More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0631 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0629  acriflavin resistance protein  43.73 
 
 		 1028 aa  799    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2777  acriflavin resistance protein  45.69 
 
 		 1014 aa  854    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.229132 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1915  acriflavin resistance protein  40.42 
 
 		 1056 aa  718    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.644442  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0466  acriflavin resistance protein  44.06 
 
 		 1024 aa  783    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4315  acriflavin resistance protein  42.3 
 
 		 1028 aa  764    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.142396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3642  acriflavin resistance protein  42.45 
 
 		 1028 aa  734    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.622959  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1353  putative multi-drug efflux protein  42.48 
 
 		 1025 aa  798    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.434424  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3722  acriflavin resistance protein  41.81 
 
 		 1029 aa  736    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000226  transporter AcrB/D/F family  43.26 
 
 		 1019 aa  815    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.486029  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2714  acriflavin resistance protein  43.82 
 
 		 1017 aa  736    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.465626  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4145  acriflavin resistance protein  42.32 
 
 		 1021 aa  790    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.452141 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02665  transporter, AcrB/AcrD/AcrF family protein  47.45 
 
 		 1013 aa  889    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1716  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  42.21 
 
 		 1014 aa  706    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.415389  normal  0.0804917 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0792  acriflavin resistance protein  40.48 
 
 		 1013 aa  697    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1729  acriflavin resistance protein  39.69 
 
 		 1041 aa  719    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0670  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  45.64 
 
 		 1010 aa  841    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0057  acriflavin resistance protein  42.84 
 
 		 1019 aa  786    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.663476  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0848  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  42.35 
 
 		 1028 aa  731    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.377805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2568  acriflavin resistance protein  40.7 
 
 		 1020 aa  759    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.456395  normal  0.0553814 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3993  AcrB/AcrD/AcrF family metabolite exporter  40.44 
 
 		 1025 aa  731    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0696  acriflavin resistance protein  42.98 
 
 		 1027 aa  731    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.627027  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01877  hypothetical protein  43.79 
 
 		 1036 aa  810    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0663  acriflavin resistance protein  41.9 
 
 		 1029 aa  737    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1509  acriflavin resistance protein  40.73 
 
 		 1023 aa  772    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.83923  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003809  transporter AcrB/D/F family  43.89 
 
 		 1036 aa  818    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0631  acriflavin resistance protein  100 
 
 		 1016 aa  2045    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140124  normal  0.0944668 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3696  acriflavin resistance protein  43.43 
 
 		 1025 aa  783    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.42345  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2869  acriflavin resistance protein  43.35 
 
 		 1024 aa  793    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00922852  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0640  acriflavin resistance protein  41.9 
 
 		 1029 aa  736    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0675  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  42.42 
 
 		 1028 aa  781    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1278  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  43.84 
 
 		 1032 aa  795    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05963  hypothetical protein  42.87 
 
 		 1019 aa  808    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3402  acriflavin resistance protein  42.61 
 
 		 1029 aa  737    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.33342  hitchhiker  0.00241288 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0550  acriflavin resistance protein  42.61 
 
 		 1029 aa  737    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0731  acriflavin resistance protein  38.81 
 
 		 1013 aa  662    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.693134 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1436  acriflavin resistance protein  42.8 
 
 		 1021 aa  746    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02530  acriflavin resistance protein ei VT8  40.44 
 
 		 1015 aa  734    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.461741  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3665  acriflavin resistance protein  42.23 
 
 		 1029 aa  771    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1355  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  41.56 
 
 		 1016 aa  761    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000701931  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2116  acriflavin resistance protein  51.99 
 
 		 1043 aa  985    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0667  acriflavin resistance protein  41.9 
 
 		 1029 aa  739    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1612  acriflavin resistance protein  40 
 
 		 1040 aa  737    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1262  acriflavin resistance protein  38.82 
 
 		 1017 aa  683    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0594234  normal  0.65985 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3512  AcrB/AcrD/AcrF family transporter  42.45 
 
 		 1028 aa  734    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.270807  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1419  acriflavin resistance protein  41.27 
 
 		 1016 aa  715    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3572  acriflavin resistance protein  42.69 
 
 		 1027 aa  740    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.17403  normal  0.560484 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3849  acriflavin resistance protein  40.63 
 
 		 1009 aa  740    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.771942 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000655  transporter AcrB/D/F family  36.69 
 
 		 1020 aa  631  1e-179  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.955615  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3213  putative efflux protein  34.83 
 
 		 1027 aa  624  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2294  acriflavin resistance protein  38.55 
 
 		 1012 aa  615  9.999999999999999e-175  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1862  acriflavin resistance protein  34.34 
 
 		 1035 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635777 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2116  acriflavin resistance protein  34.25 
 
