More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05276 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  645    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  45.72 
 
 		 308 aa  300  3e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 303 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  27.76 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 308 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 311 aa  109  5e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  23.64 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 309 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 323 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.83 
 
 		 309 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  26.07 
 
 		 298 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  25.88 
 
 		 327 aa  99.4  7e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 308 aa  97.8  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 335 aa  97.1  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 313 aa  97.4  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 321 aa  97.4  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 326 aa  97.1  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 315 aa  97.1  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 313 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0690  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 320 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  25.84 
 
 		 347 aa  97.1  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 320 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 321 aa  96.7  5e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 331 aa  96.7  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 306 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  26.06 
 
 		 304 aa  96.7  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 345 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 305 aa  96.3  7e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 313 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 323 aa  95.9  7e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  26.85 
 
 		 301 aa  96.3  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 298 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 330 aa  95.9  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 312 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  26.77 
 
 		 304 aa  95.9  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 306 aa  95.9  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 313 aa  95.9  8e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 322 aa  95.9  9e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 323 aa  95.5  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 315 aa  95.1  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  25.55 
 
 		 323 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  25.4 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  24.05 
 
 		 322 aa  94.7  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 347 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0579  putative LysR-like regular protein  38.35 
 
 		 309 aa  93.6  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.408916  normal  0.164447 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 304 aa  94  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  27.04 
 
 		 306 aa  93.6  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  26.35 
 
 		 326 aa  93.2  5e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  28.65 
 
 		 316 aa  93.2  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 306 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  25.39 
 
 		 347 aa  92.4  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  28.51 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 314 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 305 aa  92.8  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  24.84 
 
 		 347 aa  91.7  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 327 aa  91.7  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 315 aa  91.7  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 319 aa  92.4  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  26.37 
 
 		 313 aa  92  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  26.09 
 
 		 308 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.17 
 
 		 314 aa  90.5  3e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  26 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>