More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1718 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  100 
 
 		 224 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  64.89 
 
 		 226 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  60.44 
 
 		 226 aa  291  4e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  61.06 
 
 		 237 aa  273  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  61.06 
 
 		 236 aa  272  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  60.62 
 
 		 226 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  60.18 
 
 		 226 aa  268  4e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  61.5 
 
 		 226 aa  268  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  60.71 
 
 		 226 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.71 
 
 		 226 aa  264  7e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  60.27 
 
 		 226 aa  264  1e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  60.27 
 
 		 226 aa  262  2e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  53.98 
 
 		 226 aa  242  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.65 
 
 		 220 aa  218  7.999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  47.56 
 
 		 227 aa  191  8e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  45.81 
 
 		 248 aa  177  8e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.47 
 
 		 228 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 252 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  41.7 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  41.78 
 
 		 221 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  40.64 
 
 		 240 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.44 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 232 aa  161  8.000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  39.11 
 
 		 226 aa  161  8.000000000000001e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.74 
 
 		 232 aa  159  5e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.74 
 
 		 232 aa  158  8e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 232 aa  156  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  37.84 
 
 		 227 aa  155  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  38.18 
 
 		 230 aa  155  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  39.21 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 230 aa  153  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 253 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 229 aa  152  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37050  Two-component response regulator  41.36 
 
 		 233 aa  151  8e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246304  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  37.28 
 
 		 242 aa  151  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.26 
 
 		 234 aa  151  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 253 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  36.61 
 
 		 236 aa  150  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2866  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.82 
 
 		 231 aa  149  3e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  37.72 
 
 		 236 aa  149  4e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.36 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 227 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  40.27 
 
 		 228 aa  148  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  38.84 
 
 		 239 aa  148  8e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0499  winged helix family two component transcriptional regulator  36.12 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0264  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.392693  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2563  transcriptional regulatory protein ResD  36.32 
 
 		 221 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00803163 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1110  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.38 
 
 		 234 aa  146  2.0000000000000003e-34  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 232 aa  146  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.05 
 
 		 232 aa  146  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2424  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 		 221 aa  146  3e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0245011  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 230 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  37.78 
 
 		 236 aa  145  5e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  41.59 
 
 		 229 aa  145  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 236 aa  145  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  40.27 
 
 		 229 aa  144  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 222 aa  144  9e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6145  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 228 aa  144  9e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.788201 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2145  DNA-binding response regulator  36.09 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0997  response regulator receiver  34.51 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  44.93 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4064  two component transcriptional regulator  37.27 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.98903  normal  0.0666639 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2983  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  36.44 
 
 		 245 aa  144  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  34.6 
 
 		 256 aa  143  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  38.39 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3739  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 		 230 aa  143  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000466515  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6749  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.28 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290774  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0961  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 229 aa  143  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0700  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.71 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.768939  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3276  winged helix family two component transcriptional regulator  37.1 
 
 		 234 aa  144  2e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.208422  normal  0.192837 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2749  transcription response regulator-like protein  35.43 
 
 		 221 aa  142  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00061025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5144  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.99 
 
 		 236 aa  142  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.204078  normal  0.858106 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  34.65 
 
 		 229 aa  143  3e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4916  response regulator receiver protein  36.28 
 
 		 233 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  36.68 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 227 aa  142  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.84 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1897  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.77 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1268  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  37.84 
 
 		 231 aa  142  4e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  37 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 222 aa  142  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  35.75 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  37 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 		 245 aa  142  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  37.22 
 
 		 235 aa  142  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.04 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  38.5 
 
 		 228 aa  141  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 235 aa  141  8e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>