More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1731 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1731  two component transcriptional regulator  100 
 
 
236 aa  475  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.135854  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1213  two component transcriptional regulator  60.43 
 
 
252 aa  278  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1253  two component transcriptional regulator  58.4 
 
 
253 aa  275  5e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.85938  hitchhiker  0.000294124 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37050  Two-component response regulator  64.44 
 
 
233 aa  271  7e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246304  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4066  two component transcriptional regulator  59.31 
 
 
253 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1651  winged helix family two component transcriptional regulator  58.44 
 
 
272 aa  266  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.514526  normal  0.527007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4581  two-component response regulator  57.38 
 
 
239 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.382311  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4221  two component transcriptional regulator  59.56 
 
 
240 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.430301  normal  0.246318 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52250  two-component response regulator  56.07 
 
 
239 aa  259  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.220903 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3962  two-component response regulator PfeR  52.59 
 
 
240 aa  235  3e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0585  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 
230 aa  221  7e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0568  two component transcriptional regulator  51.33 
 
 
230 aa  220  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.929745 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0579  two component transcriptional regulator  50.9 
 
 
230 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0534  winged helix family two component transcriptional regulator  50.88 
 
 
230 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3411  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 
229 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0794  two component transcriptional regulator  47.32 
 
 
232 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.665518  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3920  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 
232 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175599  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3534  two component transcriptional regulator  44.64 
 
 
234 aa  177  9e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920223  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3570  two component transcriptional regulator  43.5 
 
 
227 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000660562  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0279  two component transcriptional regulator  43.11 
 
 
227 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000622263  unclonable  0.000000000101633 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1393  transcriptional regulatory protein CpxR  38.84 
 
 
226 aa  162  5.0000000000000005e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1603  transcriptional regulatory protein CpxR  38.84 
 
 
226 aa  161  7e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06112  transcriptional regulatory protein CpxR  38.5 
 
 
252 aa  161  8.000000000000001e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0050  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.15 
 
 
235 aa  160  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3461  response regulator receiver  40.72 
 
 
226 aa  160  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0311  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  40.89 
 
 
228 aa  160  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00012342  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0281  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 
227 aa  158  5e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000215794  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0716  two component transcriptional regulator  39.57 
 
 
233 aa  158  7e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3432  response regulator receiver protein  42.86 
 
 
228 aa  158  9e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000345172  normal  0.351937 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3933  two component transcriptional regulator  41.78 
 
 
227 aa  157  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000956729  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3185  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 
231 aa  155  5.0000000000000005e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.729743  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4460  two component transcriptional regulator  40.35 
 
 
230 aa  155  8e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.94443  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0676  two comoponent transcriptional regulator  38.22 
 
 
231 aa  153  2e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000021656  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2869  two component transcriptional regulator  40.64 
 
 
222 aa  153  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.643015  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3846  two component transcriptional regulator  39.29 
 
 
229 aa  151  8.999999999999999e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.225052  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1718  response regulator receiver protein  36.61 
 
 
224 aa  150  1e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0955826  normal  0.0525727 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00149  transcriptional regulator CpxR  36.52 
 
 
229 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0128  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.06 
 
 
232 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.3237  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  36.97 
 
 
240 aa  149  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002219  copper-sensing two-component system response regulator CpxR  36.96 
 
 
229 aa  149  4e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000572967  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06763  transcriptional regulatory protein CpxR  36.65 
 
 
221 aa  148  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3275  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 
232 aa  148  8e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000116561  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0136  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  35.5 
 
 
232 aa  148  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2264  transcriptional regulator CpxR  37.34 
 
 
228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000005667  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0358  two component transcriptional regulator  35.09 
 
 
229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2625  two component transcriptional regulator  35.11 
 
 
232 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.00000000000561273 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2294  two component transcriptional regulator  35.4 
 
 
226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000876575  normal  0.575243 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3372  winged helix family two component transcriptional regulator  40.53 
 
