More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4295 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 206 aa  434  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.5 
 
 		 217 aa  347  8e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 		 204 aa  234  8e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.72 
 
 		 205 aa  223  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50.23 
 
 		 203 aa  210  9e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.29 
 
 		 192 aa  209  3e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.52 
 
 		 188 aa  201  6e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  49.28 
 
 		 203 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  48.4 
 
 		 219 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.65 
 
 		 217 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 219 aa  195  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.47 
 
 		 185 aa  193  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  46.94 
 
 		 239 aa  189  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.92 
 
 		 197 aa  189  2e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.2 
 
 		 186 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.8 
 
 		 195 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.14 
 
 		 193 aa  125  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  35.82 
 
 		 168 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  39.87 
 
 		 274 aa  101  7e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.39 
 
 		 177 aa  96.7  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  32.02 
 
 		 176 aa  95.1  6e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.1 
 
 		 201 aa  91.7  8e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.3 
 
 		 276 aa  91.7  8e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  44.12 
 
 		 104 aa  78.2  0.00000000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  55 
 
 		 156 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  66.67 
 
 		 143 aa  69.3  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  49.3 
 
 		 225 aa  67.8  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  38.1 
 
 		 238 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0292  guanine-specific ribonuclease  27.34 
 
 		 247 aa  63.9  0.000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.135359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  60.87 
 
 		 231 aa  63.2  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0321  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.03 
 
 		 253 aa  62  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0827995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  44.74 
 
 		 102 aa  61.6  0.000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  69.44 
 
 		 87 aa  61.2  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0148  cold shock DNA-binding domain-containing protein  30.43 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  42.03 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  42.03 
 
 		 211 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  43.28 
 
 		 196 aa  60.1  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  37.36 
 
 		 97 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  60.98 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.95 
 
 		 224 aa  58.5  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  35.58 
 
 		 111 aa  56.6  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  26.07 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  29.03 
 
 		 129 aa  55.8  0.0000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 203 aa  55.8  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  44.07 
 
 		 203 aa  55.1  0.0000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  41.18 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  22.86 
 
 		 223 aa  54.7  0.0000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  41.67 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  44.62 
 
 		 69 aa  51.6  0.000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  44.83 
 
 		 225 aa  51.6  0.000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.62 
 
 		 68 aa  50.8  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2966  hypothetical protein  38.57 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  34.94 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.66 
 
 		 69 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1412  cold-shock DNA-binding domain protein  34.33 
 
 		 204 aa  49.7  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  47.37 
 
 		 69 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  57.14 
 
 		 66 aa  48.9  0.00005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  53.33 
 
 		 69 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.246482 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4315  cold-shock DNA-binding domain protein  53.33 
 
 		 69 aa  48.9  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0374104  normal  0.166197 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6292  cold-shock DNA-binding domain protein  61.11 
 
 		 67 aa  48.9  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.392497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.89 
 
 		 68 aa  48.5  0.00006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5433  cold-shock DNA-binding domain protein  61.11 
 
 		 67 aa  48.5  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0949203  hitchhiker  0.00613475 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4422  cold-shock DNA-binding domain protein  53.33 
 
 		 69 aa  47.8  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.369024 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 205 aa  47.8  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  61.11 
 
 		 67 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.46 
 
 		 69 aa  47.4  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 68 aa  47.8  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  48.15 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.71 
 
 		 68 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  45.45 
 
 		 69 aa  47  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.76 
 
 		 73 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_002978  WD1235  cold-shock domain-contain protein  54.76 
 
 		 83 aa  46.6  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  43.1 
 
 		 63 aa  47  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  58.33 
 
 		 67 aa  47.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.71 
 
 		 68 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 		 63 aa  47  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.66 
 
 		 69 aa  47.4  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0899  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.61 
 
 		 70 aa  47  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 		 69 aa  47  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  56.76 
 
 		 69 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2482  cold-shock DNA-binding domain protein  47.5 
 
 		 204 aa  46.6  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2147  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.25 
 
 		 68 aa  46.6  0.0002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.135641  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  45.45 
 
 		 69 aa  47  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  45.31 
 
 		 80 aa  47.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 		 249 aa  47.4  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  58.33 
 
 		 67 aa  47  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2238  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 		 71 aa  46.6  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.611476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.71 
 
 		 68 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  54.55 
 
 		 69 aa  47.4  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  42.37 
 
 		 66 aa  46.6  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5567  cold shock protein  61.76 
 
 		 70 aa  46.2  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.197261  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5378  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.73 
 
 		 69 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.260469 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  56.76 
 
 		 69 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3145  Cold-shock protein DNA-binding protein  32.38 
 
 		 164 aa  46.6  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.843099  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  42.37 
 
 		 66 aa  46.2  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  56.76 
 
 		 69 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  45.45 
 
 		 66 aa  46.2  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06258  integral membrane protein  43.14 
 
 		 60 aa  45.8  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0533489  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01099  integral membrane protein  43.14 
 
 		 60 aa  45.8  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0894512  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>