More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1334 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1334  secretion protein HlyD  100 
 
 		 497 aa  979    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  54.02 
 
 		 491 aa  497  1e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  54.58 
 
 		 486 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  54.25 
 
 		 490 aa  487  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  52.16 
 
 		 488 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  52.16 
 
 		 488 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  52.16 
 
 		 488 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3042  RND family efflux transporter MFP subunit  51.13 
 
 		 487 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  51.49 
 
 		 513 aa  435  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2549  secretion protein HlyD  52.7 
 
 		 490 aa  438  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  61.58 
 
 		 417 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  52.71 
 
 		 523 aa  428  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  55.67 
 
 		 408 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  52.97 
 
 		 410 aa  405  1e-111  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  47.62 
 
 		 545 aa  375  1e-103  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  47.19 
 
 		 552 aa  362  9e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  41.38 
 
 		 509 aa  359  7e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  47.55 
 
 		 542 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6283  RND family efflux transporter MFP subunit  43.36 
 
 		 509 aa  354  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0732635  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3401  RND family efflux transporter MFP subunit  41.37 
 
 		 507 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  41.98 
 
 		 523 aa  347  3e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.957664  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4766  secretion protein HlyD  41.37 
 
 		 507 aa  347  3e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5181  RND family efflux transporter MFP subunit  41.3 
 
 		 505 aa  345  8e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4115  RND family efflux transporter MFP subunit  40.86 
 
 		 507 aa  345  1e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.997894 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3344  RND family efflux transporter MFP subunit  42.89 
 
 		 506 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3375  RND family efflux transporter MFP subunit  41.77 
 
 		 521 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2237  RND family efflux transporter MFP subunit  41.77 
 
 		 521 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2047  RND family efflux transporter MFP subunit  41.77 
 
 		 521 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3045  RND family efflux transporter MFP subunit  41.77 
 
 		 521 aa  342  7e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  44.2 
 
 		 545 aa  342  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  41.56 
 
 		 523 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0318  RND family efflux transporter MFP subunit  41.36 
 
 		 523 aa  339  7e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  43.87 
 
 		 483 aa  337  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.46 
 
 		 497 aa  334  2e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.55 
 
 		 497 aa  335  2e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.1 
 
 		 500 aa  329  8e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  44.42 
 
 		 513 aa  329  9e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  41.42 
 
 		 521 aa  325  9e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  43.71 
 
 		 505 aa  324  2e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.76 
 
 		 510 aa  317  4e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.79 
 
 		 510 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.24 
 
 		 516 aa  312  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.24 
 
 		 516 aa  312  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.41 
 
 		 497 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.49 
 
 		 507 aa  300  3e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0655  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.34 
 
 		 407 aa  299  9e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.419638  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00535  copper/silver efflux system, membrane fusion protein  41.09 
 
 		 407 aa  298  2e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3055  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.09 
 
 		 407 aa  298  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.09 
 
 		 407 aa  298  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00207274  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00524  hypothetical protein  41.09 
 
 		 407 aa  298  2e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0621  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.09 
 
 		 407 aa  298  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000664889  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3072  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.09 
 
 		 407 aa  298  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0592  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  41.09 
 
 		 407 aa  297  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.50273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4299  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.45 
 
 		 430 aa  290  4e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0261  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.45 
 
 		 430 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3423  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  39.2 
 
 		 430 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0468  copper/silver efflux system membrane fusion protein CusB  42.47 
 
 		 375 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  40.85 
 
 		 401 aa  265  1e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  36.27 
 
 		 502 aa  253  5.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  35.48 
 
 		 577 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  33.77 
 
 		 571 aa  243  6e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  31.85 
 
 		 629 aa  232  9e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  36.24 
 
 		 509 aa  232  1e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.48 
 
 		 438 aa  231  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.97 
 
 		 482 aa  227  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.3697  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2061  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.97 
 
 		 482 aa  227  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.98 
 
 		 512 aa  226  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  33.26 
 
 		 491 aa  224  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  31.69 
 
 		 504 aa  223  9e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  30.88 
 
 		 672 aa  222  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  33.01 
 
 		 546 aa  222  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  32.16 
 
 		 538 aa  218  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  32.6 
 
 		 488 aa  217  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  35.28 
 
 		 422 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  36.99 
 
 		 517 aa  216  5.9999999999999996e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.81 
 
 		 537 aa  216  9e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  36.83 
 
 		 439 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.83 
 
 		 439 aa  215  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  30.91 
 
 		 489 aa  214  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  34.07 
 
 		 455 aa  213  4.9999999999999996e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  31.39 
 
 		 537 aa  213  7e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  34.19 
 
 		 529 aa  207  2e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  33.62 
 
 		 537 aa  208  2e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  33.1 
 
 		 467 aa  205  2e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  30.04 
 
 		 525 aa  203  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  33.24 
 
 		 500 aa  203  7e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  31.6 
 
 		 581 aa  197  4.0000000000000005e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.28 
 
 		 509 aa  195  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  29.54 
 
 		 540 aa  193  5e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.71 
 
 		 508 aa  192  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.6 
 
 		 627 aa  192  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.87 
 
 		 457 aa  190  5e-47  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  33.68 
 
 		 473 aa  190  5.999999999999999e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  33.52 
 
 		 475 aa  190  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.26 
 
 		 486 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.85 
 
 		 568 aa  188  2e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  33.88 
 
 		 473 aa  187  4e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.74 
 
 		 460 aa  186  7e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  33.42 
 
 		 526 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  34.2 
 
 		 472 aa  184  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>