More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1651 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  100 
 
 		 272 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  98.02 
 
 		 253 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  90.91 
 
 		 253 aa  471  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  85.77 
 
 		 252 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  71.49 
 
 		 240 aa  335  5e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  58.51 
 
 		 239 aa  275  6e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  57.68 
 
 		 239 aa  271  9e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  58.44 
 
 		 236 aa  266  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37050  Two-component response regulator  60.17 
 
 		 233 aa  244  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246304  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  55.51 
 
 		 240 aa  235  8e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 230 aa  224  9e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 230 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 230 aa  218  7e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 230 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  43.81 
 
 		 229 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  45.85 
 
 		 232 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 234 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06112  transcriptional regulatory protein CpxR  42.98 
 
 		 252 aa  169  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  41.88 
 
 		 232 aa  168  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  35.95 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  40.09 
 
 		 226 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 226 aa  156  4e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  39.41 
 
 		 247 aa  154  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  37.28 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  38.33 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 236 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.84 
 
 		 226 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  38.22 
 
 		 224 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  38.16 
 
 		 237 aa  152  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 226 aa  152  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  40.18 
 
 		 228 aa  152  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 230 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.19 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  40.97 
 
 		 223 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  37.72 
 
 		 226 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  42.29 
 
 		 225 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0988  response regulator BaeR  34.8 
 
 		 227 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000405458  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  38.39 
 
 		 231 aa  146  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  38.96 
 
 		 229 aa  145  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 231 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  35.96 
 
 		 226 aa  145  9e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  39.57 
 
 		 229 aa  145  9e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.52 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  35.96 
 
 		 226 aa  144  1e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0916  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.65 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0574949  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 245 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  39.46 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.52 
 
 		 234 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  39.46 
 
 		 221 aa  144  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1728  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.06 
 
 		 233 aa  143  3e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 227 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2757  response regulator receiver  37.28 
 
 		 225 aa  142  4e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  39.47 
 
 		 227 aa  142  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  33.48 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  32.74 
 
 		 230 aa  142  6e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 227 aa  142  6e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 227 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 245 aa  142  7e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1223  two component transcriptional regulator  40.52 
 
 		 230 aa  141  9e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.140258  normal  0.151028 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0358  two component transcriptional regulator  34.51 
 
 		 229 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  32.74 
 
 		 230 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  32.3 
 
 		 230 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  32.74 
 
 		 230 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  32.3 
 
 		 230 aa  140  3e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1599  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 228 aa  140  3e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  36.09 
 
 		 235 aa  140  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.13 
 
 		 229 aa  140  3e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0766  two component transcriptional regulator  33.93 
 
 		 231 aa  139  3.9999999999999997e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.585906  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  32.74 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  32.3 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0590  DNA-binding response regulator  32.74 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  32.3 
 
 		 230 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3233  two component transcriptional regulator  32.74 
 
 		 230 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  37.34 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1701  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.77 
 
 		 236 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.67 
 
 		 235 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 227 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  36.96 
 
 		 228 aa  138  7.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  36.93 
 
 		 249 aa  138  7.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.83 
 
 		 232 aa  138  7.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 232 aa  138  7.999999999999999e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  38.3 
 
 		 247 aa  137  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  37 
 
 		 233 aa  138  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  38.96 
 
 		 233 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1321  two component transcriptional regulator  35.81 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0200617  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  36.89 
 
 		 228 aa  138  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  36.64 
 
 		 236 aa  138  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1174  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0181894  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1136  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000652217  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2014  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.193015 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3098  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.06 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0001052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  38.89 
 
 		 228 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0421  two component transcriptional regulator  33.19 
 
 		 245 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0518956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0963  two component transcriptional regulator  32.43 
 
 		 225 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1210  DNA-binding transcriptional regulator BaeR  35.59 
 
 		 239 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000498147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>