264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0336 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0336  hypothetical protein  100 
 
 		 376 aa  725    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.115948 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0992  protein of unknown function UPF0118  49.33 
 
 		 396 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.537691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0864  protein of unknown function UPF0118  48.39 
 
 		 388 aa  331  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.407336  normal  0.786267 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1260  hypothetical protein  47.12 
 
 		 366 aa  322  9.000000000000001e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6996  putative permease  29.79 
 
 		 372 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4026  hypothetical protein  31.36 
 
 		 374 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.23322 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1390  hypothetical protein  31.2 
 
 		 368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3464  hypothetical protein  31.8 
 
 		 406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384592 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3105  hypothetical protein  27.94 
 
 		 374 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1370  hypothetical protein  28.78 
 
 		 367 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.635669 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4702  protein of unknown function UPF0118  29.11 
 
 		 371 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.605317  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2995  hypothetical protein  29.19 
 
 		 377 aa  116  6.9999999999999995e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0484  hypothetical protein  30.37 
 
 		 406 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001931  putative permease protein  27.55 
 
 		 356 aa  108  2e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1324  hypothetical protein  39.39 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0575147  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3144  hypothetical protein  27.81 
 
 		 393 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0744058  normal  0.288256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2075  hypothetical protein  27.16 
 
 		 385 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2158  hypothetical protein  32.08 
 
 		 387 aa  95.9  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5963  protein of unknown function UPF0118  26.61 
 
 		 353 aa  95.5  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.97133 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3116  membrane transporter  27.84 
 
 		 388 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3845  hypothetical protein  28.52 
 
 		 406 aa  94.4  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3520  hypothetical protein  26.73 
 
 		 434 aa  93.2  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365519  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2143  hypothetical protein  25.88 
 
 		 366 aa  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0555  hypothetical protein  25.6 
 
 		 380 aa  88.6  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.11052 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1581  putative transport protein  26.05 
 
 		 344 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.180816 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8661  protein of unknown function UPF0118  26.74 
 
 		 386 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1983  protein of unknown function UPF0118  28.57 
 
 		 408 aa  87.8  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1693  putative transport protein  26.28 
 
 		 344 aa  87.8  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.31551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1649  putative transport protein  25.75 
 
 		 344 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1860  putative transport protein  25.75 
 
 		 344 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1590  putative transport protein  25.75 
 
 		 344 aa  86.7  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1490  hypothetical protein  24.45 
 
 		 358 aa  86.7  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00480126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1910  putative transport protein  25.15 
 
 		 344 aa  84  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0263  protein of unknown function UPF0118  26.22 
 
 		 369 aa  84  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.120153  normal  0.560864 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2059  hypothetical protein  22.15 
 
 		 382 aa  83.6  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.295344  normal  0.388769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1544  hypothetical protein  23.27 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173707  normal  0.127911 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02869  transport protein  24.7 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1561  putative transport protein  25.62 
 
 		 352 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.421411  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1709  putative transport protein  25.62 
 
 		 352 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0814358  hitchhiker  0.000224346 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1669  putative transport protein  25.62 
 
 		 352 aa  82.4  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1485  hypothetical protein  22.96 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00467252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1550  hypothetical protein  22.96 
 
 		 368 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0232271  normal  0.172747 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4175  hypothetical protein  30.25 
 
 		 339 aa  80.5  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0228535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2778  hypothetical protein  23.31 
 
 		 369 aa  80.5  0.00000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0204087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2386  hypothetical protein  22.7 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0461614  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2954  hypothetical protein  23.77 
 
 		 444 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1685  protein of unknown function UPF0118  23.31 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0357703  normal  0.026776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2681  hypothetical protein  23.31 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.185142  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5379  protein of unknown function UPF0118  27.98 
 
 		 650 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.613329  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2702  hypothetical protein  23.31 
 
 		 369 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00759105  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2920  hypothetical protein  22.01 
 
