More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2316 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  100 
 
 		 226 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  79.2 
 
 		 226 aa  367  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  64.89 
 
 		 224 aa  301  7.000000000000001e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  64.16 
 
 		 226 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  63.88 
 
 		 226 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  63.44 
 
 		 226 aa  294  8e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  63 
 
 		 226 aa  293  1e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2074  two component transcriptional regulator  62.83 
 
 		 226 aa  292  3e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00164535  hitchhiker  0.00140528 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1959  two component transcriptional regulator  63.27 
 
 		 226 aa  291  7e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.400986  normal  0.283843 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2426  DNA-binding response regulator  61.23 
 
 		 237 aa  290  1e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1904  two component transcriptional regulator  62.39 
 
 		 226 aa  290  1e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00970528  hitchhiker  0.0000356769 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1941  two component transcriptional regulator  61.78 
 
 		 236 aa  286  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  59.82 
 
 		 226 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2150  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.44 
 
 		 220 aa  218  7e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.175243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2236  two component transcriptional regulator  47.58 
 
 		 227 aa  189  4e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000435819  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1906  transcriptional regulatory protein-like protein  45.49 
 
 		 248 aa  183  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00141074  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  42.11 
 
 		 232 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  41.81 
 
 		 221 aa  171  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  41.59 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.61 
 
 		 228 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  42.54 
 
 		 229 aa  157  1e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  39.65 
 
 		 252 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  40.69 
 
 		 232 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  41.67 
 
 		 229 aa  155  6e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.13 
 
 		 232 aa  155  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.11 
 
 		 237 aa  154  8e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 272 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 228 aa  153  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 253 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1784  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein  38.94 
 
 		 234 aa  151  7e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.561076  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1750  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 234 aa  151  7e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  36.16 
 
 		 229 aa  151  8e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  37.39 
 
 		 242 aa  150  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 240 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  39.91 
 
 		 240 aa  149  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  35.22 
 
 		 232 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 253 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3485  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 236 aa  149  5e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00535  Transcriptional regulatory protein CpxR  37.33 
 
 		 247 aa  148  8e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.23 
 
 		 235 aa  147  9e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10999  two component response transcriptional regulatory protein MprA  38.39 
 
 		 230 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000188235  normal  0.671639 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2797  transcriptional regulator, CpxR  42.04 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000288823  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0960  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 		 236 aa  147  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0214647 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  39.65 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5311  two component transcriptional regulator  35.59 
 
 		 246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.554395  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4681  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.354926 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4301  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.681825  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4387  two component transcriptional regulator  38.39 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0316317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  38.26 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0707  two component transcriptional regulator  39.22 
 
 		 232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4844  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.312171 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1887  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.882564  normal  0.344123 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0785  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.5 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.68 
 
 		 226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.944339  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1115  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 243 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0950226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  38.12 
 
 		 230 aa  144  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  38.5 
 
 		 228 aa  144  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2083  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.87 
 
 		 237 aa  144  9e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.873655  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03798  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with CpxA  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0579105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4072  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.476785  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4105  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.393063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4446  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4143  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0343  response regulator receiver  37.5 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86362  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5367  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1453  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.952418  normal  0.0249242 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03747  hypothetical protein  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0830559  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0444  DNA-binding response regulator  37.34 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3691  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 		 230 aa  144  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  39.38 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4392  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.13 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0517203  normal  0.0145886 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0581  winged helix family two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 242 aa  143  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.296955  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4207  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 247 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  37.89 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  36.64 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.3 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  34.96 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31480  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  35.81 
 
 		 239 aa  143  3e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  hitchhiker  0.00376265  normal  0.556858 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 227 aa  143  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1256  alkaline phosphatase synthesis transcriptional regulatory protein PhoP  37.99 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.577358  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2302  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 243 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2353  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 243 aa  142  4e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0794558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1110  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.55 
 
 		 234 aa  142  5e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  40.26 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.85215 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4457  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  40.26 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4346  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  40.26 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.591439  hitchhiker  0.0000000817459 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4390  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  40.26 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4508  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.52 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 230 aa  141  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4305  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  40.26 
 
 		 232 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3850  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.56 
 
 		 232 aa  141  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.308855  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  34.8 
 
 		 226 aa  141  8e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  34.8 
 
 		 226 aa  141  9e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1155  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 231 aa  141  9e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000430064  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4132  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  41.13 
 
 		 232 aa  141  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000494358  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0954  two component transcriptional regulator  37.44 
 
 		 243 aa  140  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0817018 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>