More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0585 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  85.15 
 
 		 230 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  84.28 
 
 		 230 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  84.28 
 
 		 230 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  71.56 
 
 		 240 aa  320  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  53.07 
 
 		 239 aa  228  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  52.4 
 
 		 253 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  52.65 
 
 		 239 aa  225  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 253 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 272 aa  224  6e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  50.67 
 
 		 240 aa  224  9e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 236 aa  221  7e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  50.44 
 
 		 252 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37050  Two-component response regulator  52.7 
 
 		 233 aa  215  4e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246304  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  38.91 
 
 		 229 aa  176  3e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06112  transcriptional regulatory protein CpxR  40.71 
 
 		 252 aa  168  8e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 232 aa  167  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  39.04 
 
 		 232 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 232 aa  163  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  40.81 
 
 		 223 aa  162  6e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  40.87 
 
 		 240 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  41.96 
 
 		 234 aa  160  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  39.57 
 
 		 238 aa  158  5e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  40.43 
 
 		 241 aa  158  5e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  40.87 
 
 		 241 aa  158  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  40.87 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  40.43 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 258 aa  157  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  40.87 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  40.87 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 230 aa  157  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  39.39 
 
 		 248 aa  156  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  40.43 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  40.43 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  40.43 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 235 aa  155  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  40 
 
 		 241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  38.18 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  39.83 
 
 		 254 aa  155  7e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  39.73 
 
 		 228 aa  154  8e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  37.95 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  37.95 
 
 		 226 aa  154  1e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  40 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  40 
 
 		 240 aa  153  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  40 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  40.09 
 
 		 226 aa  153  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 216 aa  153  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11690  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  39.91 
 
 		 236 aa  152  5e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.52451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1028  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.01 
 
 		 237 aa  151  8e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  38.7 
 
 		 240 aa  150  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  38.63 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  38.63 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  37.05 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  39.91 
 
 		 240 aa  150  2e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00972196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  39.13 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  38.86 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  39.91 
 
 		 222 aa  149  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  40.36 
 
 		 226 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  39.22 
 
 		 257 aa  149  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4914  two component transcriptional regulator  37.61 
 
 		 238 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.095278 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  5e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.5 
 
 		 228 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 239 aa  149  5e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  38.05 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  37.17 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 		 245 aa  146  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2924  two component transcriptional regulator  38.84 
 
 		 234 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.470238 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0987  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.09 
 
 		 233 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.195539  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  39.13 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  37.72 
 
 		 229 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0243  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.72 
 
 		 235 aa  146  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0646165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0258  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.57 
 
 		 236 aa  146  3e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.606292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  38.22 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  37.99 
 
 		 239 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31150  Response regulator  38.77 
 
 		 249 aa  145  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.152443  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0108  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.67 
 
 		 234 aa  145  4.0000000000000006e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  35.11 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 235 aa  145  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0107  DNA-binding response regulator  38.67 
 
 		 236 aa  145  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  37.99 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  38.43 
 
 		 240 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>