 		 368 aa  79.3  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2065  protein of unknown function UPF0118  26.24 
 
 		 358 aa  79  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.742659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5020  protein of unknown function UPF0118  25.47 
 
 		 679 aa  78.6  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.247687  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01555  transport protein  28.57 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1233  membrane transporter  28.89 
 
 		 650 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0210631  normal  0.375468 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2557  hypothetical protein  22.8 
 
 		 404 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4560  hypothetical protein  25.47 
 
 		 668 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.119566 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5076  protein of unknown function UPF0118  25.96 
 
 		 675 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.864281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1665  hypothetical protein  21.47 
 
 		 382 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000108955  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2214  hypothetical protein  22.09 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2891  hypothetical protein  20.44 
 
 		 394 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0951393  hitchhiker  0.00000885055 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0257  response regulator receiver domain-containing protein  22.53 
 
 		 357 aa  74.3  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.492639 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1364  protein of unknown function UPF0118  25 
 
 		 420 aa  73.9  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108983  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5612  protein of unknown function UPF0118  31.03 
 
 		 383 aa  73.2  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1700  hypothetical protein  21.07 
 
 		 359 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.23154  normal  0.0296077 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5154  hypothetical protein  24.01 
 
 		 663 aa  72.8  0.000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4272  hypothetical protein  24.92 
 
 		 374 aa  72.8  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2398  hypothetical protein  23.6 
 
 		 389 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.17382  normal  0.699282 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0413  hypothetical protein  28.43 
 
 		 679 aa  71.6  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.169508 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2560  hypothetical protein  25 
 
 		 644 aa  71.6  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1066  hypothetical protein  30.66 
 
 		 359 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.283585  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2954  hypothetical protein  27.65 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2158  protein of unknown function UPF0118  25.28 
 
 		 653 aa  71.2  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3067  hypothetical protein  31.03 
 
 		 354 aa  70.9  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0722131  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2360  hypothetical protein  22.12 
 
 		 406 aa  70.5  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1725  protein of unknown function UPF0118  28.57 
 
 		 680 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5344  hypothetical protein  26.27 
 
 		 647 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2379  hypothetical protein  24.55 
 
 		 345 aa  70.1  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.412006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1704  hypothetical protein  30.81 
 
 		 650 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61682 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2311  hypothetical protein  24.53 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1889  putative transport protein  26.99 
 
 		 350 aa  69.3  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000651778 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3196  hypothetical protein  26.46 
 
 		 660 aa  68.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1431  hypothetical protein  26.67 
 
 		 606 aa  68.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.145958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1324  membrane transporter  27.98 
 
 		 680 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.542629  normal  0.0320057 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3145  hypothetical protein  26.46 
 
 		 660 aa  68.9  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.44353  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6859  protein of unknown function UPF0118  24.86 
 
 		 662 aa  68.6  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.810171 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2140  hypothetical protein  28.33 
 
 		 700 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.425167  normal  0.975115 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1598  putative transport protein  24.02 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0304  protein of unknown function UPF0118  26.15 
 
 		 650 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.10955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5287  protein of unknown function UPF0118  26.79 
 
 		 677 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3669  hypothetical protein  24.73 
 
 		 390 aa  67  0.0000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3881  hypothetical protein  23.88 
 
 		 349 aa  67  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.198688 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1675  putative transport protein  23.64 
 
 		 344 aa  66.6  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2311  putative transport protein  23.64 
 
 		 344 aa  67  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0246  transport protein  25.36 
 
 		 369 aa  66.6  0.0000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.33291  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3908  hypothetical protein  28.32 
 
 		 383 aa  66.6  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3090  putative transport protein  29.85 
 
 		 350 aa  66.2  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2042  protein of unknown function UPF0118  23.64 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.230614  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2029  putative transport protein  23.64 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.854402  normal  0.642454 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01560  hypothetical protein  23.64 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>