More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06763 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  100 
 
 		 221 aa  454  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  95.02 
 
 		 221 aa  432  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  43.17 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  43.5 
 
 		 228 aa  176  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.97 
 
 		 232 aa  173  9.999999999999999e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  43.17 
 
 		 226 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  42.54 
 
 		 229 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.35 
 
 		 232 aa  172  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  41.67 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 230 aa  172  5e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  41.38 
 
 		 242 aa  169  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  41.59 
 
 		 226 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  45.58 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  41.85 
 
 		 238 aa  169  4e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  42.98 
 
 		 228 aa  168  6e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  165  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 232 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  41.78 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 227 aa  161  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  42.67 
 
 		 226 aa  161  6e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  43.67 
 
 		 227 aa  161  7e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.48 
 
 		 235 aa  159  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 226 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 226 aa  158  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.72 
 
 		 226 aa  158  6e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 226 aa  157  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.17 
 
 		 232 aa  155  4e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  40.17 
 
 		 237 aa  155  6e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  39.3 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.61 
 
 		 232 aa  154  7e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  43.36 
 
 		 227 aa  154  8e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  43.61 
 
 		 232 aa  154  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  42.37 
 
 		 228 aa  154  1e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.74 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.74 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.74 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.74 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 231 aa  152  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.74 
 
 		 232 aa  152  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  39.09 
 
 		 229 aa  152  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  38.26 
 
 		 229 aa  152  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  39.3 
 
 		 235 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 226 aa  151  8e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.43 
 
 		 228 aa  151  8.999999999999999e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 253 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  38.36 
 
 		 228 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  38.94 
 
 		 249 aa  150  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 226 aa  149  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.31 
 
 		 232 aa  149  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 240 aa  149  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  39.19 
 
 		 252 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  36.16 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 253 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  36.65 
 
 		 236 aa  148  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  38.03 
 
 		 230 aa  148  6e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.83 
 
 		 228 aa  148  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 233 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.85 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.85 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  37.13 
 
 		 244 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.85 
 
 		 232 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.2 
 
 		 232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4720  DNA-binding response regulator PhoP  38.43 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4484  DNA-binding response regulator PhoP  38.43 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4319  alkaline phosphatase synthesis response regulator  38.43 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4330  alkaline phosphatase synthesis response regulator  38.43 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4704  DNA-binding response regulator PhoP  38.43 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000673192 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4833  DNA-binding response regulator PhoP  38.43 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0982965  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4714  DNA-binding response regulator PhoP  38.43 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  37.39 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  37.39 
 
 		 226 aa  145  6e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4699  DNA-binding response regulator PhoP  38.86 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0539  DNA-binding response regulator PhoP  38.86 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000130788 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 272 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  39.19 
 
 		 247 aa  144  1e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4419  two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 239 aa  144  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  43.83 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  43.4 
 
 		 228 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  37.9 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.9 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2121  two component transcriptional regulator  34.67 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1155  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.78 
 
 		 230 aa  142  5e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.560017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3274  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 238 aa  142  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 234 aa  141  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.36 
 
 		 223 aa  141  7e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>