More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0568 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  98.7 
 
 		 230 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  94.76 
 
 		 230 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  84.28 
 
 		 230 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  69.33 
 
 		 240 aa  305  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  51.33 
 
 		 236 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  51.97 
 
 		 253 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  51.53 
 
 		 272 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  52.19 
 
 		 239 aa  218  7e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  51.09 
 
 		 253 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37050  Two-component response regulator  51.36 
 
 		 233 aa  216  2.9999999999999998e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246304  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  51.53 
 
 		 239 aa  215  5e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  50.88 
 
 		 252 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 		 240 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  38.57 
 
 		 229 aa  172  5e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  41.89 
 
 		 232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  42.41 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06112  transcriptional regulatory protein CpxR  40.27 
 
 		 252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 232 aa  161  7e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  38.43 
 
 		 232 aa  157  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2950  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.82 
 
 		 258 aa  155  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0307025  normal  0.153934 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 		 230 aa  154  8e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 240 aa  152  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 241 aa  151  8e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 241 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4633  osmolarity response regulator  39.3 
 
 		 241 aa  149  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 241 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 241 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  40.69 
 
 		 226 aa  149  3e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  38.86 
 
 		 241 aa  149  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  37.66 
 
 		 248 aa  149  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  39.15 
 
 		 240 aa  149  4e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0319  two component transcriptional regulator  39.46 
 
 		 223 aa  148  6e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000369721  hitchhiker  0.00000000968682 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.77 
 
 		 235 aa  148  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4351  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 245 aa  148  8e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  38.43 
 
 		 241 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  38.43 
 
 		 241 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2279  DNA-binding response regulator  38.79 
 
 		 238 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  37.05 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  38.74 
 
 		 231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0150  osmolarity response regulator  38.43 
 
 		 241 aa  146  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  37.93 
 
 		 254 aa  146  3e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  37.93 
 
 		 254 aa  146  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  37.95 
 
 		 228 aa  146  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  40.37 
 
 		 222 aa  146  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  37.17 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  37.5 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  37.17 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7488  two component response regulator  37.61 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.461205  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4075  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  35.84 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0324  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.566854  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4017  osmolarity response regulator  37.18 
 
 		 241 aa  143  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3898  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  143  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0609  DNA-binding response regulator  36.09 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000282114  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  37.23 
 
 		 257 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03257  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001870  two-component system response regulator OmpR  37.28 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360284  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3741  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3980  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.75818  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  35.84 
 
 		 226 aa  142  3e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0244  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  36.52 
 
 		 235 aa  143  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03209  hypothetical protein  37.28 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0172  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0308  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3879  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3818  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.339561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0308  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0516186 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3686  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.550003 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3602  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3809  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3871  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  38.31 
 
 		 227 aa  142  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3784  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4621  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4711  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3775  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3700  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3703  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 239 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  36.52 
 
 		 228 aa  142  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  37.55 
 
 		 240 aa  142  5e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  37.33 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1554  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.35 
 
 		 229 aa  142  6e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709514 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2872  two component transcriptional regulator  33.92 
 
 		 226 aa  142  6e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.702853  hitchhiker  0.00802276 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1936  two component transcriptional regulator  37.56 
 
 		 226 aa  141  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0482001  normal  0.0104585 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00621  osmolarity response regulator  36.84 
 
 		 239 aa  141  9e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  38.6 
 
 		 233 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0188  two component transcriptional regulator  38.94 
 
 		 245 aa  140  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00347389  normal  0.0545477 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1151  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  37.28 
 
 		 240 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  37.99 
 
 		 241 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  36.89 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1419  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 		 231 aa  140  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0720218  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13280  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.48 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536961  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  36.77 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>