More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1311 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 245 aa  496  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  51.03 
 
 		 272 aa  247  1e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4476  DNA repair protein RadC  56.09 
 
 		 230 aa  245  4e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.352364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  48.17 
 
 		 278 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  48.17 
 
 		 275 aa  224  8e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  45.78 
 
 		 246 aa  224  8e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  47.25 
 
 		 275 aa  223  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  48.7 
 
 		 263 aa  222  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  46.79 
 
 		 241 aa  217  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  46.79 
 
 		 260 aa  216  2.9999999999999998e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  48.62 
 
 		 242 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  46.26 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  45.87 
 
 		 251 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  47.71 
 
 		 247 aa  209  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  47.25 
 
 		 246 aa  209  3e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  47.49 
 
 		 243 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  46.58 
 
 		 254 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  45.66 
 
 		 249 aa  208  7e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  44.04 
 
 		 254 aa  207  1e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  46.58 
 
 		 249 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  43.46 
 
 		 236 aa  207  2e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  46.25 
 
 		 255 aa  207  2e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  46.08 
 
 		 254 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  46.73 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  45.87 
 
 		 248 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  39.83 
 
 		 242 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  45.87 
 
 		 248 aa  202  3e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  44.7 
 
 		 258 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  46.54 
 
 		 261 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  42.01 
 
 		 230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  44.24 
 
 		 257 aa  196  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  44.04 
 
 		 239 aa  194  7e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  43.69 
 
 		 226 aa  193  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  43.58 
 
 		 239 aa  191  6e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  43.12 
 
 		 265 aa  192  6e-48  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  43.12 
 
 		 250 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  39.45 
 
 		 224 aa  189  4e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  41.22 
 
 		 273 aa  189  4e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 230 aa  184  9e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  45.41 
 
 		 248 aa  182  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  36.7 
 
 		 230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  46.81 
 
 		 223 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  40.18 
 
 		 253 aa  170  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  37.44 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  43.65 
 
 		 209 aa  164  9e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5346  DNA repair protein RadC  41.42 
 
 		 253 aa  161  1e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.67199 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.67 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  38.12 
 
 		 271 aa  160  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  38.81 
 
 		 275 aa  159  3e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  36.7 
 
 		 223 aa  154  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  43.27 
 
 		 203 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  38.82 
 
 		 241 aa  152  7e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2935  DNA repair protein RadC  34.55 
 
 		 227 aa  151  8.999999999999999e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.144285  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  38.99 
 
 		 225 aa  149  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  39.11 
 
 		 226 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  33.63 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3794  DNA repair protein RadC  40.35 
 
 		 196 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0842954  unclonable  0.000000153517 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  33.94 
 
 		 232 aa  143  3e-33  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  35.98 
 
 		 223 aa  139  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  39.19 
 
 		 225 aa  132  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0208  DNA repair protein RadC  40.78 
 
 		 221 aa  131  9e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0478736 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0159  DNA repair protein RadC  34.38 
 
 		 221 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.130887  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3721  DNA repair protein RadC  43.94 
 
 		 138 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0768638  normal  0.946215 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1412  DNA repair protein RadC  34.11 
 
 		 227 aa  126  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  37.5 
 
 		 225 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3960  DNA repair protein RadC  34.43 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0193359  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2550  DNA repair protein RadC  32.56 
 
 		 226 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.727412  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  32.57 
 
 		 228 aa  125  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0899  DNA repair protein RadC  32.09 
 
 		 226 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  36.15 
 
 		 232 aa  125  7e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1467  DNA repair protein RadC  35.51 
 
 		 230 aa  124  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1642  DNA repair protein RadC  35.32 
 
 		 235 aa  124  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000389911  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3340  DNA repair protein RadC  32.24 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000661948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1542  DNA repair protein RadC  42.03 
 
 		 162 aa  122  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0350169 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 222 aa  122  5e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 222 aa  122  5e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 214 aa  122  5e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  31.6 
 
 		 222 aa  122  5e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 222 aa  122  6e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 222 aa  122  6e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 222 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 222 aa  122  7e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4842  DNA repair protein RadC  32.08 
 
 		 227 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000109613  hitchhiker  0.0000409278 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  31.6 
 
 		 222 aa  121  8e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 225 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  36.28 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4155  DNA repair protein RadC  32.39 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000385869  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00653  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0061  DNA repair protein RadC  32.39 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000803057  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1254  DNA repair protein RadC  36.57 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.700963  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0065  DNA repair protein RadC  34.72 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001821  DNA repair protein RadC  33.8 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000198963  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0055  DNA repair protein RadC  32.39 
 
 		 222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00110117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0101  DNA repair protein RadC  32.39 
 
 		 221 aa  119  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000716823  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4009  DNA repair protein RadC  30.66 
 
 		 221 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.273398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4055  DNA repair protein RadC  30.66 
 
 		 221 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4116  DNA repair protein RadC  30.66 
 
 		 221 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00598559  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3946  DNA repair protein RadC  30.66 
 
 		 221 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0929037  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3928  DNA repair protein RadC  30.66 
 
 		 221 aa  119  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0713663  hitchhiker  0.00154722 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2501  DNA repair protein RadC  32.77 
 
 		 257 aa  118  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.970207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>