More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_1560 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_1560  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  607  1e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.26307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0972  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3741  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 285 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 		 307 aa  180  2e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 313 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.58 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 307 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4265  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 312 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.503566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 309 aa  176  6e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0678  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.569354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.4 
 
 		 289 aa  168  9e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  36.42 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  38.94 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 298 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 301 aa  166  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31630  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.469253  normal  0.129426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2690  putative transcriptional regulator  40.67 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  34.47 
 
 		 292 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3085  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  164  3e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 322 aa  162  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  35.05 
 
 		 289 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1457  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 309 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5774  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.963827 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.14 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5534  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3955  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.116916  normal  0.984212 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2214  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.000844726  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1696  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 311 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 305 aa  160  3e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 299 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.56 
 
 		 290 aa  159  6e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3222  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.937901 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 299 aa  159  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4938  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 305 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3240  transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  159  6e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>