 
233 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.690812  normal  0.187928 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  36.32 
 
 
240 aa  146  3e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  35.32 
 
 
241 aa  146  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1750  transcriptional regulatory protein CpxR  33.61 
 
 
242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000216865  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6145  two component response regulator  36.56 
 
 
229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2121  osmolarity response regulator  37.83 
 
 
248 aa  145  5e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.201602  normal  0.531848 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2046  two component transcriptional regulator, winged helix family  34.98 
 
 
226 aa  145  6e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.095715  hitchhiker  0.000000000691151 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2416  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 
226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134995  hitchhiker  0.000110965 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4283  response regulator  34.21 
 
 
230 aa  144  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0261  two component transcriptional regulator  42.04 
 
 
228 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000361731  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2050  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 
226 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3637  osmolarity response regulator  35.17 
 
 
241 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4371  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.68 
 
 
228 aa  144  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4017  osmolarity response regulator  36.02 
 
 
241 aa  144  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3510  osmolarity response regulator  36.02 
 
 
241 aa  144  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4650  DNA-binding response regulator  34.65 
 
 
230 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4662  DNA-binding response regulator  34.65 
 
 
230 aa  144  1e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000851  probable transcriptional regulator SyrB  36.2 
 
 
221 aa  144  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00675785  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4272  response regulator  34.65 
 
 
230 aa  144  1e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.760233  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4663  DNA-binding response regulator  34.65 
 
 
230 aa  144  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0254  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 
228 aa  144  1e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000326652  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4562  two component transcriptional regulator  38.33 
 
 
247 aa  144  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.488322  normal  0.0982939 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2301  two component transcriptional regulator  34.33 
 
 
244 aa  144  1e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00025805  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3846  osmolarity response regulator  35.59 
 
 
241 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1681  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
227 aa  144  1e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0956507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3452  two component transcriptional regulator  35.68 
 
 
226 aa  143  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186092 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3195  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.16 
 
 
226 aa  143  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4647  DNA-binding response regulator  34.21 
 
 
230 aa  143  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  36.51 
 
 
240 aa  143  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2316  response regulator receiver protein  34.96 
 
 
226 aa  143  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000147543  hitchhiker  0.000888492 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0987  two component transcriptional regulator  36.84 
 
 
235 aa  143  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000260123  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2301  two component transcriptional regulator  34.98 
 
 
226 aa  143  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00729091  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  36.07 
 
 
244 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4365  two component transcriptional regulator  33.77 
 
 
230 aa  143  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4134  osmolarity response regulator  35.59 
 
 
241 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03947  osmolarity response regulator  37.97 
 
 
240 aa  142  3e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4433  DNA-binding response regulator  34.65 
 
 
230 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0261  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 
228 aa  143  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000347248  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0704  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  36.32 
 
 
226 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.710027 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4777  DNA-binding response regulator  34.65 
 
 
230 aa  143  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0556  two component transcriptional regulator  35.96 
 
 
237 aa  143  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.451756  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4338  osmolarity response regulator  35.59 
 
 
241 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4206  osmolarity response regulator  35.59 
 
 
241 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0256  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.59 
 
 
228 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000272342  decreased coverage  0.0000106333 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3811  osmolarity response regulator  36.02 
 
 
241 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0373241 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3902  osmolarity response regulator  36.02 
 
 
241 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.140952 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2799  two component transcriptional regulator  34.78 
 
 
236 aa  143  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000368356  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0721  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.12 
 
 
233 aa  143  3e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.811558  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0771  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.22 
 
 
226 aa  142  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000423816  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2286  osmolarity response regulator  35.78 
 
 
240 aa  142  4e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0126  osmolarity response regulator  36.75 
 
 
254 aa  142  5e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0135  osmolarity response regulator  36.75 
 
 
254 aa  142  5e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4276  DNA-binding transcriptional regulator CpxR  37.39 
 
 
232 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.85215 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>