More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1515 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_1515  pseudouridine synthase  100 
 
 
282 aa  585  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3153  pseudouridine synthase  78.42 
 
 
283 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.79077  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2728  pseudouridine synthase  67.02 
 
 
305 aa  389  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2547  pseudouridine synthase  66.79 
 
 
287 aa  380  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0787  pseudouridine synthase  61.35 
 
 
281 aa  361  6e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3679  RNA pseudouridine synthase family protein  51 
 
 
318 aa  281  7.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1708  pseudouridine synthase  45.22 
 
 
300 aa  229  3e-59  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.104417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1686  pseudouridine synthase  44.6 
 
 
267 aa  226  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48867  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0958  pseudouridine synthase  37.93 
 
 
281 aa  177  3e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.37 
 
 
300 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.14 
 
 
300 aa  103  3e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.5 
 
 
302 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  34.93 
 
 
204 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  28.11 
 
 
310 aa  91.3  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  31.61 
 
 
302 aa  89.4  6e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  33.54 
 
 
304 aa  89  9e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  29.52 
 
 
541 aa  89  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  25.68 
 
 
290 aa  88.6  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.7 
 
 
296 aa  87.8  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.07 
 
 
306 aa  87  3e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02735  hypothetical protein  24.91 
 
 
283 aa  86.7  4e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.469687  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2401  pseudouridine synthase, RluA family  31.68 
 
 
309 aa  86.3  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.556381 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  36 
 
 
305 aa  85.1  0.000000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  35.44 
 
 
304 aa  85.1  0.000000000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  28.62 
 
 
307 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  28.26 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.26 
 
 
307 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  28.28 
 
 
233 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1581  pseudouridine synthase, RluA family  28.72 
 
 
308 aa  84  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  26.34 
 
 
299 aa  83.6  0.000000000000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  28.72 
 
 
306 aa  83.6  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.4 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  30.1 
 
 
222 aa  82.8  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.1 
 
 
222 aa  83.2  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.67 
 
 
299 aa  82.8  0.000000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.98 
 
 
308 aa  82.4  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  35.67 
 
 
310 aa  82.4  0.000000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3201  RluA family pseudouridine synthase  32.02 
 
 
314 aa  82.4  0.000000000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.887852 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.38 
 
 
400 aa  82  0.000000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.810064 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  30.17 
 
 
305 aa  82  0.000000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 
314 aa  81.6  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  25.66 
 
 
303 aa  81.6  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  28 
 
 
299 aa  81.6  0.00000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30 
 
 
314 aa  82  0.00000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  27.54 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  27.54 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  31.21 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  27.54 
 
 
307 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  28.11 
 
 
223 aa  80.9  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.54 
 
 
307 aa  80.1  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  28.62 
 
 
352 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  26.91 
 
 
301 aa  80.1  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1294  pseudouridine synthase, RluA family  31.9 
 
 
310 aa  80.1  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.377146  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0824  RluA family pseudouridine synthase  26.05 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  28.76 
 
 
299 aa  80.5  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  25.09 
 
 
344 aa  80.1  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  30.34 
 
 
269 aa  79.7  0.00000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  28.62 
 
 
352 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  28.73 
 
 
352 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  31.03 
 
 
308 aa  79.7  0.00000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3248  pseudouridine synthase, RluA family  31.52 
 
 
315 aa  79.3  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.421856  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  28.82 
 
 
308 aa  79.3  0.00000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_13500  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.3 
 
 
320 aa  79.3  0.00000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.42 
 
 
312 aa  79.3  0.00000000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  29.95 
 
 
225 aa  79  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1084  pseudouridine synthase, RluA family  28.23 
 
 
313 aa  79  0.00000000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  27.83 
 
 
226 aa  78.6  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  26.91 
 
 
302 aa  78.6  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  27.08 
 
 
334 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15960  predicted protein  30.86 
 
 
325 aa  78.6  0.0000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.713821  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.62 
 
 
301 aa  78.6  0.0000000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  32.54 
 
 
308 aa  78.6  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3052  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.2 
 
 
312 aa  78.2  0.0000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.159413  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  27.57 
 
 
315 aa  78.2  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  31.25 
 
 
218 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  26.9 
 
 
344 aa  77.4  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1426  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.95 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.128873  normal  0.0393122 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5086  RluA family pseudouridine synthase  32.54 
 
 
313 aa  77.8  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00722052  hitchhiker  0.000548014 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.08 
 
 
334 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  27.74 
 
 
396 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  33.14 
 
 
219 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  28.57 
 
 
316 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  30.41 
 
 
302 aa  78.2  0.0000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 
309 aa  77.8  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  30.06 
 
 
255 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.57 
 
 
320 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 
327 aa  77.4  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.78 
 
 
324 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  28.09 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1605  pseudouridine synthase, RluA family  32.72 
 
 
311 aa  76.6  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.500866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  29.95 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  29.76 
 
 
561 aa  77  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  30.77 
 
 
304 aa  76.6  0.0000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  28.09 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  28.99 
 
 
327 aa  76.6  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  30.77 
 
 
258 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0292  pseudouridine synthase, RluA family  30.06 
 
 
283 aa  76.6  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00001732  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  29.59 
 
 
243 aa  76.3  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.81 
 
 
296 aa  76.3  0.0000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.86 
 
 
213 aa  76.3  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>