More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1556 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5088  putative oligopeptide/dipeptide ABC transporter  79.89 
 
 		 527 aa  893    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0437131  normal  0.457948 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1556  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 525 aa  1072    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.251844  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1867  extracellular solute-binding protein  70.08 
 
 		 527 aa  757    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.546614  normal  0.0646948 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2210  extracellular solute-binding protein  47.51 
 
 		 530 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.046819 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0400  extracellular solute-binding protein family 5  45.25 
 
 		 525 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5251  putative ABC transporter substrate-binding protein  43.03 
 
 		 517 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1411  extracellular solute-binding protein family 5  41.79 
 
 		 537 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.114372  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5254  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  41.14 
 
 		 537 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.534405  normal  0.0632497 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0979  extracellular solute-binding protein  40.8 
 
 		 530 aa  391  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297745  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4022  extracellular solute-binding protein  41.75 
 
 		 536 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  decreased coverage  0.00714098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1835  extracellular solute-binding protein family 5  41.24 
 
 		 544 aa  390  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.274279  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1226  extracellular solute-binding protein  41.24 
 
 		 536 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1200  extracellular solute-binding protein  41.94 
 
 		 535 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5253  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  40.34 
 
 		 537 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0401744 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1971  extracellular solute-binding protein  39.53 
 
 		 529 aa  356  5e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.19178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4745  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 533 aa  351  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3927  extracellular solute-binding protein  39.18 
 
 		 533 aa  348  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.180708  normal  0.0370442 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2002  extracellular solute-binding protein  39.29 
 
 		 527 aa  347  4e-94  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.956925 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5818  extracellular solute-binding protein  40.12 
 
 		 531 aa  344  2e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0665054  normal  0.029553 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3800  extracellular solute-binding protein  38.48 
 
 		 530 aa  338  1.9999999999999998e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.129084 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3643  twin-arginine translocation pathway signal  38.91 
 
 		 533 aa  331  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.166369  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4366  extracellular solute-binding protein  38.58 
 
 		 528 aa  329  9e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3055  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 530 aa  327  3e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.169958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4251  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 		 523 aa  324  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.497786  normal  0.0434638 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1499  extracellular solute-binding protein  37.73 
 
 		 524 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.779721  normal  0.296474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5122  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  37.92 
 
 		 534 aa  319  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.259122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3922  extracellular solute-binding protein  37.67 
 
 		 526 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824445  normal  0.0767976 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5806  extracellular solute-binding protein  37.07 
 
 		 530 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.068843  normal  0.564208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4438  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 		 523 aa  274  3e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0934  twin-arginine translocation pathway signal  28.65 
 
 		 537 aa  189  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0656  twin-arginine translocation pathway signal  29.51 
 
 		 521 aa  186  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.435676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0985  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 		 511 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.252461  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1090  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.93 
 
 		 514 aa  179  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2984  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 508 aa  176  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00198911  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5086  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  28.83 
 
 		 517 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.243076  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1214  extracellular solute-binding protein family 5  29.35 
 
 		 524 aa  175  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3323  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 527 aa  174  2.9999999999999996e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.187539 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3892  ABC di/oligopeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.32 
 
 		 518 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.206545  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4147  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 518 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6670  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 508 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000010094  normal  0.0327722 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5763  extracellular solute-binding protein family 5  28.05 
 
 		 508 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  unclonable  0.000000000235373  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3016  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 		 545 aa  150  5e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0244604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 		 515 aa  147  6e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  27.82 
 
 		 505 aa  145  2e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2436  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 		 514 aa  143  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  30.62 
 
 		 513 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  29.1 
 
 		 535 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4211  extracellular solute-binding protein  27.75 
 
 		 504 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6643  extracellular solute-binding protein family 5  26.63 
 
 		 514 aa  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.19211 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 		 526 aa  133  9e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  29.9 
 
 		 513 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  28.4 
 
 		 502 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.72 
 
 		 520 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  30.1 
 
 		 519 aa  130  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  27.92 
 
 		 528 aa  130  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  29.86 
 
 		 516 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2000  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 550 aa  128  2.0000000000000002e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  27.71 
 
 		 512 aa  128  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4534  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  26.64 
 
 		 504 aa  127  7e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 492 aa  126  8.000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.14 
 
 		 510 aa  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 		 494 aa  124  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1920  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 607 aa  123  7e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.689476  normal  0.0152046 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 		 522 aa  123  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 512 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 512 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 512 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  26.37 
 
 		 509 aa  122  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1658  extracellular solute-binding protein  32.39 
 
 		 516 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.710594  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5947  extracellular solute-binding protein family 5  26.98 
 
 		 521 aa  120  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.281116  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  26.81 
 
 		 493 aa  121  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1443  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 517 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.13157 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 544 aa  120  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  26.22 
 
 		 521 aa  120  6e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  26.1 
 
 		 531 aa  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 		 544 aa  119  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26 
 
 		 521 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26 
 
 		 521 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  27.51 
 
 		 503 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26 
 
 		 521 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 521 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  26.94 
 
 		 520 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4726  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 529 aa  118  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  24.4 
 
 		 516 aa  117  3.9999999999999997e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.53 
 
 		 532 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  27.23 
 
 		 530 aa  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  29.18 
 
 		 544 aa  117  5e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 503 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 522 aa  117  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6191  extracellular solute-binding protein family 5  27.67 
 
 		 504 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.172417  normal  0.779113 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  29.66 
 
 		 509 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 510 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.85 
 
 		 508 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  27.14 
 
 		 544 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0890  glutathione-binding protein GsiB  27.7 
 
 		 512 aa  115  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.362875  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  31.19 
 
 		 513 aa  115  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 		 510 aa  114  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4203  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 		 520 aa  114  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237738  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6371  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 504 aa  114  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.37487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>