More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3714 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_3714  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
276 aa  555  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2615  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
257 aa  239  4e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.711608  normal  0.149897 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1997  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.52 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2000  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.52 
 
 
259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.17 
 
 
264 aa  159  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.23 
 
 
270 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0156103  normal  0.420839 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0517  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.32 
 
 
266 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.36477 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3554  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.38 
 
 
262 aa  157  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3482  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.86 
 
 
261 aa  156  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.059744  normal  0.189597 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2755  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.23 
 
 
262 aa  155  6e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.137616  normal  0.463862 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2201  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
264 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00796111  normal  0.121922 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6971  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.59 
 
 
263 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1386  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.11 
 
 
258 aa  154  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2718  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.97 
 
 
256 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.650562  normal  0.158048 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4798  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.13 
 
 
261 aa  153  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000904747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4687  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.16 
 
 
262 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3166  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
266 aa  152  4e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1271  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.1 
 
 
258 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3466  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
292 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3432  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.85 
 
 
261 aa  152  8e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.296547 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4015  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
266 aa  150  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.800927  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2275  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.36 
 
 
254 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0657  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
292 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.65557 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0943  D-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.2 
 
 
270 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.801002  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.87 
 
 
255 aa  150  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.815314 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0938  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.01 
 
 
261 aa  150  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.60557  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0575  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.58 
 
 
258 aa  150  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 
292 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3286  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39 
 
 
256 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1388  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.79 
 
 
262 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1408  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.13 
 
 
281 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2696  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.9 
 
 
260 aa  148  9e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal  0.672061 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5269  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.42 
 
 
261 aa  148  9e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3009  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.3 
 
 
261 aa  147  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0803108 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1897  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.4 
 
 
256 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0333934 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1156  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.27 
 
 
258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.24 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3179  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0694225  normal  0.858211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39 
 
 
256 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0379215  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1750  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.13 
 
 
261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.594296  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.26 
 
 
259 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2793  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.87 
 
 
256 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313223  normal  0.208363 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2705  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.55 
 
 
260 aa  145  5e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0392543  normal  0.0560385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2183  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
267 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.159949  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2355  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.1 
 
 
288 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5123  acetoacetyl-CoA reductase  32.25 
 
 
248 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0811  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  38.15 
 
 
261 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110445 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3151  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.69 
 
 
260 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2498  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.69 
 
 
260 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4730  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.69 
 
 
261 aa  145  9e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5197  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.69 
 
 
261 aa  145  9e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.426896 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.88 
 
 
259 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.787332  normal  0.0473698 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4591  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.93 
 
 
261 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1981  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.88 
 
 
259 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3073  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.87 
 
 
256 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.171259  normal  0.789258 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
258 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4002  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.4 
 
 
262 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.36944 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1572  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.74 
 
 
259 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0281  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  36.3 
 
 
257 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2069  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.74 
 
 
256 aa  142  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.343315  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2651  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 
256 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
257 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17590  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.91 
 
 
257 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2539  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.17 
 
 
260 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.643723 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1057  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.93 
 
 
259 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.660829  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.7 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 
253 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2462  short chain dehydrogenase  37.41 
 
 
254 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.131471  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3729  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.71 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1665  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.5 
 
 
256 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.919217  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3945  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
260 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.136099 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1603  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.2 
 
 
248 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000401343  decreased coverage  0.000161546 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3420  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0769277  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3864  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.69 
 
 
257 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0950  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 
256 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.477872  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3079  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.4 
 
 
257 aa  139  6e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1887  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.53 
 
 
260 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0166984  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
272 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.560148 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 
261 aa  137  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32556  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4287  acetoacetyl-CoA reductase  33.46 
 
 
248 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.250358  normal  0.289691 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1682  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  35.93 
 
 
260 aa  136  4e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3819  acetoacetyl-CoA reductase  33.46 
 
 
248 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  normal  0.774133 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1623  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.83 
 
 
244 aa  135  7.000000000000001e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000163996  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1131  acetoacetyl-CoA reductase  34.21 
 
 
248 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735079  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1587  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.83 
 
 
244 aa  135  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00000600536  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  33.33 
 
 
277 aa  135  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4599  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.96 
 
 
240 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
251 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5895  acetoacetyl-CoA reductase  33.83 
 
 
248 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.210588 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1794  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00870136  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.57 
 
 
248 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1680  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  36.12 
 
 
252 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.509013  normal  0.120385 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.95 
 
 
248 aa  133  3e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
244 aa  133  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1629  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.71 
 
 
247 aa  133  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000722378  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0604  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
249 aa  133  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000356681  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3319  d-beta-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.46 
 
 
256 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0697406  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.22 
 
 
252 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.734906  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>