More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0579 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  460  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  94.76 
 
 		 230 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  94.32 
 
 		 230 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  85.15 
 
 		 230 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  70.35 
 
 		 240 aa  314  6e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  52.4 
 
 		 253 aa  222  4e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 272 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 253 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  52.19 
 
 		 239 aa  221  9e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 		 236 aa  219  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37050  Two-component response regulator  52.27 
 
 		 233 aa  218  6e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246304  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  52.44 
 
 		 239 aa  217  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  51.79 
 
 		 252 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 240 aa  214  9e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 229 aa  174  8e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 232 aa  168  7e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  43.3 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 232 aa  158  8e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  37.55 
 
 		 232 aa  158  8e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06112  transcriptional regulatory protein CpxR  39.82 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  40.17 
 
 		 240 aa  156  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.72 
 
 		 258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  40.17 
 
 		 241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  39.74 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  40.17 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  40.17 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  38.94 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  40.17 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  39.74 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  40.6 
 
 		 240 aa  153  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  39.74 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  39.74 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  39.74 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.43 
 
 		 235 aa  152  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4914  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 238 aa  152  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.095278 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 241 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  38.94 
 
 		 228 aa  151  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  40.71 
 
 		 245 aa  151  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 222 aa  150  1e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 241 aa  150  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  39.91 
 
 		 226 aa  150  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  38.01 
 
 		 229 aa  151  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  38.94 
 
 		 228 aa  150  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  39.04 
 
 		 238 aa  150  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  38.1 
 
 		 248 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  39.01 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 231 aa  149  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  38.05 
 
 		 229 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  36.73 
 
 		 227 aa  148  6e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 235 aa  148  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  38.43 
 
 		 241 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  38.26 
 
 		 254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  38.26 
 
 		 254 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.95 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.43 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1903  two component transcriptional regulator  38.16 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.82 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  38.6 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  38.43 
 
 		 240 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  37.27 
 
 		 224 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  40.62 
 
 		 231 aa  145  5e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1562  two component transcriptional regulator  40 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000591425  unclonable  0.00000000000208218 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  37.44 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  6e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  36.16 
 
 		 226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  37.22 
 
 		 227 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  144  8.000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 241 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.13 
 
 		 235 aa  144  9e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  36.16 
 
 		 226 aa  144  9e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3793  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  39.82 
 
 		 229 aa  144  9e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.001028 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  38.16 
 
 		 239 aa  144  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 226 aa  144  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  38.46 
 
 		 216 aa  144  1e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>