102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0286 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0286  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 269 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.126336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4168  extracellular solute-binding protein  56.36 
 
 		 275 aa  277  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0358  amino acid ABC transporter periplasmic protein  46.31 
 
 		 279 aa  238  9e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0352  amino acid ABC transporter periplasmic protein  47.13 
 
 		 279 aa  238  9e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3668  amino acid ABC transporter periplasmic protein  47.88 
 
 		 279 aa  236  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4035  amino acid ABC transporter periplasmic protein  45.11 
 
 		 277 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3285  putative amino acid ABC transporter  43.36 
 
 		 267 aa  205  6e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4353  hypothetical protein  46.2 
 
 		 180 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2079  extracellular solute-binding protein  28.92 
 
 		 262 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2551  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 272 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.36291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1071  extracellular solute-binding protein  22.63 
 
 		 258 aa  63.2  0.000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2199  hypothetical protein  25.14 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  29.59 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4351.1  amino acid ABC transporter protein  47.17 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6191  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0056  transporter, putative  23.33 
 
 		 252 aa  53.9  0.000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3409  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 2654 aa  53.5  0.000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1240  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 275 aa  53.1  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2131  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 265 aa  52  0.000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0411  UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase  28.57 
 
 		 238 aa  52  0.000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3594  amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.81 
 
 		 274 aa  51.6  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4000  extracellular solute-binding protein  23.92 
 
 		 245 aa  50.8  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2704  extracellular solute-binding protein  24.33 
 
 		 277 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.379205  normal  0.0872615 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4485  extracellular solute-binding protein family 3  32.32 
 
 		 268 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.8611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1707  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 		 483 aa  49.3  0.00006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  22.71 
 
 		 243 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0413  homoserine kinase (HSK; HK)  27.71 
 
 		 256 aa  48.9  0.00009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.862983  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6436  extracellular solute-binding protein family 3  31.96 
 
 		 268 aa  48.9  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00118461 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3734  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 247 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1942  extracellular solute-binding protein family 3  24.64 
 
 		 266 aa  48.5  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000237139  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5123  extracellular solute-binding protein family 3  27.27 
 
 		 252 aa  48.5  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.815904  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2109  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 262 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.467134 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  23.19 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3711  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 253 aa  48.1  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2323  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2808  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 250 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.951072 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0534  extracellular solute-binding protein  26.28 
 
 		 261 aa  47.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11740  hypothetical protein  26.19 
 
 		 297 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.22588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1930  extracellular solute-binding protein family 3  21.21 
 
 		 248 aa  47  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000351018  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3624  hypothetical protein  24.51 
 
 		 262 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.78712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2179  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.158318  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2287  extracellular solute-binding protein family 3  20.96 
 
 		 248 aa  47  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000177355 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  25.62 
 
 		 271 aa  46.6  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5251  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 		 245 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 255 aa  46.6  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0809  hypothetical protein  29.72 
 
 		 237 aa  46.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.05 
 
 		 250 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6395  extracellular solute-binding protein family 3  28.45 
 
 		 257 aa  46.2  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.45445 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2725  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 255 aa  45.8  0.0007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.377172 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0885  extracellular solute-binding protein family 3  23.91 
 
 		 284 aa  45.8  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000379801  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1934  hypothetical protein  26.47 
 
 		 242 aa  45.8  0.0008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0267583  normal  0.0107502 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3517  extracellular solute-binding protein family 3  23.16 
 
 		 273 aa  45.8  0.0008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0098  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.27 
 
 		 487 aa  45.4  0.0009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.000000000321849  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3710  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 253 aa  45.4  0.0009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.33118  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.45 
 
 		 251 aa  44.7  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.85 
 
 		 243 aa  45.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0683  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 279 aa  45.4  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.732102  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 250 aa  45.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4543  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 301 aa  45.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.517654  normal  0.184602 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0592  extracellular solute-binding protein family 3  26.85 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1295  extracellular solute-binding protein  22.31 
 
 		 292 aa  44.3  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.914061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3850  hypothetical protein  21.9 
 
 		 256 aa  43.9  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.388139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0499  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 457 aa  44.3  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0495  TcmP  28 
 
 		 255 aa  44.3  0.002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2292  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 		 262 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0186  extracellular solute-binding protein family 3  26.67 
 
 		 291 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0860  extracellular solute-binding protein family 3  26.77 
 
 		 246 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4230  hypothetical protein  19.84 
 
 		 247 aa  43.9  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4531  extracellular solute-binding protein family 3  28.45 
 
 		 257 aa  43.9  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.417135  normal  0.112125 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.38 
 
 		 513 aa  43.5  0.003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1101  extracellular solute-binding protein family 3  31.43 
 
 		 295 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0196876 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0632  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.78 
 
 		 257 aa  43.5  0.004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0329945  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0513  extracellular solute-binding protein  22.12 
 
 		 251 aa  43.5  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2054  extracellular solute-binding protein  25.42 
 
 		 258 aa  43.1  0.004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.179486 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3442  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 285 aa  43.5  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3961  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 303 aa  43.5  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.323027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1688  metal dependent phosphohydrolase  23.81 
 
 		 648 aa  43.5  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4360  hypothetical protein  25.93 
 
 		 264 aa  43.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  hitchhiker  0.0094359 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  25.88 
 
 		 250 aa  43.1  0.005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  23.7 
 
 		 727 aa  42.7  0.006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1602  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 258 aa  42.7  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4438  extracellular solute-binding protein family 3  22.36 
 
 		 303 aa  42.7  0.006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.156595 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0589  extracellular solute-binding protein family 3  24.24 
 
 		 247 aa  42.7  0.006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0251025  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.83 
 
 		 1016 aa  42.7  0.006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  28.41 
 
 		 250 aa  42.7  0.007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4329  extracellular solute-binding protein family 3  22.78 
 
 		 303 aa  42.7  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.240432 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0588  extracellular solute-binding protein family 3  25.55 
 
 		 247 aa  42.4  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00341778  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0631  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.94 
 
 		 253 aa  42.4  0.008  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00542513  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0295  ABC basic amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.73 
 
 		 266 aa  42.4  0.008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.874401  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 		 254 aa  42.4  0.008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  26.92 
 
 		 489 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.92 
 
 		 489 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.92 
 
 		 489 aa  42.4  0.008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2578  extracellular solute-binding protein  21.02 
 
 		 267 aa  42.4  0.008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0593  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.94 
 
 		 253 aa  42.4  0.008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1767  extracellular solute-binding protein  23.93 
 
 		 276 aa  42.4  0.008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.99488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0031  extracellular solute-binding protein  24.14 
 
 		 272 aa  42.4  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.246666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1594  arginine-binding protein  25.74 
 
 		 269 aa  42.4  0.009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.621127  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4388  amino acid ABC transporter  21.98 
 
 		 259 aa  42  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000078049 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  20.51 
 
 		 1047 aa  42  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>