 		 1035 aa  601  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0119534 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1917  acriflavin resistance protein  35.06 
 
 		 1035 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.261287 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3001  cation-multidrug efflux pump  34.08 
 
 		 1025 aa  548  1e-154  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4928  acriflavin resistance protein  33.03 
 
 		 1019 aa  539  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2827  acriflavin resistance protein  34.41 
 
 		 1053 aa  539  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0321922 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1308  AcrB/AcrD/AcrF family protein  33.57 
 
 		 1036 aa  542  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3409  acriflavin resistance protein  31.94 
 
 		 1018 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.532755 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3205  transmembrane drug efflux protein  32.71 
 
 		 1040 aa  538  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.228213  normal  0.0965469 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5089  acriflavin resistance protein  32.57 
 
 		 1023 aa  533  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0880645  normal  0.0178395 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5369  acriflavin resistance protein  32.47 
 
 		 1023 aa  535  1e-150  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.575486 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2039  acriflavin resistance protein  31.89 
 
 		 1018 aa  534  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0940765 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2427  acriflavin resistance protein  33.92 
 
 		 1019 aa  533  1e-150  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000179675 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2039  RND family mulitdrug efflux protein  32.86 
 
 		 1025 aa  536  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1357  acriflavin resistance protein  32 
 
 		 1046 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0941  cation efflux system protein  32.17 
 
 		 1020 aa  531  1e-149  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2172  acriflavin resistance protein  31.55 
 
 		 1016 aa  528  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244345  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0289  acriflavin resistance protein  30.81 
 
 		 1021 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.461457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2215  RND efflux transporter  32.07 
 
 		 1046 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.12162  normal  0.156003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1082  acriflavin resistance protein  32.63 
 
 		 1044 aa  529  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2179  acriflavin resistance protein  33.79 
 
 		 1051 aa  527  1e-148  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.381595  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4073  acriflavin resistance protein  31.97 
 
 		 1046 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5080  acriflavin resistance protein  31.03 
 
 		 1017 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.373906 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5173  acriflavin resistance protein  30.94 
 
 		 1017 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.181965  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0914  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  31.29 
 
 		 1024 aa  520  1e-146  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1373  acriflavin resistance protein  31.9 
 
 		 1036 aa  520  1e-146  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167404  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1563  acriflavin resistance protein  31.67 
 
 		 1039 aa  522  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.324661  normal  0.366734 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1892  acriflavin resistance protein  31.76 
 
 		 1039 aa  522  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.71237  normal  0.251919 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1874  acriflavin resistance protein  31.64 
 
 		 1029 aa  517  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.722647  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2751  acriflavin resistance protein  33.46 
 
 		 1041 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212655  normal  0.287815 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0820  AcrB/AcrD/AcrF family protein  31.93 
 
 		 1036 aa  519  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2531  transmembrane drug efflux protein  31.95 
 
 		 1022 aa  519  1.0000000000000001e-145  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.231236  normal  0.199392 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0857  AcrB/AcrD/AcrF multidrug efflux protein  31.29 
 
 		 1024 aa  518  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.634925  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3139  acriflavin resistance protein  32.04 
 
 		 1029 aa  519  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.856751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1560  acriflavin resistance protein  31.75 
 
 		 1026 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.701497  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1942  acriflavin resistance protein  32.23 
 
 		 1036 aa  517  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427834  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1654  transmembrane drug efflux protein  31.22 
 
 		 1039 aa  516  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.556775 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3321  acriflavin resistance protein  32.84 
 
 		 1021 aa  513  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148023  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0346  acriflavin resistance protein  31.44 
 
 		 1033 aa  514  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.463881  normal  0.463226 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5363  acriflavin resistance protein  31.75 
 
 		 1025 aa  514  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0668408  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1453  acriflavin resistance protein  30.45 
 
 		 1031 aa  515  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3465  RND family efflux transporter MFP subunit  32.7 
 
 		 1017 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0968249  normal  0.0910855 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4221  acriflavin resistance protein  31.77 
 
 		 1046 aa  515  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592622  normal  0.234166 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6138  acriflavin resistance protein  31.58 
 
 		 1046 aa  515  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.617624 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1299  acriflavin resistance protein  31.65 
 
 		 1046 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.639369  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1461  acriflavin resistance protein  32.16 
 
 		 1067 aa  515  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.680288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46590  putative AcrB/AcrD/AcrF family protein  32.21 
 
 		 1029 aa  515  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.0000144683  hitchhiker  0.00000801184 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6531  acriflavin resistance protein  31.65 
 
 		 1046 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.548117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6293  acriflavin resistance protein  31.84 
 
 		 1045 aa  511  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.258063  hitchhiker  0.00869954 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2546  acriflavin resistance protein  31.53 
 
 		 1047 aa  511  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>