More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_1941 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 236 aa  486  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  79.02 
 
 		 226 aa  362  3e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  73.73 
 
 		 237 aa  361  5.0000000000000005e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  78.57 
 
 		 226 aa  361  5.0000000000000005e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  78.57 
 
 		 226 aa  359  2e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  78.12 
 
 		 226 aa  358  5e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  75.22 
 
 		 226 aa  357  6e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  74.78 
 
 		 226 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  74.34 
 
 		 226 aa  351  4e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  61.78 
 
 		 226 aa  286  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  60.7 
 
 		 226 aa  276  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  61.06 
 
 		 224 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  54.02 
 
 		 226 aa  252  3e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.11 
 
 		 220 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  48.92 
 
 		 227 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  42.74 
 
 		 248 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  41.96 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 230 aa  161  6e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.73 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 228 aa  160  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  38.16 
 
 		 242 aa  159  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  39.21 
 
 		 221 aa  158  7e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  42.06 
 
 		 227 aa  157  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 232 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  37.93 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  38.5 
 
 		 238 aa  157  2e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  39.65 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  38.77 
 
 		 221 aa  156  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  40.62 
 
 		 229 aa  155  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  39.21 
 
 		 226 aa  155  5.0000000000000005e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  39.21 
 
 		 252 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 272 aa  153  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 227 aa  153  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 253 aa  152  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  41.33 
 
 		 227 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  37.93 
 
 		 247 aa  151  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  37.95 
 
 		 226 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 227 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  42.06 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  39.04 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  37.05 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  34.8 
 
 		 232 aa  149  5e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3846  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 222 aa  148  7e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  38.5 
 
 		 222 aa  148  9e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.2 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  37.5 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  36.4 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 228 aa  146  2.0000000000000003e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 247 aa  146  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  38.57 
 
 		 240 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0246  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 225 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0272164  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 228 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 228 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 228 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1333  response regulator receiver protein  37.89 
 
 		 222 aa  145  4.0000000000000006e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.40527  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0707  winged helix family two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 222 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.73 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  35.96 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_143  DNA-binding response regulator, two-component system, OmpR family  36 
 
 		 256 aa  145  6e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  36.21 
 
 		 231 aa  144  8.000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2549  response regulator receiver  36.56 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  36.91 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.06 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 227 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  41.52 
 
 		 228 aa  143  3e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6517  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0325894 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 228 aa  142  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  34.21 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4122  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.12 
 
 		 223 aa  142  6e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  36 
 
 		 235 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  35.84 
 
 		 240 aa  142  6e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  37.67 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  35.53 
 
 		 239 aa  141  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0135  DNA-binding response regulator  35.56 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.37 
 
 		 234 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.21 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  39.37 
 
 		 245 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 236 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  36.96 
 
 		 236 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.18 
 
 		 228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0415  two component transcriptional regulator  37.12 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03700  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.53 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.132847 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  34.07 
 
 		 234 aa  139  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  35.24 
 
 		 241 aa  139  3e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  36.32 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  34.07 
 
 		 234 aa  139  3e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 228 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 234 aa  139  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.5 
 
 		 236 aa  139  3.9999999999999997e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0165  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  34.67 
 
 		 229 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0174  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.947413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 		 244 aa  138  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.11 
 
 		 231 aa  138  6e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0155  two component transcriptional regulator  39.64 
 
 		 243 aa  138  6e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0636837 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>