More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5080 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5080  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 502 aa  1028    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0526207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4029  extracellular solute-binding protein  58.74 
 
 		 502 aa  599  1e-170  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5344  extracellular solute-binding protein family 5  48.48 
 
 		 506 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.297716  normal  0.516905 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5411  extracellular solute-binding protein family 5  47.64 
 
 		 506 aa  435  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.253312  decreased coverage  0.00154474 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3985  extracellular solute-binding protein  43.78 
 
 		 499 aa  396  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5398  extracellular solute-binding protein family 5  43.1 
 
 		 506 aa  382  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0028  extracellular solute-binding protein family 5  40.36 
 
 		 520 aa  361  2e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0183012 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1024  extracellular solute-binding protein  38.23 
 
 		 524 aa  340  2.9999999999999998e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216522 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4444  extracellular solute-binding protein  33.46 
 
 		 517 aa  280  4e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.300506  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1950  extracellular solute-binding protein  36.5 
 
 		 506 aa  278  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.412794  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1949  extracellular solute-binding protein  37.55 
 
 		 506 aa  261  1e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.806443  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 495 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  30.85 
 
 		 495 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 		 505 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 509 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 		 526 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13240  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.92 
 
 		 504 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0803154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  27.03 
 
 		 525 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  25.95 
 
 		 522 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3881  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 515 aa  135  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.441306  normal  0.0413131 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0255  extracellular solute-binding protein  32.97 
 
 		 531 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.146115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  29.51 
 
 		 514 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 		 509 aa  134  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1103  extracellular solute-binding protein family 5  29.29 
 
 		 524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4355  extracellular solute-binding protein family 5  31 
 
 		 495 aa  131  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0355555  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1341  extracellular solute-binding protein  31.78 
 
 		 500 aa  130  7.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  32.79 
 
 		 495 aa  130  8.000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  26.95 
 
 		 512 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  28.01 
 
 		 524 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  26.32 
 
 		 549 aa  128  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1036  extracellular solute-binding protein  27.73 
 
 		 524 aa  128  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0015  extracellular solute-binding protein family 5  28.11 
 
 		 516 aa  127  5e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.406265  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.25 
 
 		 521 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 521 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2822  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 		 517 aa  124  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.687608  normal  0.0566169 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.68 
 
 		 545 aa  124  4e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 497 aa  124  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0015  extracellular solute-binding protein family 5  26.93 
 
 		 516 aa  123  7e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3706  extracellular solute-binding protein family 5  28.31 
 
 		 533 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  31.02 
 
 		 526 aa  122  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0184  extracellular solute-binding protein family 5  26.22 
 
 		 518 aa  122  9.999999999999999e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1077  extracellular solute-binding protein  26.86 
 
 		 522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.108497 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.38 
 
 		 534 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2069  extracellular solute-binding protein family 5  26.8 
 
 		 518 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  27.47 
 
 		 535 aa  121  3e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  30.05 
 
 		 496 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  30.05 
 
 		 496 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 		 527 aa  120  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  28.17 
 
 		 517 aa  119  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1250  extracellular solute-binding protein family 5  26.52 
 
 		 550 aa  119  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.405882  normal  0.0838621 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 526 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3383  extracellular solute-binding protein family 5  27.53 
 
 		 533 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30 
 
 		 520 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5265  ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  25.87 
 
 		 515 aa  119  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.154423  normal  0.0706788 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.17 
 
 		 510 aa  118  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.34 
 
 		 535 aa  118  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.36 
 
 		 524 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 		 535 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 		 517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  28.45 
 
 		 521 aa  117  6e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  25.59 
 
 		 523 aa  117  6e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4012  extracellular solute-binding protein family 5  29.49 
 
 		 523 aa  117  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2645  4-phytase  28.91 
 
 		 532 aa  117  6.9999999999999995e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.292677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3756  extracellular solute-binding protein  29.49 
 
 		 540 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0607711 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 		 527 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0810  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 489 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 512 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0044  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.71 
 
 		 530 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  28.45 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.45 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5037  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal  0.963466 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  28.45 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 		 521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2658  extracellular solute-binding protein family 5  26.01 
 
 		 529 aa  115  2.0000000000000002e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00293814 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5121  extracellular solute-binding protein family 5  29.95 
 
 		 522 aa  115  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.969979 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1303  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 544 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.949785 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  27.44 
 
 		 537 aa  115  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2197  extracellular solute-binding protein family 5  25.42 
 
 		 556 aa  114  3e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2161  extracellular solute-binding protein family 5  26.67 
 
 		 532 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.283164 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  26.71 
 
 		 509 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1803  extracellular solute-binding protein family 5  25.31 
 
 		 499 aa  114  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.0045678  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  26.09 
 
 		 527 aa  114  5e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1837  extracellular solute-binding protein family 5  26.25 
 
 		 532 aa  114  5e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350378  normal  0.136519 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3737  extracellular solute-binding protein  23.59 
 
 		 517 aa  114  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  26.6 
 
 		 522 aa  113  6e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.66 
 
 		 525 aa  114  6e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.07 
 
 		 520 aa  113  8.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2497  extracellular solute-binding protein family 5  25.97 
 
 		 528 aa  113  9e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0778602 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  28.3 
 
 		 531 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  26.13 
 
 		 535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5416  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 534 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.604179 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  27.11 
 
 		 528 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4051  extracellular solute-binding protein family 5  29.21 
 
 		 523 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.957525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4225  extracellular solute-binding protein  28.09 
 
 		 520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  26 
 
 		 490 aa  112  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  28.74 
 
 		 497 aa  111  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>