More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3398 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3398  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 292 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1860  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.951012  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2118  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.697592  hitchhiker  0.00772115 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  31.49 
 
 		 293 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  30.45 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2820  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.309503  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2140  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.747614  normal  0.186273 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  27.05 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 312 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33170  putative transcriptional regulator  27.65 
 
 		 304 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.162388  hitchhiker  0.0024503 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 303 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5066  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 314 aa  122  8e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291199 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6651  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.450186 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1560  transcriptional regulator, LysR family  28.01 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.26307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5995  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.422064 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5630  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.231247  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3332  transcription regulator protein  29.49 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 335 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 328 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6486  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 303 aa  118  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4949  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 313 aa  116  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1660  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0094894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3807  transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.832757  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3918  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.228486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3267  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.995202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3923  LysR substrate binding domain-containing protein  29.41 
 
 		 300 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.62 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  29.41 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0643  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  29.92 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0698  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.683594  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3814  LysR substrate binding domain protein  29.41 
 
 		 300 aa  115  8.999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48770  putative transcriptional regulator  26.62 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.120965  hitchhiker  0.00000153166 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0979  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.039685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3982  LysR substrate binding domain-containing protein  29.41 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.324102 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1733  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.368943  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5908  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34690  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0262778  normal  0.106193 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 367 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0265  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2944  putative transcriptional regulator  25.85 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.625117  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5543  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21475  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.89 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4884  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 		 323 aa  114  3e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5844  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.10316  normal  0.238321 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.21 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2019  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 309 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 349 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 349 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 349 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0665  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 329 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.710378 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0701  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 329 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 349 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3711  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 344 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.770554  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6414  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5155  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.272154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 313 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 		 302 aa  112  5e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  32.42 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6689  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 308 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.893822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0669  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 329 aa  112  6e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 304 aa  112  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>