More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0645 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009616  Tmel_0645  diguanylate cyclase  100 
 
 
330 aa  661    Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.669847  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0536  diguanylate cyclase  36.17 
 
 
369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.190341  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0773  diguanylate cyclase  33.1 
 
 
323 aa  157  3e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0817  diguanylate cyclase  36.53 
 
 
560 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1348  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  34.63 
 
 
763 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  34.87 
 
 
557 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1159  PAS:GGDEF  40.65 
 
 
748 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3369  diguanylate cyclase  36.91 
 
 
459 aa  104  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  34.87 
 
 
604 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  38.46 
 
 
980 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0397  diguanylate cyclase  33.99 
 
 
555 aa  102  1e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37050  PAS domain S-box/diguanylate cyclase (GGDEF) domain-containing protein  33.7 
 
 
919 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.790153  normal  0.0286025 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0235  GAF/GGDEF domain-containing protein  36.05 
 
 
391 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0215  GAF/GGDEF domain-containing protein  36.05 
 
 
391 aa  101  2e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  34.67 
 
 
604 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0028  diguanylate cyclase  34.29 
 
 
434 aa  100  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1153  diguanylate cyclase  38.69 
 
 
299 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00439515  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.26 
 
 
469 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2031  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.62 
 
 
569 aa  100  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.538954  normal  0.171579 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.14 
 
 
473 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  37.76 
 
 
931 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2224  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.11 
 
 
820 aa  100  4e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.387705 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.08 
 
 
751 aa  100  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.256566 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.49 
 
 
612 aa  100  5e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1918  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.24 
 
 
769 aa  99.4  7e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.09 
 
 
317 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.09 
 
 
317 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2200  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.61 
 
 
637 aa  99  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1999  GGDEF domain-containing protein  35.67 
 
 
292 aa  99  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0193  diguanylate cyclase  31.9 
 
 
450 aa  99  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0197  diguanylate cyclase  38.16 
 
 
507 aa  98.2  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.31 
 
 
765 aa  97.8  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
874 aa  97.8  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3599  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.13 
 
 
944 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.477673  normal  0.896375 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0760  diguanylate cyclase  35.15 
 
 
495 aa  97.8  2e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.126237  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  31.14 
 
 
718 aa  97.8  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  36.6 
 
 
794 aa  98.2  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1534  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.29 
 
 
687 aa  97.4  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.25746  normal  0.789676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2786  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
828 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.532868  normal  0.92327 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  35.98 
 
 
603 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  35.62 
 
 
936 aa  97.1  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2043  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.97 
 
 
442 aa  97.1  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1635  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.6 
 
 
643 aa  96.7  5e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1569  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.6 
 
 
643 aa  96.7  5e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  32.39 
 
 
438 aa  96.7  5e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0588  hypothetical protein  35.95 
 
 
903 aa  96.3  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.08 
 
 
781 aa  96.3  6e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  39.26 
 
 
622 aa  96.3  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1641  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.24 
 
 
640 aa  95.9  8e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.320869  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  39.02 
 
 
554 aa  95.9  8e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2629  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.56 
 
 
802 aa  95.9  8e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.537501  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  35.76 
 
 
259 aa  95.9  8e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  29 
 
 
615 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  35.48 
 
 
513 aa  95.5  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  35.14 
 
 
357 aa  95.1  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.64 
 
 
748 aa  95.1  1e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0638  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.36 
 
 
800 aa  95.5  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.290877  decreased coverage  0.000110777 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  38.51 
 
 
642 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5027  diguanylate cyclase  36.18 
 
 
511 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00146461  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.48 
 
 
765 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.795065  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5305  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
814 aa  94.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0330  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.3 
 
 
679 aa  94.7  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 
778 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2716  diguanylate cyclase/phophodiesterase  27.2 
 
 
778 aa  94.4  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.32 
 
 
896 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1382  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.84 
 
 
889 aa  94.7  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.231857  normal  0.133175 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.44 
 
 
792 aa  94.7  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  35.33 
 
 
546 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05794  hypothetical protein  36.84 
 
 
652 aa  94.7  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.56 
 
 
883 aa  94.4  2e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2790  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
296 aa  94  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.301061  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 
463 aa  94  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.718893 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.25 
 
 
797 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1080  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
767 aa  94  3e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  32.89 
 
 
423 aa  94.4  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1474  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.9 
 
 
465 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.214208 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.64 
 
 
757 aa  94  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.67 
 
 
728 aa  94  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0535292  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  34.08 
 
 
215 aa  94  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.98 
 
 
716 aa  94  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0304  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.62 
 
 
806 aa  94  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.318704  normal  0.0663849 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2444  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
683 aa  94  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3776  diguanylate cyclase  33.12 
 
 
288 aa  94.4  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.369059  normal  0.505117 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.1 
 
 
1016 aa  94  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.54 
 
 
743 aa  93.6  4e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.31 
 
 
781 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  27.93 
 
 
565 aa  93.6  4e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000161  GGDEF family protein  36.18 
 
 
652 aa  93.6  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.46573  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7031  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.44 
 
 
1327 aa  94  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153977  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.75 
 
 
681 aa  93.6  4e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  33.14 
 
 
681 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3867  diguanylate cyclase  35.29 
 
 
700 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.200227 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.24 
 
 
312 aa  93.6  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.13 
 
 
840 aa  93.2  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0500157  hitchhiker  7.41843e-16 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.13 
 
 
745 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37690  putative sensory box protein  33.91 
 
 
864 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0535605 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.96 
 
 
949 aa  93.2  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0076  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.44 
 
 
898 aa  93.2  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.695831  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0167  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.07 
 
 
320 aa  92.8  7e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.354796  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4722  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.95 
 
 
323 aa  92.8  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.549479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>