR family transcriptional regulator  57.01 
 
 		 221 aa  249  3e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.403257  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2014  GntR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 228 aa  179  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5017  GntR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 231 aa  158  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.488746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2015  GntR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 239 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0537  GntR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 248 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00104238 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3649  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 216 aa  137  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0460435 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1557  GntR family transcriptional regulator  42.2 
 
 		 220 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.76669  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 229 aa  95.9  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 225 aa  95.1  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0335  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 232 aa  95.1  9e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 218 aa  94.4  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  30.2 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2016  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0125173 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4108  transcriptional regulator, GntR family  32.99 
 
 		 227 aa  89.4  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.724357  normal  0.672697 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 239 aa  89.4  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1010  transcriptional regulator, GntR family  32.73 
 
 		 227 aa  89  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.691368  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  30.18 
 
 		 231 aa  89  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0106  transcriptional regulator, GntR family  36.45 
 
 		 225 aa  88.6  7e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0518218  normal  0.0388223 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3082  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 241 aa  87.4  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0349212 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0673  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 233 aa  87.8  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.990367 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  87  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  36.07 
 
 		 237 aa  87.4  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0297  transcriptional regulator, GntR family  31.19 
 
 		 220 aa  86.3  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6499  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 242 aa  86.3  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.348019  normal  0.174024 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3159  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 223 aa  86.3  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3197  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 242 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 235 aa  86.3  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1505  transcriptional regulator, GntR family  33.79 
 
 		 243 aa  86.3  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160619  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.59 
 
 		 231 aa  85.9  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3335  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 221 aa  84.3  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.222517  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  31.07 
 
 		 237 aa  84.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 255 aa  84.3  0.000000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0498  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3164  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 242 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0161984 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  28.71 
 
 		 216 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3140  GntR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 241 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000117475 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2531  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3144  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 242 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 230 aa  82.8  0.000000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1271  GntR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 234 aa  82.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3541  GntR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 218 aa  82.4  0.000000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1752  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 217 aa  82.4  0.000000000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4146  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 243 aa  82  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.10084  normal  0.977946 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.65 
 
 		 238 aa  82  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  29.65 
 
 		 233 aa  82  0.000000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 246 aa  81.6  0.000000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3215  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 224 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  33.19 
 
 		 251 aa  81.6  0.000000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3893  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 243 aa  81.3  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.000000224678  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4755  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 227 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 247 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6280  transcriptional regulator, GntR family  30.14 
 
 		 233 aa  81.3  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000068764  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1285  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.262412  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  31.63 
 
 		 254 aa  80.5  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1871  GntR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 265 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283642  normal  0.395033 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 235 aa  80.5  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  28.14 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2162  transcriptional regulator, GntR family  27.8 
 
 		 262 aa  80.1  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173243  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0957  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 228 aa  79.7  0.00000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2569  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 227 aa  79.7  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.107235 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  29.82 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1244  GntR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 229 aa  79.7  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.376161 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4793  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00330899  hitchhiker  0.000000951338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 251 aa  79.7  0.00000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2025  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00234923  hitchhiker  0.0065159 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 242 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 250 aa  79  0.00000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1422  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0669169  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  34.81 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3588  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 226 aa  79  0.00000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1015  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.354271  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0584  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 231 aa  79  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.525368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3577  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 236 aa  79  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000218035  normal  0.39883 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  32.67 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 239 aa  78.6  0.00000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.33 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  29.68 
 
 		 222 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 254 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2569  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 251 aa  77.8  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3183  Transcriptional regulators-like protein  37.32 
 
 		 242 aa  78.2  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.138815  normal  0.149663 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 219 aa  78.2  0.0000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2501  transcriptional regulator, GntR family  28.32 
 
 		 262 aa  77.8  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.365709  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  30.93 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  28.37 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2469  transcriptional regulator, GntR family  35.55 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1028  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000104073  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>