More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2496 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2496  phosphoribosylglycinamide synthetase  100 
 
 
344 aa  696    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0730  hypothetical protein  30.65 
 
 
341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.33514 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  30.88 
 
 
336 aa  92  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  30.25 
 
 
663 aa  85.5  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  28.27 
 
 
317 aa  79.7  0.00000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  29.94 
 
 
637 aa  79.7  0.00000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  25.53 
 
 
743 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3455  D-alanine/D-alanine ligase  28.46 
 
 
336 aa  75.5  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0409597  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  27.31 
 
 
310 aa  73.9  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  29.09 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  28.88 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  26.01 
 
 
376 aa  72.8  0.000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  27.66 
 
 
364 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2535  D-alanyl-alanine synthetase A  27.66 
 
 
364 aa  72.4  0.00000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1077  D-alanine--D-alanine ligase  26.03 
 
 
338 aa  72  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0742794  normal  0.822876 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1967  D-alanine--D-alanine ligase  26.51 
 
 
320 aa  71.2  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000254256  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2046  D-alanine--D-alanine ligase  26.51 
 
 
320 aa  71.6  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000802497  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  29.54 
 
 
338 aa  70.9  0.00000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  32.69 
 
 
360 aa  71.2  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  27.27 
 
 
344 aa  70.5  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  25.5 
 
 
306 aa  70.1  0.00000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  28.16 
 
 
354 aa  69.3  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  31.33 
 
 
368 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8008  D-alanine--D-alanine ligase  26.75 
 
 
369 aa  68.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  26.12 
 
 
370 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09600  D-alanine-D-alanine ligase A  26.67 
 
 
346 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  25.17 
 
 
327 aa  67  0.0000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  25.69 
 
 
308 aa  66.6  0.0000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0897  D-alanine-D-alanine ligase A  26.67 
 
 
346 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.121426  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  34.19 
 
 
316 aa  66.2  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  26.1 
 
 
306 aa  65.9  0.0000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0366  D-alanine--D-alanine ligase  27.5 
 
 
308 aa  65.9  0.0000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  24.13 
 
 
327 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2199  D-alanine--D-alanine ligase  27.95 
 
 
305 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.171774  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  27.72 
 
 
731 aa  65.1  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1847  D-alanyl-alanine synthetase A  26.09 
 
 
328 aa  64.7  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.00879872  normal  0.0251209 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  26.88 
 
 
347 aa  64.3  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  33.33 
 
 
400 aa  64.3  0.000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5088  D-alanine--D-alanine ligase  25.15 
 
 
329 aa  63.9  0.000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  24.16 
 
 
376 aa  63.9  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0382  D-alanine/D-alanine ligase  27.99 
 
 
308 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0398495  normal  0.161369 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2970  D-alanine--D-alanine ligase  24.09 
 
 
361 aa  63.5  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.164219 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0203  D-alanine--D-alanine ligase  27.99 
 
 
308 aa  63.5  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.43186  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2841  D-alanine/D-alanine ligase  27.96 
 
 
362 aa  63.2  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4917  D-alanine/D-alanine ligase  30.26 
 
 
309 aa  63.2  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.912808  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  32.31 
 
 
310 aa  63.2  0.000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  25.35 
 
 
364 aa  63.2  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0260  D-alanine/D-alanine ligase  24.55 
 
 
305 aa  62.8  0.000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000015088  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  27.01 
 
 
371 aa  62.8  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6870  D-alanine--D-alanine ligase  25.42 
 
 
342 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0511  D-alanine/D-alanine ligase  28.14 
 
 
305 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0661  D-alanine/D-alanine ligase  27.64 
 
 
311 aa  62  0.00000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  25.17 
 
 
306 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2842  D-alanine--D-alanine ligase  22.99 
 
 
331 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0872  D-alanine/D-alanine ligase  24.52 
 
 
306 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0494  D-alanine--D-alanine ligase  27.27 
 
 
305 aa  61.2  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.922593  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  24.1 
 
 
343 aa  61.6  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  25.34 
 
 
306 aa  61.2  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3677  D-alanine--D-alanine ligase  35.38 
 
 
304 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00915339  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  26.28 
 
 
367 aa  61.2  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  26.93 
 
 
373 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2971  D-alanine--D-alanine ligase  22.83 
 
 
361 aa  60.5  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.157266 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  27.68 
 
 
372 aa  60.5  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  26.74 
 
 
306 aa  60.1  0.00000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0137  D-alanine/D-alanine ligase  22.41 
 
 
288 aa  60.1  0.00000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000588497  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  31.58 
 
 
377 aa  59.7  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  27.27 
 
 
306 aa  59.7  0.00000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0604  D-alanine--D-alanine ligase  25.26 
 
 
320 aa  59.7  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  26.76 
 
 
727 aa  59.7  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3415  D-alanine--D-alanine ligase  24.7 
 
 
325 aa  59.7  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0675936  normal  0.934291 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  26.76 
 
 
728 aa  59.3  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
306 aa  59.3  0.00000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2978  D-alanine--D-alanine ligase  24.35 
 
 
332 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00577366  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  25 
 
 
306 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4988  D-alanine/D-alanine ligase  24.83 
 
 
364 aa  58.9  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.467567  normal  0.084905 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3087  D-alanine--D-alanine ligase  23.96 
 
 
331 aa  59.3  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0661  D-alanine/D-alanine ligase  28.93 
 
 
324 aa  58.2  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.435945  normal  0.336706 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  26.37 
 
 
306 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  26.37 
 
 
306 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  25.28 
 
 
313 aa  58.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  23.33 
 
 
361 aa  57.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2628  D-alanine--D-alanine ligase  24.08 
 
 
304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.292335  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2435  D-alanine--D-alanine ligase  24.08 
 
 
304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2390  D-alanine--D-alanine ligase  24.84 
 
 
304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.593473  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2356  D-alanine--D-alanine ligase  24.84 
 
 
304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  30.36 
 
 
310 aa  57.8  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  26.37 
 
 
306 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  24.53 
 
 
359 aa  58.2  0.0000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2610  D-alanine--D-alanine ligase  24.08 
 
 
304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.5132  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2666  D-alanine--D-alanine ligase  24.08 
 
 
304 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.555621  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  26.37 
 
 
306 aa  58.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1149  D-alanine--D-alanine ligase  23.81 
 
 
306 aa  57.8  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.927057  normal  0.917542 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  26.41 
 
 
728 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3668  D-alanine--D-alanine ligase  24.35 
 
 
332 aa  58.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.497942  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  26.04 
 
 
313 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  25.47 
 
 
311 aa  57.8  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  25.19 
 
 
306 aa  57.8  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  24.54 
 
 
383 aa  57.8  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  30.14 
 
 
386 aa  57.4  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0464  D-alanine--D-alanine ligase  24.26 
 
 
319 aa  57.8  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132669 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>