More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2693 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 261 aa  521  1e-147  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 281 aa  254  8e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  53.63 
 
 		 255 aa  248  8e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  51.39 
 
 		 261 aa  237  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  51.57 
 
 		 262 aa  230  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6385  transcriptional regulator, AraC family  40.32 
 
 		 256 aa  162  7e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00774423 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  39.84 
 
 		 250 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6374  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 255 aa  155  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.169212 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6355  transcriptional regulator, AraC family  40.08 
 
 		 265 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0247335 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 281 aa  137  1e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 296 aa  125  7e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 292 aa  117  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12670  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  33.05 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0610  helix-turn-helix domain-containing protein  34.2 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0600  helix-turn-helix domain-containing protein  31.22 
 
 		 297 aa  99.4  5e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 281 aa  94  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  44.33 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 291 aa  92.8  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 299 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 154 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 361 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 204 aa  84.7  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 156 aa  83.6  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  44.68 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 168 aa  81.6  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.37 
 
 		 530 aa  81.3  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 327 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  39.18 
 
 		 346 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4820  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 274 aa  80.1  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2707  transcriptional regulator, AraC family  48.19 
 
 		 150 aa  80.5  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.766259  normal  0.0137536 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3042  putative transcriptional regulator, AraC family, isolated domain protein  45.65 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.319564  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  44.83 
 
 		 157 aa  79  0.00000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  41.49 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3526  transcriptional regulator, AraC family  21.72 
 
 		 266 aa  78.6  0.0000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0204519  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  37.11 
 
 		 331 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3612  helix-turn-helix domain-containing protein  42.71 
 
 		 144 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.812981  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2914  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  34.65 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.431589  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2463  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 162 aa  77.8  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.400735  normal  0.926275 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  35.35 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 142 aa  77.4  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  40.4 
 
 		 148 aa  77.8  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3221  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 198 aa  77.4  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6692  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 313 aa  77  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.178977 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1399  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 		 158 aa  76.6  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 296 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2899  helix-turn-helix domain-containing protein  45.78 
 
 		 140 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.555623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 342 aa  75.5  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3902  AraC family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 154 aa  75.5  0.0000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5964  transcriptional regulator, AraC family  36.26 
 
 		 134 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.194078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 304 aa  75.5  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2836  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 296 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00254989  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  31.25 
 
 		 537 aa  75.1  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3335  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 150 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.602589  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0584  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.68 
 
 		 164 aa  74.7  0.000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2642  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 198 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000194016 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 322 aa  75.1  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3397  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 150 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.287817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3346  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 150 aa  75.1  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.143712  normal  0.196941 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 533 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  33 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5494  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 144 aa  74.3  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00194637  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1097  ThiJ/PfpI domain protein  38.21 
 
 		 350 aa  74.3  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266562  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2987  transcriptional regulator fragment  34.78 
 
 		 111 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1494  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 133 aa  73.9  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 112 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  37.5 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3159  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 296 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6338  transcriptional regulator, AraC family  41.11 
 
 		 145 aa  72.8  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 168 aa  72.4  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6331  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.685362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2703  transcription activator, effector binding  32.84 
 
 		 326 aa  72.4  0.000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.268178 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0971  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 136 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000205729  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1627  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 273 aa  72.4  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000116038  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 329 aa  72  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 341 aa  72  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4687  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 287 aa  71.6  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  36.08 
 
 		 308 aa  71.6  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0415  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.547266  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0347  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1829  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.362007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 285 aa  71.6  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 313 aa  71.6  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>