176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3734 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3734  putative ABC transporter periplasmic solute-binding protein  100 
 
 
357 aa  732    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22364  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7064  extracellular solute-binding protein  36 
 
 
353 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4264  extracellular solute-binding protein family 1  32.96 
 
 
359 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4873  putative spermidine/putrescine transport system substrate-binding protein  32.95 
 
 
360 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987187  normal  0.365367 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1865  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 
352 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00327165  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5469  extracellular solute-binding protein  32.01 
 
 
361 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27299  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1330  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  33.93 
 
 
358 aa  159  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.839911  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0161  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  33.63 
 
 
366 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.92588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1795  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  33.63 
 
 
366 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.843102  normal  0.582581 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1590  extracellular solute-binding protein family 1  30.84 
 
 
352 aa  157  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0458056 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3717  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
347 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3460  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.64 
 
 
356 aa  152  5.9999999999999996e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.771594  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0425  extracellular solute-binding protein family 1  31.87 
 
 
346 aa  152  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1739  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.34 
 
 
370 aa  152  1e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.124985 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6156  extracellular solute-binding protein family 1  30.3 
 
 
368 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6575  extracellular solute-binding protein  31.42 
 
 
351 aa  150  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.756319 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2151  polyamine ABC trasnporter, periplasmic polyamine-binding protein  33.53 
 
 
359 aa  149  6e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.585166  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1503  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  29.79 
 
 
352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541175  normal  0.0238338 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0467  putative spermidine/putrescine-binding protein  30.06 
 
 
354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2365  hypothetical protein  28.57 
 
 
361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0326  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  28.81 
 
 
348 aa  148  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.506408  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2484  extracellular solute-binding protein  30.06 
 
 
339 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295411  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4687  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  34.09 
 
 
356 aa  146  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616016  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0300  putative spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  28.81 
 
 
348 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000303787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2401  extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 
341 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0652633  normal  0.875866 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3647  extracellular solute-binding protein family 1  30.35 
 
 
349 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.820698  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2230  extracellular solute-binding protein family 1  30.89 
 
 
362 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4993  extracellular solute-binding protein family 1  33.13 
 
 
346 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1935  extracellular solute-binding protein  29.8 
 
 
341 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0092499 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2667  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein, putative  30.89 
 
 
341 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0490104  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3860  extracellular solute-binding protein family 1  31.71 
 
 
369 aa  143  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.668247  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3241  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 
341 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.047914  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3190  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  28.61 
 
 
370 aa  142  7e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2211  ABC transporter, substrate binding protein (polyamine)  30.28 
 
 
343 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0108237  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2543  extracellular solute-binding protein family 1  30.28 
 
 
359 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.924442  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1715  extracellular solute-binding protein  28.83 
 
 
346 aa  142  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353198  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4108  extracellular solute-binding protein family 1  29.54 
 
 
349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2047  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 
350 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.454223  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3814  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  29.51 
 
 
341 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0560124  normal  0.188879 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65920  hypothetical protein  29.33 
 
 
363 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.400639  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1955  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 
341 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.319397  normal  0.247147 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1614  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  28.13 
 
 
338 aa  139  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02720  hypothetical protein  31.15 
 
 
352 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0735461 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3447  extracellular solute-binding protein  30.45 
 
 
341 aa  138  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.544625 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0308  hypothetical protein  30.41 
 
 
352 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4943  extracellular solute-binding protein  32.54 
 
 
352 aa  137  3.0000000000000003e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240238  normal  0.395223 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2372  extracellular solute-binding protein family 1  31.78 
 
 
351 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5719  hypothetical protein  29.02 
 
 
363 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2091  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 
341 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2372  twin-arginine translocation pathway signal  30.09 
 
 
364 aa  136  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1869  extracellular solute-binding protein family 1  29.69 
 
 
343 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5589  extracellular solute-binding protein family 1  32.28 
 
 
336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6544  extracellular solute-binding protein family 1  32.98 
 
 
336 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.492931 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2152  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.952962  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4603  putative ABC transporter binding protein component  32 
 
 
358 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0921345  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0813  extracellular solute-binding protein family 1  29.75 
 
 
374 aa  133  5e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4002  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
343 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3858  extracellular solute-binding protein  35.06 
 
 
358 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3470  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  31.46 
 
 
348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.595538 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6038  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 
351 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.471262  hitchhiker  0.00977715 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1883  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.41 
 
 
363 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0647342  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0531  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.41 
 
 
358 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.174664  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1275  extracellular solute-binding protein family 1  28.08 
 
 
342 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1786  extracellular solute-binding protein family 1  29.91 
 
 
343 aa  129  7.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.149849  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1032  extracellular solute-binding protein  32.49 
 
 
341 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.284122  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4790  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
344 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0443  extracellular solute-binding protein  28.97 
 
 
344 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.841925 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0594  extracellular solute-binding protein  29.97 
 
 
343 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3862  extracellular solute-binding protein  29.63 
 
 
348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6321  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 
356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.374689  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0755  ABC transporter, binding protein  28.79 
 
 
371 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.491874  normal  0.244729 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1336  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 
342 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6115  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
350 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.291743  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1219  spermidine/putrescine ABC transporter, periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.5 
 
 
342 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0446  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 
352 aa  126  6e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0412  polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine-binding protein  28.66 
 
 
344 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0584261  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2870  PotD/PotF family extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 
366 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2819  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  27.86 
 
 
347 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2382  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
345 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0446  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 
344 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.45407 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07870  putative binding protein component of ABC transporter  28.12 
 
 
348 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00815045 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7798  extracellular solute-binding protein  29.02 
 
 
360 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.528323  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0748  putative ABC transporter binding protein subunit  28.12 
 
 
348 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3107  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic spermidine/putrescine-binding protein  29.19 
 
 
342 aa  123  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5129  extracellular solute-binding protein family 1  30.27 
 
 
362 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003671  probable binding protein component of ABC transporter  28.16 
 
 
357 aa  122  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0667  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein-like protein  29.45 
 
 
357 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.872941  hitchhiker  0.00848577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2911  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 
347 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550297  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2544  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.36 
 
 
370 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.66454  normal  0.363997 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1519  extracellular solute-binding protein family 1  30.46 
 
 
346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0240465  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6089  ABC transporter substrate binding protein (polyamine)  28.34 
 
 
336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.183043  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4044  extracellular solute-binding protein  28.79 
 
 
345 aa  120  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3813  extracellular solute-binding protein  28.65 
 
 
348 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.109737  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07850  putative binding protein component of ABC transporter  28.62 
 
 
344 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.021503 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6249  extracellular solute-binding protein  29.68 
 
 
336 aa  119  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.389873 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1733  putative lipoprotein signal peptide  29.8 
 
 
346 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0848422  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1468  extracellular solute-binding protein family 1  29.8 
 
 
346 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000302605 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5124  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0612646  normal  0.703361 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4322  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 
350 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.199771  normal  0.317385 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4614  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
344 aa  117  3e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.874692  normal  0.965424 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>