More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1906 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  100 
 
 		 248 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.46 
 
 		 220 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  43.35 
 
 		 226 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  45.49 
 
 		 226 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  45.81 
 
 		 224 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.48 
 
 		 226 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  42.15 
 
 		 237 aa  175  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 226 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  43.04 
 
 		 226 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  42.74 
 
 		 236 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  42.61 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  41.99 
 
 		 226 aa  167  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 226 aa  166  4e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 226 aa  166  5e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  36.8 
 
 		 226 aa  158  8e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  45.66 
 
 		 227 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  34.2 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  35.19 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  33.19 
 
 		 221 aa  125  9e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  34.2 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  33.91 
 
 		 226 aa  122  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  34.2 
 
 		 227 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  35.06 
 
 		 227 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  34.36 
 
 		 230 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  36.68 
 
 		 229 aa  115  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  35.81 
 
 		 229 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  35.24 
 
 		 227 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37.45 
 
 		 232 aa  115  8.999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.06 
 
 		 232 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  32.9 
 
 		 227 aa  113  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4033  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.93 
 
 		 232 aa  113  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4060  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  34.63 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000252632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  111  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  34.06 
 
 		 228 aa  109  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4810  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  34.2 
 
 		 232 aa  107  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  29.69 
 
 		 229 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  30 
 
 		 228 aa  106  4e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0084  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  36.48 
 
 		 232 aa  105  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.601085  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  36.48 
 
 		 232 aa  105  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0081  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  36.48 
 
 		 232 aa  105  5e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  33.05 
 
 		 238 aa  105  9e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  34.06 
 
 		 228 aa  105  9e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  32.9 
 
 		 252 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  30.47 
 
 		 239 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  30.3 
 
 		 247 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0367  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 228 aa  103  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000100212  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  30.93 
 
 		 232 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  29.31 
 
 		 242 aa  102  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.48 
 
 		 228 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  34.48 
 
 		 228 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4477  transcriptional regulatory protein CpxR  33.62 
 
 		 228 aa  102  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  31.72 
 
 		 231 aa  102  7e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  31.88 
 
 		 232 aa  102  7e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0252  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 228 aa  101  9e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000571082  hitchhiker  0.000346333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3769  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 228 aa  101  9e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000556998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  34.05 
 
 		 228 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0253  two component transcriptional regulator  33.62 
 
 		 228 aa  101  9e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000454029  hitchhiker  0.00000000189127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  29.34 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  32.91 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  31.9 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1831  two component transcriptional regulator  30.26 
 
 		 225 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.989444  normal  0.522163 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  29.33 
 
 		 226 aa  99  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03088  two-component response regulator transcription regulator protein  28.76 
 
 		 246 aa  99  7e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.25081 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  29.33 
 
 		 226 aa  98.6  7e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  31.6 
 
 		 229 aa  99  7e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.96 
 
 		 226 aa  99  7e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.7 
 
 		 235 aa  98.6  8e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  30.7 
 
 		 226 aa  98.2  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  32.33 
 
 		 253 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  31.25 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  30.7 
 
 		 232 aa  98.2  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3603  DNA-binding heavy metal response regulator  31.67 
 
 		 229 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203952  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  32.05 
 
 		 235 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0513  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.39 
 
 		 228 aa  97.4  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.985837  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3374  heavy metal response regulator  31.67 
 
 		 229 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2223  winged helix family two component transcriptional regulator  30.67 
 
 		 229 aa  96.3  4e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.335669  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1483  two component transcriptional regulator  29.07 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0288957  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 228 aa  96.3  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.17 
 
 		 228 aa  96.3  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2970  two component transcriptional regulator  28.57 
 
 		 230 aa  96.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.068725 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  28.51 
 
 		 228 aa  95.9  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.43 
 
 		 234 aa  95.1  8e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1313  transcriptional regulatory protein CpxR  30.84 
 
 		 227 aa  95.1  9e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.186950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  31.09 
 
 		 232 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  27.78 
 
 		 231 aa  94.7  1e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>